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jianqin金蟲 (正式寫手)
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[求助]
Gaussian幾何優(yōu)化后的鍵長不合理
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用Gaussian 09做分子幾何優(yōu)化。分子的部分結(jié)構(gòu)見圖1，具有兩個手性中心（C3和C6）。幾何優(yōu)化分步過程如下：先用chem3D MM2做初步優(yōu)化，再用PM3優(yōu)化（包括頻率分析），接下來用RHF 6-31G做優(yōu)化（包括頻率分析），計算均成功完成。但是分子中的碳硫鍵C3-S1（圖1），經(jīng)PM3優(yōu)化后，鍵長1.882埃，基本合理，經(jīng)RHF 6-31G優(yōu)化后竟然變成3.172埃，顯然是不合理的。我的疑問如下： 我的這種分步優(yōu)化應(yīng)該是合理的吧？ 鍵長不合理的情況是否與分子中包含手性中心有關(guān)？因為C3是手性的，導(dǎo)致gaussian對碳硫鍵的處理不合理？（另一個手性中心C6周圍的鍵長均在合理范圍內(nèi)） gaussian中對手性分子的幾何優(yōu)化有什么需要特別注意的嗎？ 6-31G的基組對于處理硫這樣的原子足夠嗎？ 補充：剛看到其他的帖子，認為初始分子的構(gòu)型是否合理，對找到正確的優(yōu)化結(jié)構(gòu)很關(guān)鍵？那么我的分步優(yōu)化產(chǎn)生的構(gòu)型是否是比較合理的構(gòu)型呢？ [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
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fatpig8832
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4樓2011-07-15 12:00:35
fatpig8832
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zhangmt
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【答案】應(yīng)助回帖
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gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金幣+10): 2011-07-15 15:15:42
gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金幣+10): 2011-07-15 15:15:42
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1、這類小分子，根本沒必要預(yù)優(yōu)化，根據(jù)經(jīng)驗，在Gview里面直接畫好，然后上Gaussian直接跑就行。 2、基組偏小，6-311g*跑這個也不過半個小時左右 3、手性中心對優(yōu)化沒有影響，只要你的初始結(jié)構(gòu)合理即可 4、分析原因可能有兩點： A.初始構(gòu)象不合理 B.Gaussian默認步長偏大 5、解決方案： 從一個合理初始構(gòu)象開始，縮小步長，很快就能收斂。 這個問題幾乎就不是問題。 |
5樓2011-07-15 12:29:20
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