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czb002金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【分享】phylip軟件進(jìn)化樹構(gòu)建使用說明 已有16人參與
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1. 打開ClustalX軟件（對序列進(jìn)行比對），點(diǎn)擊“文件”→“載入序列”；點(diǎn)擊“比對” →“輸出格式選項(xiàng)” →“phylip格式”前打勾；點(diǎn)擊“比對” →“完全比對”；比對完成后，關(guān)閉程序，并將生成的帶.phy后綴的文件拷貝至phylip軟件包的“exe”文件夾下。 2. 打開seqboot軟件，按照路徑輸入所拷貝的“.phy”文件，回車 3. 輸入“r”，回車→輸入1000，回車→輸入“y”，回車→輸入“5”，回車→出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序，完成seqboot（上圖中的J選項(xiàng)代表評估方法，默認(rèn)為bootstrap法進(jìn)行評估，可更改選項(xiàng)；R選項(xiàng)默認(rèn)多少次，輸入1000表示共進(jìn)行1000次的republicate）。自動生成文件“outfile”，可用記事本打開。 4. 將剛剛生成的outfile文件更名為infile1，打開dnadist軟件（采用鄰位相連算法構(gòu)建進(jìn)化樹，如采用其他算法，則用其他軟件），按照路徑輸入文件名infile1，回車 5. 輸入t，回車→輸入20，回車→輸入m，回車→輸入d，回車→輸入1000，回車→輸入y，回車→等待……等待……等待……時(shí)間長度視序列多寡長短及重復(fù)數(shù)多寡而不等，直到出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序（D選項(xiàng)為距離模式，默認(rèn)為F84；T選項(xiàng)為點(diǎn)突變的“轉(zhuǎn)換/顛換比率”，通常在15～30之間；M選項(xiàng)采用和原來一樣的重復(fù)數(shù)；輸入d，采用data sets）。自動生成文件outfile。 6. 將outfile重命名為infile2，打開neighnor軟件（采用鄰位算法），按照路徑輸入infile2，回車 7. 輸入選項(xiàng)m，回車→輸入1000，回車→輸入奇數(shù)5，回車→輸入y，回車→等待……一定時(shí)間后出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序。生成兩個(gè)文件outfile和outtree。Outfile是分析結(jié)果的輸出報(bào)告，可用記事本打開，outtree可用treeview打開。 8. 將outfile更名為outfile1，outtree文件更名為intree1，打開consense軟件，按照路徑輸入intree1，回車 9. 輸入y，回車→等待……一定時(shí)間后出現(xiàn)“press enter to quit”字樣時(shí)，回車，退出程序。生成兩個(gè)新文件outfile和outtree。Outtree就是最終結(jié)果，可用treeview軟件打開觀看 |
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