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【求助】請教：用MS構(gòu)建表面吸附體系的坐標(biāo)！吸附分子的坐標(biāo)怎么調(diào)整？？
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誠心請教各位童鞋，大俠 ：） 我最近想做一下表面吸附問題的計算。但是這個結(jié)構(gòu)的建立累死我了 ：（ 我看到很多做表面的，他們的吸附的分子（含3個原子的），分子跟表面之間的吸附并不是垂直的，是有個角度的，我怎么才能建立這種模型��？？ 還有就是，如果是垂直的那種吸附，吸附的分子的坐標(biāo)，真的只能按照教程里寫的那樣添加原子的房子把所有的原子的坐標(biāo)一次一次的添加上去？ 有沒有簡單的方法？比如說，我先在MS里建立好表面的結(jié)構(gòu)，然后把要吸附的分子整體添加進(jìn)來之后，再用鼠標(biāo)拖動分子，以改變分子相對表面的坐標(biāo)，角度等？ 謝謝��！ |
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aylayl08(金幣+2):謝謝解答。吸附分子在優(yōu)化前有個大致位置就行，優(yōu)化會自動調(diào)整�？梢哉w添加分子，做fragment 2010-10-04 09:29:16
good-luck(金幣+5): 2010-11-09 06:45:27
aylayl08(金幣+2):謝謝解答。吸附分子在優(yōu)化前有個大致位置就行，優(yōu)化會自動調(diào)整�？梢哉w添加分子，做fragment 2010-10-04 09:29:16
good-luck(金幣+5): 2010-11-09 06:45:27
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可以整體添加吸附分子么？ 我覺得如果有文獻(xiàn)的話，做相同的吸附問題，你可以根據(jù)文獻(xiàn)的結(jié)果計算出每個原子的坐標(biāo)，或者湊略的建好吸附模型之后，再相應(yīng)的調(diào)整每個原子的位置，包括調(diào)整鍵長和鍵角。如果文獻(xiàn)中沒有報道過相關(guān)分子的吸附構(gòu)型，我覺得可以試著讓它垂直吸附，然后進(jìn)行優(yōu)化，優(yōu)化完之后一般都會有一個傾斜角度的。我也剛開始做，僅僅提供參考。 |
2樓2010-10-04 09:05:16
aylayl08
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3樓2010-10-04 09:29:38
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