 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 2988 | 回復(fù): 19 | |||
czb002金蟲 (正式寫手)
|
[交流]
【分享】phylip軟件進(jìn)化樹構(gòu)建使用說明 已有16人參與
|
||
|
1. 打開ClustalX軟件（對(duì)序列進(jìn)行比對(duì)），點(diǎn)擊“文件”→“載入序列”；點(diǎn)擊“比對(duì)” →“輸出格式選項(xiàng)” →“phylip格式”前打勾；點(diǎn)擊“比對(duì)” →“完全比對(duì)”；比對(duì)完成后，關(guān)閉程序，并將生成的帶.phy后綴的文件拷貝至phylip軟件包的“exe”文件夾下。 2. 打開seqboot軟件，按照路徑輸入所拷貝的“.phy”文件，回車 3. 輸入“r”，回車→輸入1000，回車→輸入“y”，回車→輸入“5”，回車→出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序，完成seqboot（上圖中的J選項(xiàng)代表評(píng)估方法，默認(rèn)為bootstrap法進(jìn)行評(píng)估，可更改選項(xiàng)；R選項(xiàng)默認(rèn)多少次，輸入1000表示共進(jìn)行1000次的republicate）。自動(dòng)生成文件“outfile”，可用記事本打開。 4. 將剛剛生成的outfile文件更名為infile1，打開dnadist軟件（采用鄰位相連算法構(gòu)建進(jìn)化樹，如采用其他算法，則用其他軟件），按照路徑輸入文件名infile1，回車 5. 輸入t，回車→輸入20，回車→輸入m，回車→輸入d，回車→輸入1000，回車→輸入y，回車→等待……等待……等待……時(shí)間長(zhǎng)度視序列多寡長(zhǎng)短及重復(fù)數(shù)多寡而不等，直到出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序（D選項(xiàng)為距離模式，默認(rèn)為F84；T選項(xiàng)為點(diǎn)突變的“轉(zhuǎn)換/顛換比率”，通常在15～30之間；M選項(xiàng)采用和原來一樣的重復(fù)數(shù)；輸入d，采用data sets）。自動(dòng)生成文件outfile。 6. 將outfile重命名為infile2，打開neighnor軟件（采用鄰位算法），按照路徑輸入infile2，回車 7. 輸入選項(xiàng)m，回車→輸入1000，回車→輸入奇數(shù)5，回車→輸入y，回車→等待……一定時(shí)間后出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序。生成兩個(gè)文件outfile和outtree。Outfile是分析結(jié)果的輸出報(bào)告，可用記事本打開，outtree可用treeview打開。 8. 將outfile更名為outfile1，outtree文件更名為intree1，打開consense軟件，按照路徑輸入intree1，回車 9. 輸入y，回車→等待……一定時(shí)間后出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序。生成兩個(gè)新文件outfile和outtree。Outtree就是最終結(jié)果，可用treeview軟件打開觀看 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
英一數(shù)一408，總分284，二戰(zhàn)真誠求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
083000環(huán)境科學(xué)與工程調(diào)劑，總分281
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
食品工程專碩一志愿中海洋309求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
085600材料與化工調(diào)劑
已經(jīng)有14人回復(fù)
-
一志愿北化085600材料專碩275|有文章專利｜求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿 南京航空航天大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
274求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 大家使用哪些免費(fèi)軟件建立模型呢？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 使用diamond軟件出現(xiàn)的一個(gè)小問題，知道得哥哥姐姐們幫幫忙看看哈
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 大家都使用什么軟件處理Raman數(shù)據(jù)��？
已經(jīng)有51人回復(fù)
- 細(xì)菌多樣性，構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹中如何選擇outgroup？急�。。。。。�！
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 有木有適合win7系統(tǒng)的PHYLIP軟件啊
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 蛋白進(jìn)化樹構(gòu)建的序列選擇原則
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 這樣的進(jìn)化樹用什么軟件制作?
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】進(jìn)化樹的構(gòu)建到底有什么意義呢？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】原創(chuàng)之七：【圖文】系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建及編輯【已搜索無重復(fù)】
已經(jīng)有377人回復(fù)
- 【求助】請(qǐng)教生物信息學(xué)方面的專家，一個(gè)進(jìn)化樹構(gòu)建的問題？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【交流】MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹史上最難的問題求助，必有金幣酬謝
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助/交流】系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助/交流】有關(guān)MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助/交流】16s 構(gòu)建進(jìn)化樹
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助/交流】有沒有會(huì)用PHYLIP做進(jìn)化樹的交流一下？
已經(jīng)有10人回復(fù)
czb002
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1960.8
- 散金: 502
- 紅花: 2
- 帖子: 634
- 在線: 174.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 642589
- 注冊(cè): 2008-11-01
- 專業(yè): 生物化學(xué)
|
The software is available free over the Internet, and written to work on as many different kinds of computer systems as possible. The site is: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/general.html. You can download it easily. |
10樓2010-12-15 12:28:34
jinhx87
至尊木蟲 (知名作家)
- 應(yīng)助: 48 (小學(xué)生)
- 金幣: 28184.7
- 紅花: 6
- 帖子: 6691
- 在線: 1213.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 81315
- 注冊(cè): 2005-07-19
- 專業(yè): 微生物遺傳育種學(xué)
2樓2010-10-27 07:01:08
aloon111
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 59 (初中生)
- 金幣: 1076.3
- 散金: 81
- 紅花: 22
- 帖子: 403
- 在線: 77.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 1125061
- 注冊(cè): 2010-10-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物資源與分類學(xué)
3樓2010-10-27 13:44:44
leizhenzi
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 4298.8
- 帖子: 484
- 在線: 76.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 339815
- 注冊(cè): 2007-04-07
- 專業(yè): 微生物生理與生物化學(xué)
4樓2010-10-27 13:56:42
zhenpengchen
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 916.3
- 紅花: 1
- 帖子: 144
- 在線: 65.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 1077514
- 注冊(cè): 2010-08-19
- 專業(yè): 分子與進(jìn)化生態(tài)學(xué)
5樓2010-10-27 15:14:40
1949stone
榮譽(yù)版主 (知名作家)
海納百川
- 應(yīng)助: 95 (初中生)
- 貴賓: 2.38
- 金幣: 2638.7
- 散金: 3394
- 紅花: 177
- 沙發(fā): 8
- 帖子: 9832
- 在線: 2692.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 765987
- 注冊(cè): 2009-05-08
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物分析
- 管轄: 分子生物
6樓2010-10-27 15:25:29
aloon111
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 59 (初中生)
- 金幣: 1076.3
- 散金: 81
- 紅花: 22
- 帖子: 403
- 在線: 77.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 1125061
- 注冊(cè): 2010-10-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物資源與分類學(xué)
7樓2010-10-28 09:43:25
aloon111
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 59 (初中生)
- 金幣: 1076.3
- 散金: 81
- 紅花: 22
- 帖子: 403
- 在線: 77.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 1125061
- 注冊(cè): 2010-10-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物資源與分類學(xué)
8樓2010-10-28 10:19:35
雪劍57689
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 451.7
- 散金: 10
- 帖子: 68
- 在線: 20.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 1084753
- 注冊(cè): 2010-08-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 植物病理學(xué)
9樓2010-10-30 21:34:11
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 czb002 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 083000環(huán)境科學(xué)與工程調(diào)劑，總分281 +4 | 橙子（勝意） 2026-03-30 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 材料科學(xué)與工程調(diào)劑 +9 | 深V宿舍吧 2026-03-30 | 10/500 |
|
|
[考研] 367求調(diào)劑 +5 | 芋泥啵�！� 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工方向336分 +12 | 辰沐5211314 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑：一志愿湖南大學(xué) 材料與化工（085600），已過六級(jí)。 +9 | XX小鄧 2026-03-29 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +9 | hanamiko 2026-03-26 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 071010 323 分求調(diào)劑 +3 | Baekzhy 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 面上5B能上會(huì)嗎？ +7 | redcom 2026-03-29 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703本科鄭州大學(xué)求調(diào)劑 +7 | nhj_ 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑（080500） +14 | A child 2026-03-27 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 070300一志愿211，312分求調(diào)劑院校 +4 | 小黃鴨寶 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +10 | lin0039 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 352分 化工與材料 +5 | 海納百川Ly 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑11408 +3 | 劉小鹿lu 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 266分求材料化工冶金礦業(yè)等專業(yè)的調(diào)劑 +4 | 哇呼哼呼哼 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械學(xué)碩總分317求調(diào)劑�。。。� +4 | Acaciad 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求b區(qū)院校調(diào)劑 +4 | 周56 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0854人工智能方向招收調(diào)劑 +4 | 章小魚567 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理085500機(jī)械專業(yè)總分300求調(diào)劑 +3 | an10101 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料專碩331求調(diào)劑 +4 | 鮮當(dāng)牛 2026-03-24 | 4/200 |
|