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[交流]
【求助】分子對接請教
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| 我是一個分子模擬新手，現(xiàn)在主要是藥物分子設(shè)計(jì)方向。在對接這塊，不是太熟悉，我想了解對接的整個步驟和每一個步驟所需要的各個文件~請高手指點(diǎn)~~ |
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2樓2011-03-24 09:06:50
御劍江湖
榮譽(yù)版主 (著名寫手)
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★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+6): 謝謝 2011-03-27 09:20:43
ghcacj(金幣+6): 謝謝 2011-03-27 09:20:43
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分子對接，和構(gòu)效關(guān)系一樣，在每個實(shí)際案例中，都是能適應(yīng)比較小的范疇，而不應(yīng)推廣到較大的范疇。這有點(diǎn)像分析化學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)曲線，不同的成分，在吸光度方面的變化呈線性（蘭博-比爾定律），只能是在一個有限的濃度范圍內(nèi)。 對受體、配體進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化是有必要的，但沒必要過度優(yōu)化。 因?yàn)榉肿訉拥谋疽猓牵?br /> （1）比較一系列結(jié)構(gòu)非常近似的配體，與同一受體的相互作用，或者 （2）同一配體自身，若干“合理”構(gòu)象，與同一受體的相互作用 從中找出比較“好”的對接姿態(tài)和能量。 就能量計(jì)算的絕對性來說，分子對接（軟件）過程本身，就是一個相當(dāng)粗略的步驟（分子力學(xué)，非量子化學(xué)），因此，它的長處是比較相對性，而不是絕對性。 如果哪個配體有個另類的取代基（與其它配體相同位置的取代基差別很大），或者弄個出類拔萃、德藝雙馨的構(gòu)象，分子對接的結(jié)果只能是個悲劇。 對接打分函數(shù)本身，就是一個統(tǒng)計(jì)性的結(jié)果而已�？梢园l(fā)明自己的打分函數(shù)，比如特別適合含鹵素的配體，但請你還是把氟給排除在外吧。 |
3樓2011-03-25 17:16:25
5樓2011-09-05 18:58:34
7樓2013-03-23 14:32:34
8樓2016-07-09 23:13:00
簡單回復(fù)
wwb1684樓
2011-08-07 10:45
回復(fù)
送鮮花一朵
wwb1686樓
2012-04-27 11:06
回復(fù)
送鮮花一朵
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