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【求助】用gaussian view打開(kāi)優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)后,將斷裂鍵連上,是否影響后面計(jì)算 已有9人參與
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| 我在計(jì)算單糖鍵能時(shí),需分兩步,第一步是優(yōu)化,第二步是能量計(jì)算.在優(yōu)化好以后,我用gaussian view打開(kāi)優(yōu)化好的結(jié)構(gòu),常常發(fā)現(xiàn)有些單鍵斷了,而有些雙鍵變成了單鍵.此時(shí)我能否用手動(dòng)的方法將斷開(kāi)的單鍵連上,也將變化為雙鍵的單鍵再變回雙鍵.這樣手動(dòng)修改,制作出來(lái)的輸入文件是否會(huì)在后面的能量計(jì)算中發(fā)生錯(cuò)誤? |
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hustyh0801
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3樓2010-12-29 16:33:59
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erylingjet(金幣+5):感謝交流！ 2010-12-29 22:40:27
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erylingjet(金幣+5):感謝交流！ 2010-12-29 22:40:27
| 不用在意Gaussview中的鍵型，你只要沒(méi)有調(diào)整鍵長(zhǎng)鍵角之類(lèi)的數(shù)據(jù)，對(duì)計(jì)算沒(méi)有任何影響。Gaussian是不會(huì)自動(dòng)計(jì)算鍵級(jí)的，Gaussview中的鍵型完全是根據(jù)兩個(gè)原子之間的長(zhǎng)度確定的。比如程序默認(rèn)的A和B兩個(gè)原子距離為2時(shí)為雙鍵，1.5時(shí)為單鍵，那么如果計(jì)算結(jié)果中A和B之間的距離為2.001，就顯示成雙鍵，1.999就顯示單鍵，1.501也是單鍵，而1.499就顯示鍵斷開(kāi)了。實(shí)際上Gaussian程序讀取的僅僅是原子的坐標(biāo)，改變鍵型是不改變各個(gè)原子的位置的，自然也不會(huì)對(duì)計(jì)算結(jié)果產(chǎn)生影響。 |
7樓2010-12-29 21:00:28
8樓2010-12-29 21:38:43
xj544
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