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56017624金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】求助分子對(duì)接
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我是做代謝產(chǎn)物活性研究的，現(xiàn)在有一個(gè)物質(zhì)有不錯(cuò)的AChE酶抑制活性，現(xiàn)在想模擬一下這個(gè)物質(zhì)和酶的可能作用位點(diǎn)。 從來(lái)沒(méi)有做過(guò)分子模擬，下了很多軟件，但是還是覺(jué)得無(wú)從下手。 所以想請(qǐng)各位高手幫幫忙，請(qǐng)仔細(xì)的指導(dǎo)一下，最適合用什么軟件，除了酶的和那個(gè)抑制劑的分子式，還需要其他什么數(shù)據(jù)？ 先謝謝各位了！  期待的結(jié)果類(lèi)似文章： Hopeahainol A：An Acetylcholinesterase inhibitor from Hopea hainanensis chemistry a european journal DoI: 10.1002/chem.200700960 [ Last edited by 56017624 on 2010-10-1 at 16:23 ] |
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2樓2010-10-01 13:22:26
56017624(金幣+10):非常感謝！我先試試，如果有問(wèn)題希望還可以請(qǐng)教您 2010-10-01 16:25:02
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用免費(fèi)的AUTODOCK或者iGEMDOCK來(lái)對(duì)接就可以了 首先，你需要獲得酶和抑制劑的3D結(jié)構(gòu)。 1。酶的三級(jí)結(jié)構(gòu)獲取，直接在PDB數(shù)據(jù)庫(kù)里下下來(lái)就可以 2。底物的3D結(jié)構(gòu)，利用PRODRG或者CHEM3D畫(huà)一個(gè)，保存成.pdb格式的文件就可以了，前者網(wǎng)站自己GOOGLE一下，CHEM3D小木蟲(chóng)里有下載的地方 3。對(duì)接位點(diǎn)的選擇。看看你這個(gè)酶的對(duì)接位點(diǎn)是否有人報(bào)道過(guò)，比如SER102,MET111之類(lèi)的(舉個(gè)例子)。將對(duì)接的中心設(shè)成這些氨基酸，具體的操作因軟件而異，如果你只是為了要個(gè)對(duì)接結(jié)果，推薦用更易上手的iGEMDOCK,臺(tái)灣同胞編的，教程很詳細(xì)。對(duì)對(duì)接軟件的選擇可以看一下我在論壇里的一個(gè)介紹帖：http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2390004&fpage=1 4。對(duì)接結(jié)果的分析：看教程，與別人文獻(xiàn)報(bào)道的結(jié)果進(jìn)行比較 還有：抑制劑的具體分子式不用放出來(lái)，學(xué)術(shù)機(jī)密啊~ [ Last edited by zh1987hs on 2010-10-1 at 14:28 ] |
3樓2010-10-01 14:27:11
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