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huakai8710新蟲 (小有名氣)
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【求助】ms中也搜尋過渡態(tài)，那ms能用來搜尋有機(jī)小分子催化的過渡態(tài)嗎？ 已有4人參與
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| ms中也搜尋過渡態(tài)，那ms能用來搜尋有機(jī)小分子催化的過渡態(tài)嗎？ |
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wxb711320
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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3樓2010-10-01 21:37:17
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4樓2010-10-03 10:28:07
huakai8710
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請(qǐng)問你曉得用ms中的DMOL3怎么算頻率嗎？ 我把輸出的.xsd文件轉(zhuǎn)為.mol輸入文件，然后用DMOL3的TS optimization優(yōu)化，它就出現(xiàn)下面的警示窗口： In order to perform this calculation, a Hessian matrix must be present in the model. A Hessian matrix can be generated by running a frequency calculation on the model. Alternatively, a valid Hessian matrix can be imported. Once a Hessian is present, a normal mode should then be selected. 請(qǐng)問這是怎么回事？ 該怎么辦？ 謝謝~ |
5樓2010-10-06 19:36:03
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您好我想請(qǐng)教一下：我研究的是一個(gè)A+B生成AB的反應(yīng)，A分子摻進(jìn)B結(jié)構(gòu)中同時(shí)改變B原有的結(jié)構(gòu)。要研究過渡態(tài)就要確定初始與最終的結(jié)構(gòu)�，F(xiàn)A,B,AB的初始結(jié)構(gòu)都已優(yōu)化，接下來要做的就是將A分子放到B結(jié)構(gòu)中優(yōu)化，使得與最終結(jié)構(gòu)AB對(duì)應(yīng)。那么問題是，比如初始狀態(tài)的B結(jié)構(gòu)是四方相7 4 15，最終結(jié)構(gòu)是四方相8 8 13，那我該怎么優(yōu)化初始結(jié)構(gòu)使得初始與終止的晶胞參數(shù)相一致呢（換句話說，初始結(jié)構(gòu)與最終結(jié)構(gòu)晶胞參數(shù)不同能否研究過渡態(tài)）？ |
6樓2015-10-16 08:45:03
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