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[資源]
【原創(chuàng)】分子對(duì)接，同源模建，分子動(dòng)力學(xué)軟件介紹帖
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">分子對(duì)接，同源模建，分子動(dòng)力學(xué)軟件介紹帖 作為一個(gè)分子模擬領(lǐng)域的門外漢，主要應(yīng)用一些成型的軟件進(jìn)行課題相關(guān)對(duì)象的模擬，在接觸分子模擬一年多的時(shí)間里，多多少少也接觸了一些分子對(duì)接，同源模建和分子動(dòng)力學(xué)的軟件。在此想開(kāi)一貼，介紹一下我用這些軟件的簡(jiǎn)要介紹，自己的一些心得，也歡迎更多的蟲(chóng)友能對(duì)這些方向的軟件進(jìn)行介紹，補(bǔ)充，爭(zhēng)取做成一個(gè)系列。 初步列下我接觸過(guò)的軟件，以后將持續(xù)更新 同源模建： SWISS-MODEL MODELLER Geno3D phyre 分子對(duì)接： Autodock-5樓 MVD-7樓 iGEMDOCK-2樓 分子動(dòng)力學(xué)： DESMOND NAMD GROMACS 這些軟件都僅僅是接觸過(guò)的，談不上精通，因此能提供的只是個(gè)簡(jiǎn)單的介紹，其中比較熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以詳細(xì)點(diǎn)介紹，其它的就僅當(dāng)拋磚引玉，希望能引起大家對(duì)這些軟件應(yīng)用的探討，共同進(jìn)步。 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ] |
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britney137803
至尊木蟲(chóng) (著名寫手)
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3樓2010-09-12 11:08:32
iGEMDOCK介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
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2-1:2代表屬于分子對(duì)接軟件，1為2中的第一個(gè)介紹，下同 iGEMDOCK網(wǎng)站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php 功能：分子對(duì)接，虛擬篩選 額外需要的軟件：SWISS-PDBVIEWER 網(wǎng)站：http://spdbv.vital-it.ch/ 功能介紹： 這是臺(tái)灣一個(gè)大學(xué)開(kāi)發(fā)的分子對(duì)接軟件，目前最新的版本是2.1 這個(gè)對(duì)接軟件給我的印象就是使用非常簡(jiǎn)單，整個(gè)運(yùn)行實(shí)際上只需要選擇活性位點(diǎn)，選擇配體即可開(kāi)始對(duì)接，活性位點(diǎn)的選擇通過(guò)SWISS-PDBVIEWER進(jìn)行，配體的結(jié)構(gòu)可以利用CHEM3D繪制并優(yōu)化獲得。都準(zhǔn)備齊全后，就可進(jìn)行對(duì)接。 對(duì)接的模式分為標(biāo)準(zhǔn)對(duì)接，穩(wěn)定對(duì)接,準(zhǔn)確對(duì)接，藥物篩選，快速對(duì)接和用戶自定義對(duì)接，主要的區(qū)別在于遺傳代數(shù)以及對(duì)接次數(shù)。藥物篩選主要用于配體數(shù)據(jù)庫(kù)，如ZINC的篩選，而其余幾種則比較適合小規(guī)模的對(duì)接。 結(jié)果的表示：會(huì)給出最好的構(gòu)象，PDB格式，默認(rèn)的顯示軟件是RASMOL。 評(píng)價(jià)：自帶的教程很詳細(xì)，一步一步照著做就能順利完成，對(duì)接的準(zhǔn)確度嘗試了不帶柔性鍵的苯，RMSD很小，但是因?yàn)槲业膶I(yè)不是藥學(xué)，因此，柔性鍵很多的分子并未嘗試，希望各位蟲(chóng)友有興趣的可以將自己的結(jié)果在此公布，大家一起來(lái)評(píng)價(jià)不同的軟件對(duì)接的準(zhǔn)確性，哈哈 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ] |
2樓2010-09-12 10:32:39
張軍帥
木蟲(chóng) (正式寫手)
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4樓2010-09-16 16:59:59
Autodock介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+10):謝謝分享 2010-09-17 09:59:33
ghcacj(金幣+10):謝謝分享 2010-09-17 09:59:33
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2-2: 分子對(duì)接軟件Autodock Autodock網(wǎng)站：http://autodock.scripps.edu/ 功能介紹：號(hào)稱是現(xiàn)在應(yīng)用最為廣泛的免費(fèi)分子對(duì)接軟件，最新版本是4.2 這個(gè)對(duì)接軟件是我目前最愛(ài)用的，一方面是因?yàn)槲屹I不起商用軟件，諸如SYBYL中的SURFLEX,Schrodinger中的Glide等， 另一方面，就我目前對(duì)接的結(jié)果來(lái)看，AD的準(zhǔn)確性還是很不錯(cuò)的，曾經(jīng)看過(guò)MVD的官方介紹，講到對(duì)比不同的對(duì)接軟件 對(duì)已經(jīng)解析獲得的PDB復(fù)合物的再現(xiàn)性，得出MVD有87%是最高的，與之進(jìn)行比較的包括Gold,glide和FLEXX,但是沒(méi)有提 到和AD的比較，實(shí)際上AD的對(duì)接效果還是非常不錯(cuò)的。 首先，我們需要明確AD的組成，其核心部件只有兩個(gè)，一個(gè)是Autodock4.exe,另一個(gè)是Autogrid4.exe。前者執(zhí)行對(duì)接 后者執(zhí)行格點(diǎn)計(jì)算。大家經(jīng)常看到的圖形化操作界面-AutodockTools不是對(duì)接所必需的，但是能給初學(xué)者很大的方便。 AD在LINUX和WIN下都可以正常運(yùn)行，而win下的計(jì)算速度要比LINUX下慢六倍左右（自己的體系結(jié)果，僅供參考） 如果用LINUX，推薦UBUNTU,可以下載AD的deb文件，直接雙擊就可安裝，沒(méi)有編譯的過(guò)程。 win下的安裝略微復(fù)雜，不過(guò)現(xiàn)在不用Cygwin就可以運(yùn)行！ 配體的準(zhǔn)備同iGEMDOCK的所述，受體的話需要加氫，去水。具體的可以看教程。 對(duì)接的時(shí)候需要對(duì)對(duì)接的位點(diǎn)進(jìn)行定義，一般選擇文獻(xiàn)已報(bào)道的活性位點(diǎn)作為對(duì)接的中心。 結(jié)果的評(píng)價(jià)：主要看簇聚類情況，通常來(lái)說(shuō)，合理的構(gòu)象在對(duì)接中出現(xiàn)的概率較高，因此，通常一個(gè)簇中含有較多的 構(gòu)象就說(shuō)明這個(gè)構(gòu)象可能是合理的，當(dāng)然，也要結(jié)合實(shí)際體系具體判斷。 |
5樓2010-09-16 22:51:13
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