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[交流]
【求助】請教生物信息學方面的專家，一個進化樹構建的問題？
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各位高手，請問我如果知道一組蛋白質(zhì)序列之間的相似性矩陣，怎么用mega或者phylip軟件構建這組蛋白質(zhì)的進化樹？謝謝了！ 如下面的這個例子，如果我知道9個不同物質(zhì)ND5蛋白質(zhì)序列的相似性矩陣（即距離矩陣），我怎么用MEGA或者PHYLIP軟件中（NJ method or UPGMA method）來構建這個進化樹。那位專家，如果曾經(jīng)做過這方面的研究，可以交流一下。我看有好多的文獻都用這個方法，但是由于自己沒有系統(tǒng)的學習過這方面的知識，都是憑自己看資料或者書籍才慢慢了解的，所以對于這兩個軟件不是很了解。故在此請教各位高手，先謝謝了！ [ Last edited by pengxin8086 on 2011-4-11 at 22:18 ] |
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pengxin8086(金幣+3): 謝謝了！我自己也在看PHYLIP相關的軟件說明，但是有些地方一直跨不過去。 2011-04-12 09:36:52
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雖然也不是很懂。給你一個網(wǎng)站。你可以參考。有部分介紹。 PHYLIP http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/phylip.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/neighbor.html 希望給你一些啟示。 ps dnd格式文件貌似是這些數(shù)據(jù)的存放處，研究對比一下，說不定是有突破口的。算法這些有些復雜。 [ Last edited by xujian568 on 2011-4-12 at 01:16 ] |
3樓2011-04-12 01:13:00
4樓2011-04-12 09:10:28
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11樓2014-05-12 22:35:26
簡單回復
yyp_1232樓
2011-04-11 22:27
回復
2011-04-12 09:23
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