 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3608 | 回復: 4 | ||
| 【獎勵】 本帖被評價2次，作者zh1987hs增加金幣 1.2 個 | ||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
[資源]
【分享】可自動計算RMSD, RMSF和SASA的VMD插件
|
||
|
今天偶然瀏覽發(fā)現(xiàn)了一個十分有用的VMD插件VMDICE http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/ 里面還有個manual,介紹了如果在WIN下和LINUX下安裝可自動計算RMSD,RMSF和SASA，具有圖形化界面希望對大家有用。 PS:在WIN下成功安裝了，但是在UBUNTU下無法正常安裝 能安裝的朋友麻煩給指點一下，作者說OPENSUSE可以 一個介紹該plugin 的paper http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21581/abstract vmd 本身可以完成這些計算分析，但帶個強大的gui 會帶來很多方便(此文獻由Bay_gulf618提供 ) 和大家分享一下： 此外，我在安WIN的時候沒有任何問題，但是在安裝UBUNTU下時就出現(xiàn)了困難： 在這個.vmdrc中，主要問題出現(xiàn)在 set dir $VMD/plugins/noarch/tcl/vmdICE1.0 source $dir/pkgIndex.tcl vmd_install_extension vmdICE xrmsdgui_tk_cb "Analysis/vmdICE" 這三行里，在載入VMD時，顯示 can not read "VMD" no such a varible, can not read "dir" no such a varible 其后，打開analysis,可以看見VMDICE插件，但是點擊打不開， 顯示invalid commond name "xrmsdgui_tk_cb" 詢問過原作者，說他測試過FEDORA和OPENSUSE都可以，不知道這個問題各位能否幫忙解決，萬分感謝 附：作圖效果  [ Last edited by zh1987hs on 2010-8-26 at 19:29 ] |
回復此樓» 猜你喜歡
0805求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
342求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
一志愿北京科技大學085601材料工程英一數(shù)二初試總分335求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
273求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
339求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
267求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
070300化學279求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復
-
318求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
309分085801求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 做分子模擬電腦配置
已經(jīng)有7人回復
- 新手求助有關(guān)RMSD,RMSF等計算
已經(jīng)有12人回復
3樓2013-12-25 15:09:19
2樓2010-08-26 19:24:12
4樓2014-01-23 22:42:42
5樓2015-06-25 13:11:13
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 考研材料工程351分調(diào)劑 +4 | 整個好的 2026-03-31 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 329求調(diào)劑，一志愿西北工業(yè)大學，材料工程（085601） +6 | 小小機靈蟲 2026-03-29 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 288資源與環(huán)境專碩求調(diào)劑，不限專業(yè)，有學上就行 +19 | lllllos 2026-03-30 | 19/950 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +6 | 邱gl 2026-03-30 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 367求調(diào)劑 +7 | 芋泥啵�！� 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿085600中科院寧波所276分求調(diào)劑 +12 | 材料學257求調(diào)劑 2026-03-28 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國科學院大學265求調(diào)劑 +6 | 恬淡ye 2026-03-31 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 293分求調(diào)劑，外語為俄語 +5 | 加一一九 2026-03-31 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 英一數(shù)一408，總分284，二戰(zhàn)真誠求調(diào)劑 +3 | 12.27 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 359求調(diào)劑 +5 | 王了個楠 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085602 化學工程專碩 340分求調(diào)劑 +4 | qianbai11 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +10 | 張zz111 2026-03-27 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +6 | 愛羈絆 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 本科新能源科學與工程，一志愿華理能動285求調(diào)劑 +7 | AZMK 2026-03-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +7 | A child 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 藥學105500求調(diào)劑 +3 | Ssun。。 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 266分求材料化工冶金礦業(yè)等專業(yè)的調(diào)劑 +4 | 哇呼哼呼哼 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑推薦 +5 | 清酒714 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[論文投稿] Journal of Mechanical Science and Technology +3 | Russ_ss 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[碩博家園] 北京林業(yè)大學碩導招生廣告 +6 | kongweilin 2026-03-26 | 8/400 |
|