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[交流]
【求助】請教：用MS構建表面吸附體系的坐標！吸附分子的坐標怎么調整？？
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誠心請教各位童鞋，大俠 ：） 我最近想做一下表面吸附問題的計算。但是這個結構的建立累死我了 ：（ 我看到很多做表面的，他們的吸附的分子（含3個原子的），分子跟表面之間的吸附并不是垂直的，是有個角度的，我怎么才能建立這種模型��？？ 還有就是，如果是垂直的那種吸附，吸附的分子的坐標，真的只能按照教程里寫的那樣添加原子的房子把所有的原子的坐標一次一次的添加上去？ 有沒有簡單的方法？比如說，我先在MS里建立好表面的結構，然后把要吸附的分子整體添加進來之后，再用鼠標拖動分子，以改變分子相對表面的坐標，角度等？ 謝謝��！ |
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aylayl08(金幣+2):謝謝解答。吸附分子在優(yōu)化前有個大致位置就行，優(yōu)化會自動調整�？梢哉w添加分子，做fragment 2010-10-04 09:29:16
good-luck(金幣+5): 2010-11-09 06:45:27
aylayl08(金幣+2):謝謝解答。吸附分子在優(yōu)化前有個大致位置就行，優(yōu)化會自動調整�？梢哉w添加分子，做fragment 2010-10-04 09:29:16
good-luck(金幣+5): 2010-11-09 06:45:27
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可以整體添加吸附分子么？ 我覺得如果有文獻的話，做相同的吸附問題，你可以根據(jù)文獻的結果計算出每個原子的坐標，或者湊略的建好吸附模型之后，再相應的調整每個原子的位置，包括調整鍵長和鍵角。如果文獻中沒有報道過相關分子的吸附構型，我覺得可以試著讓它垂直吸附，然后進行優(yōu)化，優(yōu)化完之后一般都會有一個傾斜角度的。我也剛開始做，僅僅提供參考。 |
2樓2010-10-04 09:05:16
aylayl08
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3樓2010-10-04 09:29:38
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