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Autodock對(duì)接結(jié)果可信度討論
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因?yàn)樽罱性谑褂胊utodock，所以有幾個(gè)問(wèn)題想請(qǐng)教和大家交流請(qǐng)教以下。 我是用Autodock做環(huán)糊精和藥物的自動(dòng)對(duì)接，本來(lái)是想先用Autodock找出藥物和環(huán)糊精最穩(wěn)定的結(jié)合位置和構(gòu)象，然后把該構(gòu)象拿到Gaussian進(jìn)一步優(yōu)化。 一開(kāi)始，我把格子大小設(shè)為60*60*60，可是結(jié)果出來(lái)的重復(fù)性不是很好，最高的那一簇能量總是變化，當(dāng)然每簇之間相差倒也不大。 后來(lái)，我干脆把格子大小設(shè)為40*40*40，然后又提高對(duì)接次數(shù)，結(jié)果出來(lái)后最高的那一簇能量到是符合了，而且也是能量最低點(diǎn)�？墒牵疫�不滿意的是，兩次對(duì)接結(jié)果中，一簇高為81，另一簇高為53，這個(gè)偏差就有點(diǎn)大了吧。 我想請(qǐng)教的是： 1。其實(shí)我把格子設(shè)為40*40*40只是把格子大小為60*60*60的對(duì)接結(jié)果（能量最低點(diǎn)）拿來(lái)然后調(diào)整格子大小至40*40*40，觀察并沒(méi)有基團(tuán)伸到格子外，就拿來(lái)用了。但我總覺(jué)得這樣做好象不是很科學(xué)。請(qǐng)問(wèn)，有沒(méi)有什么方法可以觀察這個(gè)對(duì)接設(shè)置是否可行？ 2。我兩次對(duì)接結(jié)果能量最低點(diǎn)確實(shí)是最高簇，可是簇的高度相差有點(diǎn)大，一個(gè)81，一個(gè)53。這樣的話，結(jié)果是否可信呢？如果不可信，又該怎么辦呢？ 3。在對(duì)接結(jié)果中，總會(huì)提到RMSD，也就是均方根偏差，就是結(jié)果構(gòu)象和目標(biāo)構(gòu)象的的偏差統(tǒng)計(jì)。我的理解就是每簇中的所有對(duì)接構(gòu)像并不都是一樣的，只是剛好RMSD在這個(gè)范圍內(nèi)，所以才放到同一簇。所以才會(huì)有“結(jié)果中選簇最高中的能量最低點(diǎn)這個(gè)說(shuō)法”？我的理解就是即使有能量更低的簇，可是分子在那個(gè)構(gòu)像附近出現(xiàn)的概率較低。不知道這個(gè)看法對(duì)不對(duì)。 |
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2樓2012-01-14 15:02:23
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可米kemi(金幣+1):謝謝參與
chaizhm(金幣+5): 謝謝~ 2012-01-15 14:17:38
可米kemi(金幣+20): 哦，那如果想要做二次對(duì)接或是三次對(duì)接，又該怎么做呢？謝謝。 2012-02-08 22:55:02
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可米kemi(金幣+20): 哦，那如果想要做二次對(duì)接或是三次對(duì)接，又該怎么做呢？謝謝。 2012-02-08 22:55:02
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1.關(guān)于盒子大小的設(shè)置，用Autodock作對(duì)接你首先得充分了解你的活性部位，然后把它們?nèi)及鼑涂梢粤��；虼蠡蛐?yīng)該問(wèn)題不大。因?yàn)楸緛?lái)這個(gè)對(duì)接就是個(gè)參考，計(jì)算過(guò)程中的參數(shù)好多都是近似的。并且算是半柔性的。 2.如果你想更可靠，你可以作二次對(duì)接，甚至三次對(duì)接，不過(guò)花費(fèi)的時(shí)間多。 3.RMSD是可以自己設(shè)置的，自己設(shè)置的越小分簇可能越多，如果最低能量和最高簇是同一簇，那么結(jié)果就會(huì)更可靠。 玩兒了近三年了。自己理解的吧。具體看你看文獻(xiàn)自己理解了。 |
5樓2012-01-14 16:31:15
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簡(jiǎn)單回復(fù)
2012-01-14 15:32
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可米kemi(金幣+1):謝謝參與
從此醉80234樓
2012-01-14 16:28
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tjcdp6樓
2012-02-05 13:44
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可米kemi(金幣+1):謝謝參與
longytu8樓
2012-04-02 17:28
回復(fù)
chaizhm: 編輯內(nèi)容 2012-04-02 18:48
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:48 ]
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