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jxzhao金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】金屬配合物 已有2人參與
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1、高斯計算金屬配合物和初始結(jié)構(gòu)有很大關(guān)系！我的配體分子比較大，含有扭動的環(huán)和鍵，請問如何尋找最優(yōu)構(gòu)象？用什么軟件？ 2、如何構(gòu)建金屬配合物的Gaussian輸入文件？配體的可能絡(luò)合位點(diǎn)比較多，而且沒有晶體結(jié)構(gòu)，金屬在和配體絡(luò)合的時候，應(yīng)如何構(gòu)建分子結(jié)構(gòu)？金屬配位鍵怎么畫？（請不要舉那個二茂鐵的例子） 3、我在高斯中優(yōu)化水中金屬水合物的結(jié)構(gòu)，出現(xiàn)很多不收斂的情況，是不是我的初始結(jié)構(gòu)有問題？對于不收斂的情況我通過查文獻(xiàn)等途徑試了一些方法，但是都沒有解決！這種情況一般大家是怎么解決的？ 可能我的問題比較幼稚，還望大俠們不吝賜教，能舉個實例最好了！ |
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jxzhao
金蟲 (小有名氣)
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aylayl08(金幣+1):謝謝提示 2010-04-29 16:37
jxzhao(金幣+3): 2010-04-29 16:58
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1。如果配位鍵不影響構(gòu)象的話，可以用hyperchem，conformer in MS，或者macromodel in schrondinger 中的conformation search功能，由于是分子力學(xué)，所以要把幾個配位原子fix。金屬拿掉，因為沒有力場參數(shù)。 2。不用畫配位鍵，位置擺對就行了。絡(luò)合位點(diǎn)多無法經(jīng)驗判斷的情況下只能都算然后比較能量了。 3。減小步長，e.g. maxstep=5 [ Last edited by ggdh on 2010-4-29 at 12:32 ] |
2樓2010-04-29 12:31:22
ggdh
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4樓2010-05-04 15:00:08
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