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jianqin金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
Gaussian幾何優(yōu)化后的鍵長(zhǎng)不合理
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用Gaussian 09做分子幾何優(yōu)化。分子的部分結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖1，具有兩個(gè)手性中心（C3和C6）。幾何優(yōu)化分步過(guò)程如下：先用chem3D MM2做初步優(yōu)化，再用PM3優(yōu)化（包括頻率分析），接下來(lái)用RHF 6-31G做優(yōu)化（包括頻率分析），計(jì)算均成功完成。但是分子中的碳硫鍵C3-S1（圖1），經(jīng)PM3優(yōu)化后，鍵長(zhǎng)1.882埃，基本合理，經(jīng)RHF 6-31G優(yōu)化后竟然變成3.172埃，顯然是不合理的。我的疑問(wèn)如下： 我的這種分步優(yōu)化應(yīng)該是合理的吧？ 鍵長(zhǎng)不合理的情況是否與分子中包含手性中心有關(guān)？因?yàn)镃3是手性的，導(dǎo)致gaussian對(duì)碳硫鍵的處理不合理？（另一個(gè)手性中心C6周?chē)逆I長(zhǎng)均在合理范圍內(nèi)） gaussian中對(duì)手性分子的幾何優(yōu)化有什么需要特別注意的嗎？ 6-31G的基組對(duì)于處理硫這樣的原子足夠嗎？ 補(bǔ)充：剛看到其他的帖子，認(rèn)為初始分子的構(gòu)型是否合理，對(duì)找到正確的優(yōu)化結(jié)構(gòu)很關(guān)鍵？那么我的分步優(yōu)化產(chǎn)生的構(gòu)型是否是比較合理的構(gòu)型呢？ [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
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jianqin
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剛學(xué)gaussian，很多不懂。 感謝zhangmt和其他人的熱心指導(dǎo)！ zhangmt和其他人均認(rèn)為hf 6-31G是小基組，即使用6-311G*計(jì)算也很快，但是我畫(huà)出的是分子的一部分。事實(shí)上是某一偶電子離子的一部分（離子一共40個(gè)原子），我計(jì)算時(shí)需要5個(gè)小時(shí)左右，是否離子的計(jì)算比中性分子更慢？當(dāng)然電腦配置也有關(guān)系。 我先用pm3的結(jié)果直接用b3lyp 6-31G*優(yōu)化，并縮小步長(zhǎng)試試，想請(qǐng)問(wèn)，步長(zhǎng)設(shè)置多少比較合理？查了下，默認(rèn)是30. |
6樓2011-07-15 15:29:15
fatpig8832
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2樓2011-07-15 10:20:09
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3樓2011-07-15 10:33:52
fatpig8832
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4樓2011-07-15 12:00:35
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