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【求助】用gaussian view打開優(yōu)化好的結構后,將斷裂鍵連上,是否影響后面計算 已有9人參與
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| 我在計算單糖鍵能時,需分兩步,第一步是優(yōu)化,第二步是能量計算.在優(yōu)化好以后,我用gaussian view打開優(yōu)化好的結構,常常發(fā)現(xiàn)有些單鍵斷了,而有些雙鍵變成了單鍵.此時我能否用手動的方法將斷開的單鍵連上,也將變化為雙鍵的單鍵再變回雙鍵.這樣手動修改,制作出來的輸入文件是否會在后面的能量計算中發(fā)生錯誤? |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
erylingjet(金幣+5):感謝交流！ 2010-12-29 22:40:27
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| 不用在意Gaussview中的鍵型，你只要沒有調(diào)整鍵長鍵角之類的數(shù)據(jù)，對計算沒有任何影響。Gaussian是不會自動計算鍵級的，Gaussview中的鍵型完全是根據(jù)兩個原子之間的長度確定的。比如程序默認的A和B兩個原子距離為2時為雙鍵，1.5時為單鍵，那么如果計算結果中A和B之間的距離為2.001，就顯示成雙鍵，1.999就顯示單鍵，1.501也是單鍵，而1.499就顯示鍵斷開了。實際上Gaussian程序讀取的僅僅是原子的坐標，改變鍵型是不改變各個原子的位置的，自然也不會對計算結果產(chǎn)生影響。 |
7樓2010-12-29 21:00:28
8樓2010-12-29 21:38:43
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10樓2013-06-17 11:43:13
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