 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 9688 | 回復(fù): 35 | |||||||||||||
| 【獎(jiǎng)勵(lì)】 本帖被評(píng)價(jià)14次，作者zh1987hs增加金幣 11.4 個(gè) | |||||||||||||
| 本帖產(chǎn)生 1 個(gè) 模擬EPI ，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看 | |||||||||||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||||||||||||
[資源]
【原創(chuàng)】分子對(duì)接，同源模建，分子動(dòng)力學(xué)軟件介紹帖
|
|||||||||||||
|
">分子對(duì)接，同源模建，分子動(dòng)力學(xué)軟件介紹帖 作為一個(gè)分子模擬領(lǐng)域的門外漢，主要應(yīng)用一些成型的軟件進(jìn)行課題相關(guān)對(duì)象的模擬，在接觸分子模擬一年多的時(shí)間里，多多少少也接觸了一些分子對(duì)接，同源模建和分子動(dòng)力學(xué)的軟件。在此想開一貼，介紹一下我用這些軟件的簡要介紹，自己的一些心得，也歡迎更多的蟲友能對(duì)這些方向的軟件進(jìn)行介紹，補(bǔ)充，爭取做成一個(gè)系列。 初步列下我接觸過的軟件，以后將持續(xù)更新 同源模建： SWISS-MODEL MODELLER Geno3D phyre 分子對(duì)接： Autodock-5樓 MVD-7樓 iGEMDOCK-2樓 分子動(dòng)力學(xué)： DESMOND NAMD GROMACS 這些軟件都僅僅是接觸過的，談不上精通，因此能提供的只是個(gè)簡單的介紹，其中比較熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以詳細(xì)點(diǎn)介紹，其它的就僅當(dāng)拋磚引玉，希望能引起大家對(duì)這些軟件應(yīng)用的探討，共同進(jìn)步。 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 資源收集 | 分子動(dòng)力學(xué) | 藥物化學(xué) | 分子對(duì)接 |
| 噬菌體庫篩選 | 科研化學(xué)醫(yī)藥軟件 | 計(jì)算各種馬克 | 蛋白模擬與改造 |
| 藥物設(shè)計(jì)軟件 | 新藥創(chuàng)新之路 | 學(xué)習(xí)收藏 |
» 猜你喜歡
271材料工程求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料工程專碩調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天大材料與化工（085600）總分338
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
求材料調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
294求調(diào)劑材料與化工專碩
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿華中科技大學(xué)，080502，354分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 選擇學(xué)習(xí)charmm還是amber呢？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 怎樣用chem3D獲取優(yōu)化后的分子的pdb格式
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 分子對(duì)接時(shí)配體跟受體分開很遠(yuǎn)，配體不在受體活性口袋
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 蛋白同源模建之后能量最小化問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 配置一臺(tái)1萬元以內(nèi)的計(jì)算機(jī)跑linux系統(tǒng)，運(yùn)行C語言分子動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 哪種軟件可以如何實(shí)現(xiàn)體系中某些分子動(dòng)？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- [討論交流] 分子動(dòng)力學(xué)+分子對(duì)接=什么配置?
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 如何做動(dòng)力學(xué)模擬pdb文件
已經(jīng)有4人回復(fù)
- Autodock在Ubuntu下的安裝問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 分子對(duì)接的免費(fèi)軟件？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 狹縫中汽液相變的分子動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 同源模建，模板如何選擇
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】分子對(duì)接請(qǐng)教
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】從同源建模開始，一個(gè)完整的分子對(duì)接實(shí)驗(yàn)需要多久？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【討論】分子模擬還是同源建模
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 【求助】同源建模、分子動(dòng)力學(xué)模擬和分子對(duì)接的關(guān)系是怎樣的
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】Autodock用于虛擬篩選
已經(jīng)有21人回復(fù)
- 【討論】分子對(duì)接的基本問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】請(qǐng)教分子動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】高分子分子動(dòng)力學(xué)模擬的初態(tài)設(shè)定
已經(jīng)有5人回復(fù)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-29 17:13:01
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-29 17:13:01
|
http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ 這是一個(gè)介紹多種對(duì)接軟件，量化計(jì)算，QSAR等的網(wǎng)站，希望大家能從中了解哪些軟件可以應(yīng)用~ |
8樓2010-09-29 17:09:42
iGEMDOCK介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
|
2-1:2代表屬于分子對(duì)接軟件，1為2中的第一個(gè)介紹，下同 iGEMDOCK網(wǎng)站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php 功能：分子對(duì)接，虛擬篩選 額外需要的軟件：SWISS-PDBVIEWER 網(wǎng)站：http://spdbv.vital-it.ch/ 功能介紹： 這是臺(tái)灣一個(gè)大學(xué)開發(fā)的分子對(duì)接軟件，目前最新的版本是2.1 這個(gè)對(duì)接軟件給我的印象就是使用非常簡單，整個(gè)運(yùn)行實(shí)際上只需要選擇活性位點(diǎn)，選擇配體即可開始對(duì)接，活性位點(diǎn)的選擇通過SWISS-PDBVIEWER進(jìn)行，配體的結(jié)構(gòu)可以利用CHEM3D繪制并優(yōu)化獲得。都準(zhǔn)備齊全后，就可進(jìn)行對(duì)接。 對(duì)接的模式分為標(biāo)準(zhǔn)對(duì)接，穩(wěn)定對(duì)接,準(zhǔn)確對(duì)接，藥物篩選，快速對(duì)接和用戶自定義對(duì)接，主要的區(qū)別在于遺傳代數(shù)以及對(duì)接次數(shù)。藥物篩選主要用于配體數(shù)據(jù)庫，如ZINC的篩選，而其余幾種則比較適合小規(guī)模的對(duì)接。 結(jié)果的表示：會(huì)給出最好的構(gòu)象，PDB格式，默認(rèn)的顯示軟件是RASMOL。 評(píng)價(jià)：自帶的教程很詳細(xì)，一步一步照著做就能順利完成，對(duì)接的準(zhǔn)確度嘗試了不帶柔性鍵的苯，RMSD很小，但是因?yàn)槲业膶I(yè)不是藥學(xué)，因此，柔性鍵很多的分子并未嘗試，希望各位蟲友有興趣的可以將自己的結(jié)果在此公布，大家一起來評(píng)價(jià)不同的軟件對(duì)接的準(zhǔn)確性，哈哈 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ] |
2樓2010-09-12 10:32:39
3樓2010-09-12 11:08:32
4樓2010-09-16 16:59:59
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +5 | S.H1 2026-03-18 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +4 | z1z2z3879 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留 +9 | 秋有木北 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +7 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +6 | lemonzzn 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料與化工一志愿南昌大學(xué)327求調(diào)劑推薦 +8 | Ncdx123456 2026-03-13 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章 +7 | rare12345 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 331求調(diào)劑（0703有機(jī)化學(xué) +7 | ZY-05 2026-03-13 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +8 | 陌宸希 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +3 | 梁梁校校 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +5 | 煙火先于春 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 有沒有道鐵/土木的想調(diào)劑南林，給自己招師弟中～ +3 | TqlXswl 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +6 | ytter 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 255求調(diào)劑 +3 | 李嘉慧， 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大材料324分求調(diào)劑 +5 | 閆旭東 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856材料與化工301求調(diào)劑 +5 | 奕束光 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿211化學(xué)學(xué)碩310分求調(diào)劑 +8 | 努力奮斗112 2026-03-12 | 9/450 |
|