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[交流] 【求助】更改源代碼并行出問題已有6人參與

我最近對(duì)lammps中 deposit的源代碼進(jìn)行了更改，然后編譯運(yùn)行在我的單核上都沒問題，但在集群服務(wù)器上，就不能輸出dump，運(yùn)行會(huì)自動(dòng)終止，也不報(bào)錯(cuò)，log文件變空白。但在單機(jī)運(yùn)行是沒問題的，自己解決了好久也不知道問題出在哪里，不知道有沒有前輩有類似的經(jīng)驗(yàn)。
我在deposit源文件中增加的代碼如下：
int i,j;
>  int flag,flagall;
>  double coord[3],lamda[3],delx,dely,delz,rsq;
>  double *newcoord;
>  double **x = atom->x;
>  int *mask = atom->mask;
>  int nlocal = atom->nlocal;
>  int natoms;
>  int data = 0;
>  Region *region = domain->regions[iregion];
>
>  for(int i=0; i< nlocal ; i++) {
> if (mask && groupbit && region->match(x[0],x[1],x[2]))  data += 1;
>  }
>  MPI_Allreduce(&data,&natoms,1,MPI_INT,MPI_SUM,world);
感覺就算其中涉及到并行問題的代碼，也就是最后一句，都是模仿lammps源代碼編寫的，不知道問題出在哪里。
希望前輩能給予指點(diǎn)，萬分感謝謝謝了��！

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1樓 2010-09-14 14:46:26

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zyj8119

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幫頂，呼喚老虎大王，哈哈，你是這方面的專家。

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好好學(xué)習(xí)，天天向上。

2樓2010-09-14 14:57:13

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再說一下運(yùn)行別的例子都沒問題的
一旦用到我改了代碼的deposit命令就不dump
別的列子可以運(yùn)行說明集群服務(wù)器的mpi通信配置沒問題的
但為什么單機(jī)單核可以計(jì)算集群并行就不行了呢？

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3樓2010-09-14 15:00:31

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有前輩指導(dǎo)么。。555

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4樓2010-09-15 15:19:16

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zh1987hs(金幣+3):謝謝指教 2010-09-15 22:55:55

>  int flag,flagall;
>  double coord[3],lamda[3],delx,dely,delz,rsq;
>  double *newcoord;
>  double **x = atom->x;
>  int *mask = atom->mask;
>  int nlocal = atom->nlocal;
>  int natoms;
>  int data = 0;
>  Region *region = domain->regions[iregion];
>
>  for(int i=0; i< nlocal ; i++) {
> if (mask && groupbit && region->match(x[0],x[1],x[2]))  data += 1;
>  }
>  MPI_Allreduce(&data,&natoms,1,MPI_INT,MPI_SUM,world);

首先定位錯(cuò)誤，將最后一行comment掉，編譯后運(yùn)行。如果沒有問題，說明是最后一行的問題，檢查world傳入的是否有問題。

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5樓2010-09-15 20:43:44

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zh1987hs(金幣+2):謝謝 2010-09-20 10:49:59

引用回帖:

Originally posted by bluewhale at 2010-09-15 20:43:44:
>  int flag,flagall;
>  double coord[3],lamda[3],delx,dely,delz,rsq;
>  double *newcoord;
>  double **x = atom->x;
>  int *mask = atom->mask;
>  int nlocal = atom ...

。。。。。把最后一行都去掉的話連并行語句都沒。。。如何并行呢。。。
更別說定位錯(cuò)位了。。。。

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6樓2010-09-20 09:44:23

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如果說用原位調(diào)試的話，加編譯調(diào)試代碼選項(xiàng)后編譯，再用totalview進(jìn)行調(diào)試。不知道你能不能玩得轉(zhuǎn)？

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7樓2010-09-20 21:44:06

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御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-10-08 10:54:56

if (mask && groupbit && region->match(x[0],x[1],x[2]))
??if (mask && groupbit && region->match(x[ i ][0],x[ i ][1],x[ i ][2]))

[ Last edited by fantexi2008 on 2011-10-5 at 13:29 ]

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8樓2011-10-05 13:26:19

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您好，請(qǐng)問一下這個(gè)涉及并行問題的代碼是自己寫的嗎？還是說lammps里面專門有文件寫關(guān)于并行的代碼？

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9樓2014-11-28 17:08:06

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您好，請(qǐng)問你的代碼是直接加在源程序里面嗎？還要做其他修改嗎？

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10樓2017-11-25 13:22:31

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