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【分享】可自動(dòng)計(jì)算RMSD, RMSF和SASA的VMD插件
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今天偶然瀏覽發(fā)現(xiàn)了一個(gè)十分有用的VMD插件VMDICE http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/ 里面還有個(gè)manual,介紹了如果在WIN下和LINUX下安裝可自動(dòng)計(jì)算RMSD,RMSF和SASA，具有圖形化界面希望對大家有用。 PS:在WIN下成功安裝了，但是在UBUNTU下無法正常安裝 能安裝的朋友麻煩給指點(diǎn)一下，作者說OPENSUSE可以 一個(gè)介紹該plugin 的paper http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21581/abstract vmd 本身可以完成這些計(jì)算分析，但帶個(gè)強(qiáng)大的gui 會(huì)帶來很多方便(此文獻(xiàn)由Bay_gulf618提供 ) 和大家分享一下： 此外，我在安WIN的時(shí)候沒有任何問題，但是在安裝UBUNTU下時(shí)就出現(xiàn)了困難： 在這個(gè).vmdrc中，主要問題出現(xiàn)在 set dir $VMD/plugins/noarch/tcl/vmdICE1.0 source $dir/pkgIndex.tcl vmd_install_extension vmdICE xrmsdgui_tk_cb "Analysis/vmdICE" 這三行里，在載入VMD時(shí)，顯示 can not read "VMD" no such a varible, can not read "dir" no such a varible 其后，打開analysis,可以看見VMDICE插件，但是點(diǎn)擊打不開， 顯示invalid commond name "xrmsdgui_tk_cb" 詢問過原作者，說他測試過FEDORA和OPENSUSE都可以，不知道這個(gè)問題各位能否幫忙解決，萬分感謝 附：作圖效果  [ Last edited by zh1987hs on 2010-8-26 at 19:29 ] |
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