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chem2012銀蟲 (初入文壇)
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[交流]
【請(qǐng)教】請(qǐng)教各位高手一個(gè)難解決的B類錯(cuò)誤 已有2人參與
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碰到一個(gè)B類錯(cuò)誤，不知如何解決，提升空間群后，空間群沒(méi)變化，還是P2(1)/c，這個(gè)B類錯(cuò)誤依舊存在。 PLAT112_ALERT_2_B ADDSYM Detects Additional (Pseudo) Symm. Elem... S 請(qǐng)教各位高手，望不吝賜教，萬(wàn)分感謝！ |
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2樓2010-08-26 08:51:32
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6樓2010-08-26 20:37:14
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S 是硫吧， 前面那個(gè)單詞可能是element。 這個(gè)Pseudo Symmetry 好像叫雁對(duì)稱。 所謂贗對(duì)稱性（pseudo-symmetry）的結(jié)構(gòu)，簡(jiǎn)言之，就是晶體結(jié)構(gòu)中，含有某 些比較重的原子（如稀土等重金屬，或溴、碘之類的非金屬），他們?cè)诰w中處于某 些特殊位置，使得自身的對(duì)稱性高于輕原子及晶體整體的對(duì)稱性。例如，他們具有 額外的平移或中心對(duì)稱性。這時(shí)，在直接法或帕特森法的電子密度圖上就會(huì)相應(yīng)造 成所謂輕原子的“多解”，即電子密度圖中，輕原子除了在正確位置上出現(xiàn)之外，還 在一個(gè)或者多個(gè)錯(cuò)誤的位置上出現(xiàn)。相應(yīng)的多解形式分為平移多解和倒反多解，分 別為贗平移對(duì)稱性（pseudo-translation）和贗倒反對(duì)稱性（pseudo-inversion）。這些多 解造成了難以直接從普通直接法或帕特森法的電子密度圖上獲得正確的結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu) 片段，所以稱難解的結(jié)構(gòu)。 人工破解贗對(duì)稱性的結(jié)構(gòu)比較麻煩，一般可以采取以下辦法。在直接法或或帕 特森法的電子密度圖上，除了得到重原子的坐標(biāo)之外，先從最高的電子密度峰中， 找出幾何合理的一兩個(gè)原子或一個(gè)基團(tuán)，進(jìn)行幾輪最小二乘法精修。如果這些原子 完全屬于多解中的同一套解（可以是任何一套解）的原子，則可能部分（當(dāng)然還不 完全）破解了贗對(duì)稱性引起的多解，并促進(jìn)新的正確原子在隨后的傅立葉合成圖中 以較高電子密度峰形式出現(xiàn)。利用結(jié)構(gòu)化學(xué)等知識(shí)，小心挑選出最可能正確的幾個(gè) 原子，并重復(fù)前面的過(guò)程，直至大部分原子被確定下來(lái)，就可以破解贗對(duì)稱性的結(jié) 構(gòu)。注意，每次挑選原子必須非常小心，因?yàn)檫x錯(cuò)原子，就會(huì)加強(qiáng)贗對(duì)稱性效應(yīng)， 反而妨礙破解贗對(duì)稱性結(jié)構(gòu)的努力。 順便指出，一些可以免費(fèi)下載的晶體結(jié)構(gòu)分析程序，如SAPI 和SIR等， 具有破解贗對(duì)稱性結(jié)構(gòu)的能力。利用這些程序可以進(jìn)行相當(dāng)自動(dòng)化的結(jié)構(gòu)解析。 摘自：?jiǎn)尉ЫY(jié)構(gòu)分析的原理 與實(shí)踐 陳小明 蔡繼文 我也不是很明白，希望多多交流 [ Last edited by cluster8676 on 2010-8-27 at 01:30 ] |
7樓2010-08-27 01:22:59
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