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微風(fēng)breeze鐵蟲 (初入文壇)
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【求助】NVT弛豫問題 已有2人參與
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現(xiàn)在在NVT弛豫這塊遇到了問題： 1、NVT弛豫之前需不需要minimize 2、用NVT弛豫是不是就是fix NVT然后run一段時(shí)間，直到勢(shì)能和總能在某一個(gè)值上下波動(dòng)，即平衡？ 3、給定初始速度應(yīng)該在哪里給定，minimize之前，還是minimize與fix NVT之間，還是別的?還有關(guān)于velocity命令的迷惑，velocity create XX seed（自己隨便寫還是用別的方法產(chǎn)生）temp temp_compute（這個(gè)計(jì)算的溫度和前面的XX問題有什么區(qū)別，它對(duì)于velocity這個(gè)命令到底有什么作用） 4、為什么我fix NVT之后，跑了很長時(shí)間還是無法達(dá)到我指定的溫度，比如 fix NVT 293.0 293.0 5 drag 0.2 run 120000之后，得到的圖像是這樣的，  好像沒達(dá)到平衡，不知道是哪出錯(cuò)了，溫度也不能達(dá)到293K 請(qǐng)大家?guī)兔鉀Q下，謝謝！ |
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微風(fēng)breeze
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3樓2010-12-03 11:16:09
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+10):thank you 2010-12-03 15:27:11
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zh1987hs(金幣+10):thank you 2010-12-03 15:27:11
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1、NVT弛豫之前需不需要minimize 當(dāng)然需要!! minimization的主要作用是消除原子間的 overlap, 不做其他的事情. 2、用NVT弛豫是不是就是fix NVT然后run一段時(shí)間，直到勢(shì)能和總能在某一個(gè)值上下波動(dòng)，即平衡？ 對(duì)的. 只需要看總能量就可以了, 因?yàn)镹和T是定值, 那么kinetic energy是定值, 所以勢(shì)能和總能是一個(gè)概念了. 3、給定初始速度應(yīng)該在哪里給定，minimize之前，還是minimize與fix NVT之間，還是別的?還有關(guān)于velocity命令的迷惑，velocity create XX seed（自己隨便寫還是用別的方法產(chǎn)生）temp temp_compute（這個(gè)計(jì)算的溫度和前面的XX問題有什么區(qū)別，它對(duì)于velocity這個(gè)命令到底有什么作用） 參見 1. 回答. minimization 不需要你初速度的信息, 所以放哪里都無所謂, 你可以嘗試的. 便于理解的話, 你就這樣放在minize后面好了. velocity的問題, 手冊(cè)講得很清楚了, 再去讀一下吧. 4、為什么我fix NVT之后，跑了很長時(shí)間還是無法達(dá)到我指定的溫度，比如 fix NVT 293.0 293.0 5 drag 0.2 顯然你需要找到一個(gè)優(yōu)化值, 而不是就用0.2, 參見這個(gè)帖子: http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2435901&fpage=1 雖然fix NVT 用的是Nose-Hoover 和 berendsen thermostat 實(shí)現(xiàn)方法上有些不同, 但是基本的道理還是一樣的. 好了, 注意了這些以后, 等你的T穩(wěn)定了, 給大家上新圖. |
4樓2010-12-03 11:26:48
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