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[交流]
Autodock對接結(jié)果可信度討論
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因為最近有在使用autodock，所以有幾個問題想請教和大家交流請教以下。 我是用Autodock做環(huán)糊精和藥物的自動對接，本來是想先用Autodock找出藥物和環(huán)糊精最穩(wěn)定的結(jié)合位置和構(gòu)象，然后把該構(gòu)象拿到Gaussian進一步優(yōu)化。 一開始，我把格子大小設(shè)為60*60*60，可是結(jié)果出來的重復(fù)性不是很好，最高的那一簇能量總是變化，當然每簇之間相差倒也不大。 后來，我干脆把格子大小設(shè)為40*40*40，然后又提高對接次數(shù)，結(jié)果出來后最高的那一簇能量到是符合了，而且也是能量最低點�？墒�，我還不滿意的是，兩次對接結(jié)果中，一簇高為81，另一簇高為53，這個偏差就有點大了吧。 我想請教的是： 1。其實我把格子設(shè)為40*40*40只是把格子大小為60*60*60的對接結(jié)果（能量最低點）拿來然后調(diào)整格子大小至40*40*40，觀察并沒有基團伸到格子外，就拿來用了。但我總覺得這樣做好象不是很科學(xué)。請問，有沒有什么方法可以觀察這個對接設(shè)置是否可行？ 2。我兩次對接結(jié)果能量最低點確實是最高簇，可是簇的高度相差有點大，一個81，一個53。這樣的話，結(jié)果是否可信呢？如果不可信，又該怎么辦呢？ 3。在對接結(jié)果中，總會提到RMSD，也就是均方根偏差，就是結(jié)果構(gòu)象和目標構(gòu)象的的偏差統(tǒng)計。我的理解就是每簇中的所有對接構(gòu)像并不都是一樣的，只是剛好RMSD在這個范圍內(nèi)，所以才放到同一簇。所以才會有“結(jié)果中選簇最高中的能量最低點這個說法”？我的理解就是即使有能量更低的簇，可是分子在那個構(gòu)像附近出現(xiàn)的概率較低。不知道這個看法對不對。 |
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7樓2012-02-12 13:45:55
★ ★ ★ ★ ★ ★
可米kemi(金幣+1):謝謝參與
chaizhm(金幣+5): 謝謝~ 2012-01-15 14:17:38
可米kemi(金幣+20): 哦，那如果想要做二次對接或是三次對接，又該怎么做呢？謝謝。 2012-02-08 22:55:02
可米kemi(金幣+1):謝謝參與
chaizhm(金幣+5): 謝謝~ 2012-01-15 14:17:38
可米kemi(金幣+20): 哦，那如果想要做二次對接或是三次對接，又該怎么做呢？謝謝。 2012-02-08 22:55:02
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1.關(guān)于盒子大小的設(shè)置，用Autodock作對接你首先得充分了解你的活性部位，然后把它們?nèi)及鼑涂梢粤恕；虼蠡蛐?yīng)該問題不大。因為本來這個對接就是個參考，計算過程中的參數(shù)好多都是近似的。并且算是半柔性的。 2.如果你想更可靠，你可以作二次對接，甚至三次對接，不過花費的時間多。 3.RMSD是可以自己設(shè)置的，自己設(shè)置的越小分簇可能越多，如果最低能量和最高簇是同一簇，那么結(jié)果就會更可靠。 玩兒了近三年了。自己理解的吧。具體看你看文獻自己理解了。 |
5樓2012-01-14 16:31:15
簡單回復(fù)
tjcdp6樓
2012-02-05 13:44
回復(fù)
可米kemi(金幣+1):謝謝參與
longytu8樓
2012-04-02 17:28
回復(fù)
chaizhm: 編輯內(nèi)容 2012-04-02 18:48
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-2 at 18:48 ]
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