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用Autodock做藥物與BSA的對(duì)接，有點(diǎn)問題請(qǐng)教
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用Autodock做藥物與BSA的對(duì)接，對(duì)接的能量圖如下，對(duì)了三個(gè)不同坐標(biāo)的，大蝦們看看哪個(gè)是最好的，最能用來用到文章中的，最后一個(gè)為什么只有一個(gè)能量組的，對(duì)接100次全在一個(gè)構(gòu)象，是好還是不好。而第二個(gè)只有兩個(gè)構(gòu)象高，是好還是不好，急需要用啊，大蝦們幫忙看下哦 PS：格點(diǎn)是60*60*60然后坐標(biāo)是自己根據(jù)文獻(xiàn)中活性位點(diǎn)自己設(shè)的，計(jì)算次數(shù)為100次，是遺傳算法 圖1：  圖2：  圖3：  [ Last edited by 曉曉瑤 on 2012-8-14 at 20:31 ] |
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2樓2012-08-14 20:32:19
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lujunyan1118
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chaizhm: 金幣+2 2012-08-21 19:22:01
曉曉瑤: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2012-08-24 13:55:17
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曉曉瑤: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2012-08-24 13:55:17
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一般來說越集中越好。但是你最后一個(gè)結(jié)果確實(shí)有點(diǎn)詭異 一般來說，不光要看能量相似的conformation，主要還是要看對(duì)接的對(duì)中構(gòu)象中，相似的構(gòu)象的數(shù)（也就是autodock結(jié)果里面的cluster，cluster里面構(gòu)象越多，排名越靠前的越好） 其次就是要根據(jù)經(jīng)驗(yàn)和眼睛看得了。。個(gè)人認(rèn)為autodock4和3在對(duì)接效果上不是很好，你可以試試autodock vina |
8樓2012-08-20 12:24:34
9樓2012-08-24 13:55:27
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