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【原創(chuàng)】分子對(duì)接，同源模建，分子動(dòng)力學(xué)軟件介紹帖
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">分子對(duì)接，同源模建，分子動(dòng)力學(xué)軟件介紹帖 作為一個(gè)分子模擬領(lǐng)域的門外漢，主要應(yīng)用一些成型的軟件進(jìn)行課題相關(guān)對(duì)象的模擬，在接觸分子模擬一年多的時(shí)間里，多多少少也接觸了一些分子對(duì)接，同源模建和分子動(dòng)力學(xué)的軟件。在此想開一貼，介紹一下我用這些軟件的簡要介紹，自己的一些心得，也歡迎更多的蟲友能對(duì)這些方向的軟件進(jìn)行介紹，補(bǔ)充，爭取做成一個(gè)系列。 初步列下我接觸過的軟件，以后將持續(xù)更新 同源模建： SWISS-MODEL MODELLER Geno3D phyre 分子對(duì)接： Autodock-5樓 MVD-7樓 iGEMDOCK-2樓 分子動(dòng)力學(xué)： DESMOND NAMD GROMACS 這些軟件都僅僅是接觸過的，談不上精通，因此能提供的只是個(gè)簡單的介紹，其中比較熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以詳細(xì)點(diǎn)介紹，其它的就僅當(dāng)拋磚引玉，希望能引起大家對(duì)這些軟件應(yīng)用的探討，共同進(jìn)步。 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ] |
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Autodock介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+10):謝謝分享 2010-09-17 09:59:33
ghcacj(金幣+10):謝謝分享 2010-09-17 09:59:33
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2-2: 分子對(duì)接軟件Autodock Autodock網(wǎng)站：http://autodock.scripps.edu/ 功能介紹：號(hào)稱是現(xiàn)在應(yīng)用最為廣泛的免費(fèi)分子對(duì)接軟件，最新版本是4.2 這個(gè)對(duì)接軟件是我目前最愛用的，一方面是因?yàn)槲屹I不起商用軟件，諸如SYBYL中的SURFLEX,Schrodinger中的Glide等， 另一方面，就我目前對(duì)接的結(jié)果來看，AD的準(zhǔn)確性還是很不錯(cuò)的，曾經(jīng)看過MVD的官方介紹，講到對(duì)比不同的對(duì)接軟件 對(duì)已經(jīng)解析獲得的PDB復(fù)合物的再現(xiàn)性，得出MVD有87%是最高的，與之進(jìn)行比較的包括Gold,glide和FLEXX,但是沒有提 到和AD的比較，實(shí)際上AD的對(duì)接效果還是非常不錯(cuò)的。 首先，我們需要明確AD的組成，其核心部件只有兩個(gè)，一個(gè)是Autodock4.exe,另一個(gè)是Autogrid4.exe。前者執(zhí)行對(duì)接 后者執(zhí)行格點(diǎn)計(jì)算。大家經(jīng)�？吹降膱D形化操作界面-AutodockTools不是對(duì)接所必需的，但是能給初學(xué)者很大的方便。 AD在LINUX和WIN下都可以正常運(yùn)行，而win下的計(jì)算速度要比LINUX下慢六倍左右（自己的體系結(jié)果，僅供參考） 如果用LINUX，推薦UBUNTU,可以下載AD的deb文件，直接雙擊就可安裝，沒有編譯的過程。 win下的安裝略微復(fù)雜，不過現(xiàn)在不用Cygwin就可以運(yùn)行！ 配體的準(zhǔn)備同iGEMDOCK的所述，受體的話需要加氫，去水。具體的可以看教程。 對(duì)接的時(shí)候需要對(duì)對(duì)接的位點(diǎn)進(jìn)行定義，一般選擇文獻(xiàn)已報(bào)道的活性位點(diǎn)作為對(duì)接的中心。 結(jié)果的評(píng)價(jià)：主要看簇聚類情況，通常來說，合理的構(gòu)象在對(duì)接中出現(xiàn)的概率較高，因此，通常一個(gè)簇中含有較多的 構(gòu)象就說明這個(gè)構(gòu)象可能是合理的，當(dāng)然，也要結(jié)合實(shí)際體系具體判斷。 |
5樓2010-09-16 22:51:13
iGEMDOCK介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
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2-1:2代表屬于分子對(duì)接軟件，1為2中的第一個(gè)介紹，下同 iGEMDOCK網(wǎng)站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php 功能：分子對(duì)接，虛擬篩選 額外需要的軟件：SWISS-PDBVIEWER 網(wǎng)站：http://spdbv.vital-it.ch/ 功能介紹： 這是臺(tái)灣一個(gè)大學(xué)開發(fā)的分子對(duì)接軟件，目前最新的版本是2.1 這個(gè)對(duì)接軟件給我的印象就是使用非常簡單，整個(gè)運(yùn)行實(shí)際上只需要選擇活性位點(diǎn)，選擇配體即可開始對(duì)接，活性位點(diǎn)的選擇通過SWISS-PDBVIEWER進(jìn)行，配體的結(jié)構(gòu)可以利用CHEM3D繪制并優(yōu)化獲得。都準(zhǔn)備齊全后，就可進(jìn)行對(duì)接。 對(duì)接的模式分為標(biāo)準(zhǔn)對(duì)接，穩(wěn)定對(duì)接,準(zhǔn)確對(duì)接，藥物篩選，快速對(duì)接和用戶自定義對(duì)接，主要的區(qū)別在于遺傳代數(shù)以及對(duì)接次數(shù)。藥物篩選主要用于配體數(shù)據(jù)庫，如ZINC的篩選，而其余幾種則比較適合小規(guī)模的對(duì)接。 結(jié)果的表示：會(huì)給出最好的構(gòu)象，PDB格式，默認(rèn)的顯示軟件是RASMOL。 評(píng)價(jià)：自帶的教程很詳細(xì)，一步一步照著做就能順利完成，對(duì)接的準(zhǔn)確度嘗試了不帶柔性鍵的苯，RMSD很小，但是因?yàn)槲业膶I(yè)不是藥學(xué)，因此，柔性鍵很多的分子并未嘗試，希望各位蟲友有興趣的可以將自己的結(jié)果在此公布，大家一起來評(píng)價(jià)不同的軟件對(duì)接的準(zhǔn)確性，哈哈 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ] |
2樓2010-09-12 10:32:39
3樓2010-09-12 11:08:32
4樓2010-09-16 16:59:59
ghcacj
榮譽(yù)版主 (著名寫手)
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6樓2010-09-17 10:05:35
Molecule Virtual Docker 介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+10):謝謝 2010-09-19 21:43:37
ghcacj(金幣+10):謝謝 2010-09-19 21:43:37
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2-3分子對(duì)接軟件Molecule Virtual Docker Molecule Virtual Docker網(wǎng)站：http://www.molegro.com/mvd-features.php 是商業(yè)軟件，不直接出售，需要通過國內(nèi)的代理購買，國內(nèi)的代理商叫天演。 最初接觸這個(gè)軟件的原因是想畫出活性位點(diǎn)的疏水性殘基分布，結(jié)果偶然搜到了一個(gè)免費(fèi)的圖形顯示軟件 就是這個(gè)軟件自帶的免費(fèi)GUI（除了GUI都是要錢的） 優(yōu)點(diǎn)：多平臺(tái)下無障礙通用，可以再WIN,LINUX和MAC下使用，既可以利用其中的Docking Wizard從事主業(yè) -分子對(duì)接，也可以利用其中的DATA ANALYZER進(jìn)行3D-QSAR模型的建立，可以說是功能強(qiáng)大。 針對(duì)自己的一點(diǎn)使用體驗(yàn)來說： 1. 操作比較簡單，需要設(shè)定對(duì)接配體所處的位置，可以是單個(gè)文件，也可以是文件夾，方便進(jìn)行虛擬篩選 對(duì)接位點(diǎn)的選擇仍然需要文獻(xiàn)的指導(dǎo)。能給出配體和受體的結(jié)合能，但是其判斷構(gòu)想是否合理的依據(jù)并不是 之前提到的AD那種以聚類數(shù)目多少判別構(gòu)象的合理與否。 2. 對(duì)接的準(zhǔn)確度確實(shí)很高，多個(gè)體系的RMSD均<2 3.顯示效果良好，可以顯示活性口袋的電勢(shì)分布，疏水殘基分布等，同時(shí)，可將PDB文件里包含的部分以 蛋白，配體等拆分開來表示。比較人性化。 更多的功能希望蟲友能給予補(bǔ)充 |
7樓2010-09-18 00:06:33
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-29 17:13:01
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-29 17:13:01
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http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ 這是一個(gè)介紹多種對(duì)接軟件，量化計(jì)算，QSAR等的網(wǎng)站，希望大家能從中了解哪些軟件可以應(yīng)用~ |
8樓2010-09-29 17:09:42
9樓2010-10-22 09:57:32
10樓2010-10-22 10:09:00
11樓2010-10-22 15:14:17
12樓2010-10-22 16:07:09
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14樓2010-11-17 11:48:58
15樓2010-11-17 22:32:01
求助
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zh1987hs(金幣+1):鼓勵(lì)交流 2010-11-26 14:55:54
zh1987hs(金幣+1):鼓勵(lì)交流 2010-11-26 14:55:54
| 樓主你好，這兩天我在學(xué)習(xí)同源建模，看了你之前發(fā)的帖子受益匪淺。小弟有個(gè)問題，想請(qǐng)教一下。模型建好之后，我用Ramachandran plot 評(píng)估，發(fā)現(xiàn)構(gòu)象不合理的紅色點(diǎn)（不允許點(diǎn)）挺少的，大概3、4個(gè)。但是能量最小化之后，再看拉氏圖，發(fā)現(xiàn)紅色點(diǎn)多了好多呢。我想問問，評(píng)估這個(gè)模型之前需要做能量最小化嗎？ |
17樓2010-11-26 14:54:06
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+9):謝謝 2010-11-27 13:23:01
ghcacj(金幣+9):謝謝 2010-11-27 13:23:01
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呵呵~你好~同源模建的軟件如SWISS-MODEL,MODELLER本身都會(huì)帶有能量最小化的過程，但是隨后對(duì)模型的修飾采用什么樣的能量最小化方法一直是個(gè)不小的問題，現(xiàn)在也沒有定論。有個(gè)學(xué)名叫過度優(yōu)化，一般檢測(cè)的結(jié)果都不會(huì)特別好的，只是要檢測(cè)一般都是拿直接建模的結(jié)果進(jìn)行檢測(cè)就行 我的意見是： 1.如果你的目標(biāo)序列和模板蛋白的序列一致性比較高，不用過度優(yōu)化~ 2.如果實(shí)在要優(yōu)化，一般后面都會(huì)跟著分子動(dòng)力學(xué)模擬~ [ Last edited by zh1987hs on 2010-11-26 at 15:07 ] |
18樓2010-11-26 15:05:37
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31樓2013-08-09 13:23:41
32樓2013-10-20 21:48:26
33樓2014-05-25 15:17:30
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liliulq16樓
2010-11-26 08:14
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cccu3328樓
2013-04-13 02:19
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五星好評(píng) 頂一下，感謝分享！
gungun12335樓
2016-02-21 16:14
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gungun12336樓
2016-02-21 16:15
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