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[資源]
【原創(chuàng)】分子對接，同源模建，分子動力學軟件介紹帖
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">分子對接，同源模建，分子動力學軟件介紹帖 作為一個分子模擬領域的門外漢，主要應用一些成型的軟件進行課題相關對象的模擬，在接觸分子模擬一年多的時間里，多多少少也接觸了一些分子對接，同源模建和分子動力學的軟件。在此想開一貼，介紹一下我用這些軟件的簡要介紹，自己的一些心得，也歡迎更多的蟲友能對這些方向的軟件進行介紹，補充，爭取做成一個系列。 初步列下我接觸過的軟件，以后將持續(xù)更新 同源模建： SWISS-MODEL MODELLER Geno3D phyre 分子對接： Autodock-5樓 MVD-7樓 iGEMDOCK-2樓 分子動力學： DESMOND NAMD GROMACS 這些軟件都僅僅是接觸過的，談不上精通，因此能提供的只是個簡單的介紹，其中比較熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以詳細點介紹，其它的就僅當拋磚引玉，希望能引起大家對這些軟件應用的探討，共同進步。 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ] |
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Autodock介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+10):謝謝分享 2010-09-17 09:59:33
ghcacj(金幣+10):謝謝分享 2010-09-17 09:59:33
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2-2: 分子對接軟件Autodock Autodock網(wǎng)站：http://autodock.scripps.edu/ 功能介紹：號稱是現(xiàn)在應用最為廣泛的免費分子對接軟件，最新版本是4.2 這個對接軟件是我目前最愛用的，一方面是因為我買不起商用軟件，諸如SYBYL中的SURFLEX,Schrodinger中的Glide等， 另一方面，就我目前對接的結果來看，AD的準確性還是很不錯的，曾經(jīng)看過MVD的官方介紹，講到對比不同的對接軟件 對已經(jīng)解析獲得的PDB復合物的再現(xiàn)性，得出MVD有87%是最高的，與之進行比較的包括Gold,glide和FLEXX,但是沒有提 到和AD的比較，實際上AD的對接效果還是非常不錯的。 首先，我們需要明確AD的組成，其核心部件只有兩個，一個是Autodock4.exe,另一個是Autogrid4.exe。前者執(zhí)行對接 后者執(zhí)行格點計算。大家經(jīng)�？吹降膱D形化操作界面-AutodockTools不是對接所必需的，但是能給初學者很大的方便。 AD在LINUX和WIN下都可以正常運行，而win下的計算速度要比LINUX下慢六倍左右（自己的體系結果，僅供參考） 如果用LINUX，推薦UBUNTU,可以下載AD的deb文件，直接雙擊就可安裝，沒有編譯的過程。 win下的安裝略微復雜，不過現(xiàn)在不用Cygwin就可以運行！ 配體的準備同iGEMDOCK的所述，受體的話需要加氫，去水。具體的可以看教程。 對接的時候需要對對接的位點進行定義，一般選擇文獻已報道的活性位點作為對接的中心。 結果的評價：主要看簇聚類情況，通常來說，合理的構象在對接中出現(xiàn)的概率較高，因此，通常一個簇中含有較多的 構象就說明這個構象可能是合理的，當然，也要結合實際體系具體判斷。 |
5樓2010-09-16 22:51:13
iGEMDOCK介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
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2-1:2代表屬于分子對接軟件，1為2中的第一個介紹，下同 iGEMDOCK網(wǎng)站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php 功能：分子對接，虛擬篩選 額外需要的軟件：SWISS-PDBVIEWER 網(wǎng)站：http://spdbv.vital-it.ch/ 功能介紹： 這是臺灣一個大學開發(fā)的分子對接軟件，目前最新的版本是2.1 這個對接軟件給我的印象就是使用非常簡單，整個運行實際上只需要選擇活性位點，選擇配體即可開始對接，活性位點的選擇通過SWISS-PDBVIEWER進行，配體的結構可以利用CHEM3D繪制并優(yōu)化獲得。都準備齊全后，就可進行對接。 對接的模式分為標準對接，穩(wěn)定對接,準確對接，藥物篩選，快速對接和用戶自定義對接，主要的區(qū)別在于遺傳代數(shù)以及對接次數(shù)。藥物篩選主要用于配體數(shù)據(jù)庫，如ZINC的篩選，而其余幾種則比較適合小規(guī)模的對接。 結果的表示：會給出最好的構象，PDB格式，默認的顯示軟件是RASMOL。 評價：自帶的教程很詳細，一步一步照著做就能順利完成，對接的準確度嘗試了不帶柔性鍵的苯，RMSD很小，但是因為我的專業(yè)不是藥學，因此，柔性鍵很多的分子并未嘗試，希望各位蟲友有興趣的可以將自己的結果在此公布，大家一起來評價不同的軟件對接的準確性，哈哈 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ] |
2樓2010-09-12 10:32:39
3樓2010-09-12 11:08:32
4樓2010-09-16 16:59:59
6樓2010-09-17 10:05:35
Molecule Virtual Docker 介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+10):謝謝 2010-09-19 21:43:37
ghcacj(金幣+10):謝謝 2010-09-19 21:43:37
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2-3分子對接軟件Molecule Virtual Docker Molecule Virtual Docker網(wǎng)站：http://www.molegro.com/mvd-features.php 是商業(yè)軟件，不直接出售，需要通過國內的代理購買，國內的代理商叫天演。 最初接觸這個軟件的原因是想畫出活性位點的疏水性殘基分布，結果偶然搜到了一個免費的圖形顯示軟件 就是這個軟件自帶的免費GUI（除了GUI都是要錢的） 優(yōu)點：多平臺下無障礙通用，可以再WIN,LINUX和MAC下使用，既可以利用其中的Docking Wizard從事主業(yè) -分子對接，也可以利用其中的DATA ANALYZER進行3D-QSAR模型的建立，可以說是功能強大。 針對自己的一點使用體驗來說： 1. 操作比較簡單，需要設定對接配體所處的位置，可以是單個文件，也可以是文件夾，方便進行虛擬篩選 對接位點的選擇仍然需要文獻的指導。能給出配體和受體的結合能，但是其判斷構想是否合理的依據(jù)并不是 之前提到的AD那種以聚類數(shù)目多少判別構象的合理與否。 2. 對接的準確度確實很高，多個體系的RMSD均<2 3.顯示效果良好，可以顯示活性口袋的電勢分布，疏水殘基分布等，同時，可將PDB文件里包含的部分以 蛋白，配體等拆分開來表示。比較人性化。 更多的功能希望蟲友能給予補充 |
7樓2010-09-18 00:06:33
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-29 17:13:01
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-29 17:13:01
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http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ 這是一個介紹多種對接軟件，量化計算，QSAR等的網(wǎng)站，希望大家能從中了解哪些軟件可以應用~ |
8樓2010-09-29 17:09:42
9樓2010-10-22 09:57:32
10樓2010-10-22 10:09:00
11樓2010-10-22 15:14:17
12樓2010-10-22 16:07:09
13樓2010-10-22 18:28:05
14樓2010-11-17 11:48:58
15樓2010-11-17 22:32:01
17樓2010-11-26 14:54:06
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+9):謝謝 2010-11-27 13:23:01
ghcacj(金幣+9):謝謝 2010-11-27 13:23:01
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呵呵~你好~同源模建的軟件如SWISS-MODEL,MODELLER本身都會帶有能量最小化的過程，但是隨后對模型的修飾采用什么樣的能量最小化方法一直是個不小的問題，現(xiàn)在也沒有定論。有個學名叫過度優(yōu)化，一般檢測的結果都不會特別好的，只是要檢測一般都是拿直接建模的結果進行檢測就行 我的意見是： 1.如果你的目標序列和模板蛋白的序列一致性比較高，不用過度優(yōu)化~ 2.如果實在要優(yōu)化，一般后面都會跟著分子動力學模擬~ [ Last edited by zh1987hs on 2010-11-26 at 15:07 ] |
18樓2010-11-26 15:05:37
19樓2011-02-20 11:07:58
20樓2011-02-20 12:28:28
21樓2011-02-20 16:25:02
22樓2011-02-23 08:27:54
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