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jianqin金蟲 (正式寫手)
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Gaussian幾何優(yōu)化后的鍵長(zhǎng)不合理
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用Gaussian 09做分子幾何優(yōu)化。分子的部分結(jié)構(gòu)見圖1，具有兩個(gè)手性中心（C3和C6）。幾何優(yōu)化分步過程如下：先用chem3D MM2做初步優(yōu)化，再用PM3優(yōu)化（包括頻率分析），接下來用RHF 6-31G做優(yōu)化（包括頻率分析），計(jì)算均成功完成。但是分子中的碳硫鍵C3-S1（圖1），經(jīng)PM3優(yōu)化后，鍵長(zhǎng)1.882埃，基本合理，經(jīng)RHF 6-31G優(yōu)化后竟然變成3.172埃，顯然是不合理的。我的疑問如下： 我的這種分步優(yōu)化應(yīng)該是合理的吧？ 鍵長(zhǎng)不合理的情況是否與分子中包含手性中心有關(guān)？因?yàn)镃3是手性的，導(dǎo)致gaussian對(duì)碳硫鍵的處理不合理？（另一個(gè)手性中心C6周圍的鍵長(zhǎng)均在合理范圍內(nèi)） gaussian中對(duì)手性分子的幾何優(yōu)化有什么需要特別注意的嗎？ 6-31G的基組對(duì)于處理硫這樣的原子足夠嗎？ 補(bǔ)充：剛看到其他的帖子，認(rèn)為初始分子的構(gòu)型是否合理，對(duì)找到正確的優(yōu)化結(jié)構(gòu)很關(guān)鍵？那么我的分步優(yōu)化產(chǎn)生的構(gòu)型是否是比較合理的構(gòu)型呢？ [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
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fatpig8832
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3樓2011-07-15 10:33:52
fatpig8832
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4樓2011-07-15 12:00:35
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【答案】應(yīng)助回帖
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gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對(duì)論壇的貢獻(xiàn)，獎(jiǎng)勵(lì)一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金幣+10): 2011-07-15 15:15:42
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jianqin(金幣+10): 2011-07-15 15:15:42
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1、這類小分子，根本沒必要預(yù)優(yōu)化，根據(jù)經(jīng)驗(yàn)，在Gview里面直接畫好，然后上Gaussian直接跑就行。 2、基組偏小，6-311g*跑這個(gè)也不過半個(gè)小時(shí)左右 3、手性中心對(duì)優(yōu)化沒有影響，只要你的初始結(jié)構(gòu)合理即可 4、分析原因可能有兩點(diǎn)： A.初始構(gòu)象不合理 B.Gaussian默認(rèn)步長(zhǎng)偏大 5、解決方案： 從一個(gè)合理初始構(gòu)象開始，縮小步長(zhǎng)，很快就能收斂。 這個(gè)問題幾乎就不是問題。 |
5樓2011-07-15 12:29:20
jianqin
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剛學(xué)gaussian，很多不懂。 感謝zhangmt和其他人的熱心指導(dǎo)！ zhangmt和其他人均認(rèn)為hf 6-31G是小基組，即使用6-311G*計(jì)算也很快，但是我畫出的是分子的一部分。事實(shí)上是某一偶電子離子的一部分（離子一共40個(gè)原子），我計(jì)算時(shí)需要5個(gè)小時(shí)左右，是否離子的計(jì)算比中性分子更慢？當(dāng)然電腦配置也有關(guān)系。 我先用pm3的結(jié)果直接用b3lyp 6-31G*優(yōu)化，并縮小步長(zhǎng)試試，想請(qǐng)問，步長(zhǎng)設(shè)置多少比較合理？查了下，默認(rèn)是30. |
6樓2011-07-15 15:29:15
zhangmt
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7樓2011-07-15 15:42:54
jianqin
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謝謝zhangmt！ 關(guān)于計(jì)算時(shí)間，我再補(bǔ)充說明一下：在linux下(redhat enterprise 5)我也進(jìn)行過gaussian 09的計(jì)算。 一個(gè)41個(gè)原子的中性分子（有C,N,O,S），用B3LYP 6-311+G(d,p)方法，設(shè)置內(nèi)存和CPU(intel xeon)如下：mem=2GB， nproc=4，計(jì)算耗時(shí)約14小時(shí)，同樣分子用B3LYP 6-31+G(d,p)，內(nèi)存和CPU設(shè)置同前，計(jì)算耗時(shí)約7小時(shí)。 請(qǐng)問這個(gè)計(jì)算時(shí)間對(duì)于你們來說是否太長(zhǎng)了？ 是什么原因?qū)е挛业挠?jì)算時(shí)間如此長(zhǎng)？ 是否是我的某些設(shè)置有問題？除了設(shè)置基組，自旋度1，其他均默認(rèn)。 |
8樓2011-07-15 17:24:18
jianqin
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9樓2011-07-15 17:25:30
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10樓2011-07-15 17:48:06
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