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木蟲(chóng) (職業(yè)作家)

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[交流] 【求助/交流】有關(guān)MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹(shù) 已有9人參與

各位生物信息學(xué)的高手們，本人最近用MEGA4構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的時(shí)候，最后一步的時(shí)候總是出錯(cuò)，軟件會(huì)提示：

。這種情況怎么解決啊？提示中的編號(hào)代表什么意思啊？請(qǐng)各位高手不吝賜教。

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1樓 2010-09-05 21:06:56

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tuobaohua

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scelab(金幣+2):歡迎多來(lái)交流！:tiger06: 2010-09-05 23:49:18

我之前也老是出問(wèn)題，但是和你的不一樣，最后還是沒(méi)搞出來(lái)。
最后我就沒(méi)用MEGA建樹(shù)了，用Clustal x隨便做了一個(gè)，看了看效果
希望后面能有高手解答你的問(wèn)題

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2樓2010-09-05 21:49:28

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linysm

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scelab(金幣+1):有可能吧~~~ 2010-09-05 23:49:29

是不是文件的輸入格式有問(wèn)題？不識(shí)別。

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3樓2010-09-05 23:15:02

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ottolzm

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silicare(金幣+1):謝謝參與 2010-09-06 12:41:53

在你比對(duì)之前的TXT 文件里的序列的FASTA格式一定要正確每?jī)蓚€(gè)序列之間不要空出一行或者多行保證序列的整齊度在每個(gè)字符的后面不要留任何的非顯示的字符比如空格一類(lèi)的再試試 MEGA 很好用而且用的數(shù)學(xué)模型可選擇范圍大建的樹(shù)也比較規(guī)范可編輯性強(qiáng) 再試試祝你好運(yùn)

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4樓2010-09-06 08:43:18

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house

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silicare(金幣+1):謝謝參與 2010-09-06 12:42:07

注意aligment后要轉(zhuǎn)化為mega格式，不然不同aligment格式產(chǎn)生的缺失標(biāo)識(shí)不一樣。

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5樓2010-09-06 08:54:19

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xiaoguniang

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silicare(金幣+1):謝謝參與 2010-09-06 12:42:19

四樓說(shuō)的很好。
第一：fasta文件格式
第二：是否選擇的是核酸。
第三：aligment后保存為mega格式。
一般就注意這些，就足夠了

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6樓2010-09-06 09:10:27

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xiaoru2010

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沒(méi)有正常的單位位點(diǎn)？你輸入的是氨基酸序列碼？比對(duì)正常嗎？如果都不是就成樹(shù)這樣的話就是你建樹(shù)的對(duì)象差距太大吧，湊不到一個(gè)樹(shù)里……我猜

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7樓2010-09-06 09:19:51

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櫻花56

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13287樓: Originally posted by house at 2010-09-06 08:54:19
注意aligment后要轉(zhuǎn)化為mega格式，不然不同aligment格式產(chǎn)生的缺失標(biāo)識(shí)不一樣。

我都照做了每次總出現(xiàn)錯(cuò)誤

QQ截圖20130118103956.png

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嘎嘎

8樓2013-01-18 10:42:43

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預(yù)謀者

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13995樓: Originally posted by xiaoru2010 at 2010-09-06 09:19:51
沒(méi)有正常的單位位點(diǎn)？你輸入的是氨基酸序列碼？比對(duì)正常嗎？如果都不是就成樹(shù)這樣的話就是你建樹(shù)的對(duì)象差距太大吧，湊不到一個(gè)樹(shù)里……我猜

我之前也出現(xiàn)了這么個(gè)問(wèn)題，很有可能是對(duì)象差距太大了，后來(lái)刪掉了一個(gè)數(shù)據(jù)，樹(shù)就構(gòu)成了~

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9樓2013-01-21 11:49:27

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lantian1007

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2417862樓: Originally posted by 預(yù)謀者 at 2013-01-21 11:49:27
我之前也出現(xiàn)了這么個(gè)問(wèn)題，很有可能是對(duì)象差距太大了，后來(lái)刪掉了一個(gè)數(shù)據(jù)，樹(shù)就構(gòu)成了~...

這個(gè)是正解，我以前也遇到過(guò)，把差異太大的數(shù)據(jù)刪除就可以了

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10樓2013-03-15 22:58:55

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