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jianqin金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
Gaussian幾何優(yōu)化后的鍵長(zhǎng)不合理
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用Gaussian 09做分子幾何優(yōu)化。分子的部分結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖1，具有兩個(gè)手性中心（C3和C6）。幾何優(yōu)化分步過(guò)程如下：先用chem3D MM2做初步優(yōu)化，再用PM3優(yōu)化（包括頻率分析），接下來(lái)用RHF 6-31G做優(yōu)化（包括頻率分析），計(jì)算均成功完成。但是分子中的碳硫鍵C3-S1（圖1），經(jīng)PM3優(yōu)化后，鍵長(zhǎng)1.882埃，基本合理，經(jīng)RHF 6-31G優(yōu)化后竟然變成3.172埃，顯然是不合理的。我的疑問(wèn)如下： 我的這種分步優(yōu)化應(yīng)該是合理的吧？ 鍵長(zhǎng)不合理的情況是否與分子中包含手性中心有關(guān)？因?yàn)镃3是手性的，導(dǎo)致gaussian對(duì)碳硫鍵的處理不合理？（另一個(gè)手性中心C6周?chē)逆I長(zhǎng)均在合理范圍內(nèi)） gaussian中對(duì)手性分子的幾何優(yōu)化有什么需要特別注意的嗎？ 6-31G的基組對(duì)于處理硫這樣的原子足夠嗎？ 補(bǔ)充：剛看到其他的帖子，認(rèn)為初始分子的構(gòu)型是否合理，對(duì)找到正確的優(yōu)化結(jié)構(gòu)很關(guān)鍵？那么我的分步優(yōu)化產(chǎn)生的構(gòu)型是否是比較合理的構(gòu)型呢？ [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
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zhangmt
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對(duì)論壇的貢獻(xiàn)，獎(jiǎng)勵(lì)一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金幣+10): 2011-07-15 15:15:42
gmy1990(金幣+3): 非常感謝你對(duì)論壇的貢獻(xiàn)，獎(jiǎng)勵(lì)一下！ 2011-07-15 12:39:14
jianqin(金幣+10): 2011-07-15 15:15:42
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1、這類(lèi)小分子，根本沒(méi)必要預(yù)優(yōu)化，根據(jù)經(jīng)驗(yàn)，在Gview里面直接畫(huà)好，然后上Gaussian直接跑就行。 2、基組偏小，6-311g*跑這個(gè)也不過(guò)半個(gè)小時(shí)左右 3、手性中心對(duì)優(yōu)化沒(méi)有影響，只要你的初始結(jié)構(gòu)合理即可 4、分析原因可能有兩點(diǎn)： A.初始構(gòu)象不合理 B.Gaussian默認(rèn)步長(zhǎng)偏大 5、解決方案： 從一個(gè)合理初始構(gòu)象開(kāi)始，縮小步長(zhǎng)，很快就能收斂。 這個(gè)問(wèn)題幾乎就不是問(wèn)題。 |
5樓2011-07-15 12:29:20
zhangmt
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zhou2009(金幣+3): 2011-07-15 15:56:44
zhou2009(金幣+3): 2011-07-15 15:56:44
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1、計(jì)算不要在windows下面做，改在linux下面計(jì)算。超快，而且不易出差錯(cuò) 2、40個(gè)原子小case�；瘮�(shù)2000個(gè)以?xún)?nèi)算起來(lái)都很快。3000個(gè)就要跑很久了。 3、沒(méi)必要用半經(jīng)驗(yàn)的，連hf也不用，直接上密度泛函，找個(gè)合適的泛函，如果不懂直接用通用的b3lyp就行。步長(zhǎng)opt(maxstep=20)或者10，只有在極罕見(jiàn)的情況下才會(huì)跑丟。 |
7樓2011-07-15 15:42:54
zhangmt
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10樓2011-07-15 17:48:06
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12樓2011-07-15 20:43:18
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20樓2011-07-18 12:17:53
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34樓2011-07-23 20:03:56
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