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jxzhao金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】金屬配合物 已有2人參與
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1、高斯計(jì)算金屬配合物和初始結(jié)構(gòu)有很大關(guān)系!我的配體分子比較大,含有扭動(dòng)的環(huán)和鍵,請(qǐng)問如何尋找最優(yōu)構(gòu)象?用什么軟件? 2、如何構(gòu)建金屬配合物的Gaussian輸入文件?配體的可能絡(luò)合位點(diǎn)比較多,而且沒有晶體結(jié)構(gòu),金屬在和配體絡(luò)合的時(shí)候,應(yīng)如何構(gòu)建分子結(jié)構(gòu)?金屬配位鍵怎么畫?(請(qǐng)不要舉那個(gè)二茂鐵的例子) 3、我在高斯中優(yōu)化水中金屬水合物的結(jié)構(gòu),出現(xiàn)很多不收斂的情況,是不是我的初始結(jié)構(gòu)有問題?對(duì)于不收斂的情況我通過查文獻(xiàn)等途徑試了一些方法,但是都沒有解決!這種情況一般大家是怎么解決的? 可能我的問題比較幼稚,還望大俠們不吝賜教,能舉個(gè)實(shí)例最好了! |
專家顧問 (正式寫手)
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專家經(jīng)驗(yàn): +69 |
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1。如果配位鍵不影響構(gòu)象的話,可以用hyperchem,conformer in MS,或者macromodel in schrondinger 中的conformation search功能,由于是分子力學(xué),所以要把幾個(gè)配位原子fix。金屬拿掉,因?yàn)闆]有力場(chǎng)參數(shù)。 2。不用畫配位鍵,位置擺對(duì)就行了。絡(luò)合位點(diǎn)多無法經(jīng)驗(yàn)判斷的情況下只能都算然后比較能量了。 3。減小步長(zhǎng),e.g. maxstep=5 [ Last edited by ggdh on 2010-4-29 at 12:32 ] |
金蟲 (小有名氣)
專家顧問 (正式寫手)
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專家經(jīng)驗(yàn): +69 |
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