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[求助]
用Autodock做藥物與BSA的對接，有點問題請教
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用Autodock做藥物與BSA的對接，對接的能量圖如下，對了三個不同坐標的，大蝦們看看哪個是最好的，最能用來用到文章中的，最后一個為什么只有一個能量組的，對接100次全在一個構(gòu)象，是好還是不好。而第二個只有兩個構(gòu)象高，是好還是不好，急需要用啊，大蝦們幫忙看下哦 PS：格點是60*60*60然后坐標是自己根據(jù)文獻中活性位點自己設(shè)的，計算次數(shù)為100次，是遺傳算法 圖1：  圖2：  圖3：  [ Last edited by 曉曉瑤 on 2012-8-14 at 20:31 ] |
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4樓2012-08-15 09:48:18
2樓2012-08-14 20:32:19
3樓2012-08-14 20:37:58
lujunyan1118
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chaizhm: 金幣+2 2012-08-21 19:22:01
曉曉瑤: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2012-08-24 13:55:17
chaizhm: 金幣+2 2012-08-21 19:22:01
曉曉瑤: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2012-08-24 13:55:17
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一般來說越集中越好。但是你最后一個結(jié)果確實有點詭異 一般來說，不光要看能量相似的conformation，主要還是要看對接的對中構(gòu)象中，相似的構(gòu)象的數(shù)（也就是autodock結(jié)果里面的cluster，cluster里面構(gòu)象越多，排名越靠前的越好） 其次就是要根據(jù)經(jīng)驗和眼睛看得了。。個人認為autodock4和3在對接效果上不是很好，你可以試試autodock vina |
8樓2012-08-20 12:24:34
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