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jxzhao金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】金屬配合物 已有2人參與
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1、高斯計(jì)算金屬配合物和初始結(jié)構(gòu)有很大關(guān)系！我的配體分子比較大，含有扭動(dòng)的環(huán)和鍵，請(qǐng)問(wèn)如何尋找最優(yōu)構(gòu)象？用什么軟件？ 2、如何構(gòu)建金屬配合物的Gaussian輸入文件？配體的可能絡(luò)合位點(diǎn)比較多，而且沒(méi)有晶體結(jié)構(gòu)，金屬在和配體絡(luò)合的時(shí)候，應(yīng)如何構(gòu)建分子結(jié)構(gòu)？金屬配位鍵怎么畫(huà)？（請(qǐng)不要舉那個(gè)二茂鐵的例子） 3、我在高斯中優(yōu)化水中金屬水合物的結(jié)構(gòu)，出現(xiàn)很多不收斂的情況，是不是我的初始結(jié)構(gòu)有問(wèn)題？對(duì)于不收斂的情況我通過(guò)查文獻(xiàn)等途徑試了一些方法，但是都沒(méi)有解決！這種情況一般大家是怎么解決的？ 可能我的問(wèn)題比較幼稚，還望大俠們不吝賜教，能舉個(gè)實(shí)例最好了！ |
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ggdh
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zhou2009(金幣+2): 2010-04-29 12:32
aylayl08(金幣+1):謝謝提示 2010-04-29 16:37
jxzhao(金幣+3): 2010-04-29 16:58
zhou2009(金幣+2): 2010-04-29 12:32
aylayl08(金幣+1):謝謝提示 2010-04-29 16:37
jxzhao(金幣+3): 2010-04-29 16:58
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1。如果配位鍵不影響構(gòu)象的話，可以用hyperchem，conformer in MS，或者macromodel in schrondinger 中的conformation search功能，由于是分子力學(xué)，所以要把幾個(gè)配位原子fix。金屬拿掉，因?yàn)闆](méi)有力場(chǎng)參數(shù)。 2。不用畫(huà)配位鍵，位置擺對(duì)就行了。絡(luò)合位點(diǎn)多無(wú)法經(jīng)驗(yàn)判斷的情況下只能都算然后比較能量了。 3。減小步長(zhǎng)，e.g. maxstep=5 [ Last edited by ggdh on 2010-4-29 at 12:32 ] |
2樓2010-04-29 12:31:22
jxzhao
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非常感謝！對(duì)于您的回答，我還有幾個(gè)疑問(wèn)： 1、如果單單是尋找配體分子的構(gòu)象就不用固定配位原子了吧？ 2、在畫(huà)金屬配合物的時(shí)候，按照您的做法，把金屬原子擺在絡(luò)合位點(diǎn)附近，讓其自己優(yōu)化，可是如果位置沒(méi)有擺正，或是與真實(shí)位置相差較大，最后還會(huì)預(yù)測(cè)準(zhǔn)確嗎？如果有水分子參與配位又該如何處理？ 3、我用的是iop(1/8=1)來(lái)減小步長(zhǎng)，但是還是沒(méi)有收斂，這個(gè)命令和您說(shuō)的maxstep=5有什么區(qū)別？ |
3樓2010-04-29 17:07:50
ggdh
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4樓2010-05-04 15:00:08
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