 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (3797)
- >導(dǎo)師招生 (518)
- >考研 (426)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (249)
- >文獻(xiàn)求助 (188)
- >休閑灌水 (127)
- >考博 (66)
- >招聘信息布告欄 (47)
- >論文投稿 (45)
- >博后之家 (43)
- >碩博家園 (42)
- >基金申請(qǐng) (33)
- >找工作 (25)
- >教師之家 (20)
- >綠色求助(高懸賞) (15)
- >SciFinder/Reaxys (12)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 3420 | 回復(fù): 41 | |||
jianqin金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
|
[求助]
Gaussian幾何優(yōu)化后的鍵長(zhǎng)不合理
|
|
用Gaussian 09做分子幾何優(yōu)化。分子的部分結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖1，具有兩個(gè)手性中心（C3和C6）。幾何優(yōu)化分步過(guò)程如下：先用chem3D MM2做初步優(yōu)化，再用PM3優(yōu)化（包括頻率分析），接下來(lái)用RHF 6-31G做優(yōu)化（包括頻率分析），計(jì)算均成功完成。但是分子中的碳硫鍵C3-S1（圖1），經(jīng)PM3優(yōu)化后，鍵長(zhǎng)1.882埃，基本合理，經(jīng)RHF 6-31G優(yōu)化后竟然變成3.172埃，顯然是不合理的。我的疑問(wèn)如下： 我的這種分步優(yōu)化應(yīng)該是合理的吧？ 鍵長(zhǎng)不合理的情況是否與分子中包含手性中心有關(guān)？因?yàn)镃3是手性的，導(dǎo)致gaussian對(duì)碳硫鍵的處理不合理？（另一個(gè)手性中心C6周?chē)逆I長(zhǎng)均在合理范圍內(nèi)） gaussian中對(duì)手性分子的幾何優(yōu)化有什么需要特別注意的嗎？ 6-31G的基組對(duì)于處理硫這樣的原子足夠嗎？ 補(bǔ)充：剛看到其他的帖子，認(rèn)為初始分子的構(gòu)型是否合理，對(duì)找到正確的優(yōu)化結(jié)構(gòu)很關(guān)鍵？那么我的分步優(yōu)化產(chǎn)生的構(gòu)型是否是比較合理的構(gòu)型呢？ [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專(zhuān)輯推薦
 高斯-化合物性質(zhì)研究 |
» 猜你喜歡
高效微納米儲(chǔ)能材料與產(chǎn)業(yè)化推進(jìn)實(shí)驗(yàn)室 蘇州 招收碩士研究生（含調(diào)劑）
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
高效微納米儲(chǔ)能材料與產(chǎn)業(yè)化推進(jìn)實(shí)驗(yàn)室 蘇州 招收碩士研究生（含調(diào)劑）
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有101人回復(fù)
-
高效微納米儲(chǔ)能材料與產(chǎn)業(yè)化推進(jìn)實(shí)驗(yàn)室 蘇州 招收碩士研究生（含調(diào)劑）
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
研究生招生
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)化工學(xué)院 招收化工、化學(xué)、材料等相關(guān)方向研究生（學(xué)碩、專(zhuān)碩都有調(diào)劑名額）
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
高效微納米儲(chǔ)能材料與產(chǎn)業(yè)化推進(jìn)實(shí)驗(yàn)室 蘇州 招收碩士研究生（含調(diào)劑）
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
溫州大學(xué)新能源材料微觀溯源課題組招收2026級(jí)博士研究生（材料、化學(xué)方向）
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料與化工 323 英一+數(shù)二+物化，一志愿：哈工大 本人本科雙一流
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
26申博
已經(jīng)有2人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- Gaussian對(duì)分子構(gòu)型優(yōu)化加溶劑化與否對(duì)最后結(jié)果有影響嗎？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】鍵長(zhǎng)鍵角等固定后的優(yōu)化..懸賞30...【已經(jīng)解決～感謝～】
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 【求助】gaussian view畫(huà)圖時(shí)鍵長(zhǎng)怎么調(diào)整
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】用gaussian view打開(kāi)優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)后,將斷裂鍵連上,是否影響后面計(jì)算
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】勢(shì)能面出錯(cuò)
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】前線軌道研究反應(yīng)選擇性的問(wèn)題
已經(jīng)有24人回復(fù)
fatpig8832
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
- 金幣: 7420.2
- 散金: 31
- 紅花: 28
- 帖子: 1438
- 在線: 610.9小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 770403
- 注冊(cè): 2009-05-14
2樓2011-07-15 10:20:09
jianqin
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專(zhuān)業(yè): 質(zhì)譜分析
3樓2011-07-15 10:33:52
fatpig8832
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
- 金幣: 7420.2
- 散金: 31
- 紅花: 28
- 帖子: 1438
- 在線: 610.9小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 770403
- 注冊(cè): 2009-05-14
4樓2011-07-15 12:00:35
zhangmt
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
我叫MT
- QC強(qiáng)帖: 5
- 應(yīng)助: 99 (初中生)
- 金幣: 6961.8
- 散金: 10406
- 紅花: 49
- 帖子: 1761
- 在線: 763.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 880392
- 注冊(cè): 2009-10-22
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對(duì)論壇的貢獻(xiàn)，獎(jiǎng)勵(lì)一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金幣+10): 2011-07-15 15:15:42
gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對(duì)論壇的貢獻(xiàn)，獎(jiǎng)勵(lì)一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金幣+10): 2011-07-15 15:15:42
|
1、這類(lèi)小分子，根本沒(méi)必要預(yù)優(yōu)化，根據(jù)經(jīng)驗(yàn)，在Gview里面直接畫(huà)好，然后上Gaussian直接跑就行。 2、基組偏小，6-311g*跑這個(gè)也不過(guò)半個(gè)小時(shí)左右 3、手性中心對(duì)優(yōu)化沒(méi)有影響，只要你的初始結(jié)構(gòu)合理即可 4、分析原因可能有兩點(diǎn)： A.初始構(gòu)象不合理 B.Gaussian默認(rèn)步長(zhǎng)偏大 5、解決方案： 從一個(gè)合理初始構(gòu)象開(kāi)始，縮小步長(zhǎng)，很快就能收斂。 這個(gè)問(wèn)題幾乎就不是問(wèn)題。 |
5樓2011-07-15 12:29:20
jianqin
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專(zhuān)業(yè): 質(zhì)譜分析
|
剛學(xué)gaussian，很多不懂。 感謝zhangmt和其他人的熱心指導(dǎo)！ zhangmt和其他人均認(rèn)為hf 6-31G是小基組，即使用6-311G*計(jì)算也很快，但是我畫(huà)出的是分子的一部分。事實(shí)上是某一偶電子離子的一部分（離子一共40個(gè)原子），我計(jì)算時(shí)需要5個(gè)小時(shí)左右，是否離子的計(jì)算比中性分子更慢？當(dāng)然電腦配置也有關(guān)系。 我先用pm3的結(jié)果直接用b3lyp 6-31G*優(yōu)化，并縮小步長(zhǎng)試試，想請(qǐng)問(wèn)，步長(zhǎng)設(shè)置多少比較合理？查了下，默認(rèn)是30. |
6樓2011-07-15 15:29:15
zhangmt
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
我叫MT
- QC強(qiáng)帖: 5
- 應(yīng)助: 99 (初中生)
- 金幣: 6961.8
- 散金: 10406
- 紅花: 49
- 帖子: 1761
- 在線: 763.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 880392
- 注冊(cè): 2009-10-22
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
★ ★ ★
zhou2009(金幣+3): 2011-07-15 15:56:44
zhou2009(金幣+3): 2011-07-15 15:56:44
|
1、計(jì)算不要在windows下面做，改在linux下面計(jì)算。超快，而且不易出差錯(cuò) 2、40個(gè)原子小case。基函數(shù)2000個(gè)以內(nèi)算起來(lái)都很快。3000個(gè)就要跑很久了。 3、沒(méi)必要用半經(jīng)驗(yàn)的，連hf也不用，直接上密度泛函，找個(gè)合適的泛函，如果不懂直接用通用的b3lyp就行。步長(zhǎng)opt(maxstep=20)或者10，只有在極罕見(jiàn)的情況下才會(huì)跑丟。 |
7樓2011-07-15 15:42:54
jianqin
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專(zhuān)業(yè): 質(zhì)譜分析
|
謝謝zhangmt！ 關(guān)于計(jì)算時(shí)間，我再補(bǔ)充說(shuō)明一下：在linux下(redhat enterprise 5)我也進(jìn)行過(guò)gaussian 09的計(jì)算。 一個(gè)41個(gè)原子的中性分子（有C,N,O,S），用B3LYP 6-311+G(d,p)方法，設(shè)置內(nèi)存和CPU(intel xeon)如下：mem=2GB， nproc=4，計(jì)算耗時(shí)約14小時(shí)，同樣分子用B3LYP 6-31+G(d,p)，內(nèi)存和CPU設(shè)置同前，計(jì)算耗時(shí)約7小時(shí)。 請(qǐng)問(wèn)這個(gè)計(jì)算時(shí)間對(duì)于你們來(lái)說(shuō)是否太長(zhǎng)了？ 是什么原因?qū)е挛业挠?jì)算時(shí)間如此長(zhǎng)？ 是否是我的某些設(shè)置有問(wèn)題？除了設(shè)置基組，自旋度1，其他均默認(rèn)。 |
8樓2011-07-15 17:24:18
jianqin
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專(zhuān)業(yè): 質(zhì)譜分析
9樓2011-07-15 17:25:30
zhangmt
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
我叫MT
- QC強(qiáng)帖: 5
- 應(yīng)助: 99 (初中生)
- 金幣: 6961.8
- 散金: 10406
- 紅花: 49
- 帖子: 1761
- 在線: 763.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 880392
- 注冊(cè): 2009-10-22
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
10樓2011-07-15 17:48:06
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 jianqin 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +5 | 世界首富 2026-03-11 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自動(dòng)化所實(shí)習(xí) +5 | Losir 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +3 | 聽(tīng)風(fēng)就是雨； 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +3 | lemonzzn 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +3 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +6 | 大可digkids 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +4 | 諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)覬?/a> 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +5 | 素年祭語(yǔ) 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 求調(diào)劑 +13 | enenenhui 2026-03-13 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 材料工程調(diào)劑 +9 | 咪咪空空 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求材料調(diào)劑 085600英一數(shù)二總分302 前三科235 精通機(jī)器學(xué)習(xí) 一志愿哈工大 +4 | 林yaxin 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 工科，求調(diào)劑 +3 | 我887 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 球球古力 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +8 | 困于星晨 2026-03-12 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 程雨杭 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 是Lupa啊 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑，材料、化工皆可 +8 | 蘇打水7777 2026-03-11 | 10/500 |
|
|
|
[考博] 讀博申請(qǐng) +5 | 感dd 2026-03-10 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 收調(diào)劑 +7 | 調(diào)劑的考研學(xué)生 2026-03-10 | 7/350 |
|