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chem2012銀蟲 (初入文壇)
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[交流]
【請教】請教各位高手一個難解決的B類錯誤 已有2人參與
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碰到一個B類錯誤，不知如何解決，提升空間群后，空間群沒變化，還是P2(1)/c，這個B類錯誤依舊存在。 PLAT112_ALERT_2_B ADDSYM Detects Additional (Pseudo) Symm. Elem... S 請教各位高手，望不吝賜教，萬分感謝！ |
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xmuamoy
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6樓2010-08-26 20:37:14
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S 是硫吧， 前面那個單詞可能是element。 這個Pseudo Symmetry 好像叫雁對稱。 所謂贗對稱性（pseudo-symmetry）的結(jié)構(gòu)，簡言之，就是晶體結(jié)構(gòu)中，含有某 些比較重的原子（如稀土等重金屬，或溴、碘之類的非金屬），他們在晶體中處于某 些特殊位置，使得自身的對稱性高于輕原子及晶體整體的對稱性。例如，他們具有 額外的平移或中心對稱性。這時，在直接法或帕特森法的電子密度圖上就會相應(yīng)造 成所謂輕原子的“多解”，即電子密度圖中，輕原子除了在正確位置上出現(xiàn)之外，還 在一個或者多個錯誤的位置上出現(xiàn)。相應(yīng)的多解形式分為平移多解和倒反多解，分 別為贗平移對稱性（pseudo-translation）和贗倒反對稱性（pseudo-inversion）。這些多 解造成了難以直接從普通直接法或帕特森法的電子密度圖上獲得正確的結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu) 片段，所以稱難解的結(jié)構(gòu)。 人工破解贗對稱性的結(jié)構(gòu)比較麻煩，一般可以采取以下辦法。在直接法或或帕 特森法的電子密度圖上，除了得到重原子的坐標(biāo)之外，先從最高的電子密度峰中， 找出幾何合理的一兩個原子或一個基團(tuán)，進(jìn)行幾輪最小二乘法精修。如果這些原子 完全屬于多解中的同一套解（可以是任何一套解）的原子，則可能部分（當(dāng)然還不 完全）破解了贗對稱性引起的多解，并促進(jìn)新的正確原子在隨后的傅立葉合成圖中 以較高電子密度峰形式出現(xiàn)。利用結(jié)構(gòu)化學(xué)等知識，小心挑選出最可能正確的幾個 原子，并重復(fù)前面的過程，直至大部分原子被確定下來，就可以破解贗對稱性的結(jié) 構(gòu)。注意，每次挑選原子必須非常小心，因為選錯原子，就會加強(qiáng)贗對稱性效應(yīng)， 反而妨礙破解贗對稱性結(jié)構(gòu)的努力。 順便指出，一些可以免費(fèi)下載的晶體結(jié)構(gòu)分析程序，如SAPI 和SIR等， 具有破解贗對稱性結(jié)構(gòu)的能力。利用這些程序可以進(jìn)行相當(dāng)自動化的結(jié)構(gòu)解析。 摘自：單晶結(jié)構(gòu)分析的原理 與實(shí)踐 陳小明 蔡繼文 我也不是很明白，希望多多交流 [ Last edited by cluster8676 on 2010-8-27 at 01:30 ] |
7樓2010-08-27 01:22:59
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