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paladinlee鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】dlpoly運(yùn)算中bond（化學(xué)鍵）的問題 已有3人參與
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剛剛用dlpoly算了64個(gè)CH4甲烷分子。 config中在gui界面上64個(gè)甲烷分子呈BCC排布,C與H成鍵了。 field用gui自動(dòng)分析生成。bond的勢能函數(shù)（harmonic；morse；fix）都試算了一遍。 control文件具體如下： integrator leapfrog verlet temperature 300.00 pressure 100.00 ensemble npt berendsen 1.0000 1.0000 ... 在VMD中查看history，結(jié)果在運(yùn)算過程（harmonic和morse）中，C與H在開始就沒有成鍵，C和H各自運(yùn)動(dòng)。fix不收斂。 Q1.請問這是什么原因？ 后來用NVT系綜算了一遍，是成鍵了的甲烷分子在運(yùn)動(dòng)。但由于邊界條件，使得一個(gè)邊界的H轉(zhuǎn)移到另一個(gè)邊界。 Q2.是不是成鍵了的分子就不能用NVT來做呢？ 請哪位高手指點(diǎn)一下��！ 謝謝！！ |
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paladinlee
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2樓2010-09-11 17:31:53
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
zh1987hs(金幣+4): 謝謝 2011-07-15 22:52:23
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zh1987hs(金幣+4): 謝謝 2011-07-15 22:52:23
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CH4 nummols 8 atoms 5 mass charge rept CH4_C 12.0110 -0.4720 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 BONDS 4 harm 1 2 333176 1.095 harm 1 3 333176 1.095 harm 1 4 333176 1.095 harm 1 5 333176 1.095 ANGLES 6 harm 2 1 3 23901.8 109.2 harm 2 1 4 23901.8 109.2 harm 2 1 5 23901.8 109.2 harm 3 1 4 23901.8 109.2 harm 3 1 5 23901.8 109.2 harm 4 1 5 23901.8 109.2 finish 我寫的CH4五點(diǎn)模型，你看看行不？ |
5樓2011-07-15 10:10:38
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