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piaoma木蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】VMD顯示振動(dòng)光譜
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| 請(qǐng)問：在VMD的菜單extension---analysis下有兩個(gè)選項(xiàng)分別為IR spectral density calculator 和RamanChandran plot。應(yīng)該是計(jì)算紅外和拉曼光譜的，不知道怎么用？哪位能介紹下嗎？我載入分子后，直接點(diǎn)擊，報(bào)錯(cuò)。 |
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bay__gulf
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zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-09-25 12:12:12
piaoma(金幣+10): 2010-09-25 14:41:28
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-09-25 12:12:12
piaoma(金幣+10): 2010-09-25 14:41:28
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不同溫度的IR 圖理論是應(yīng)該是一樣的, 只是峰寬有些差異 鍵的振動(dòng)主要來源于鍵伸縮, 而在MD 的模擬中, 這個(gè)作用處理成了諧勢(shì) 運(yùn)行時(shí)候的參數(shù)主要是些和軌跡相關(guān)的設(shè)置, 看懂各個(gè)意思就會(huì)的 只是需要注意的是, 軌跡中應(yīng)該有原子電荷信息, 因?yàn)镮R spec 是靠偶極矩計(jì)算的 IR 光譜, 或是說原子振動(dòng)是一個(gè)量子效應(yīng) 個(gè)人認(rèn)為MD 得到IR 曲線本身就有問題的 但我沒有詳細(xì)對(duì)比計(jì)算的可信度 |
4樓2010-09-25 11:22:00
bay__gulf
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2樓2010-09-05 15:57:29
piaoma
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3樓2010-09-25 11:04:41
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