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【原創(chuàng)】分子對接，同源模建，分子動力學(xué)軟件介紹帖
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">分子對接，同源模建，分子動力學(xué)軟件介紹帖 作為一個分子模擬領(lǐng)域的門外漢，主要應(yīng)用一些成型的軟件進(jìn)行課題相關(guān)對象的模擬，在接觸分子模擬一年多的時間里，多多少少也接觸了一些分子對接，同源模建和分子動力學(xué)的軟件。在此想開一貼，介紹一下我用這些軟件的簡要介紹，自己的一些心得，也歡迎更多的蟲友能對這些方向的軟件進(jìn)行介紹，補(bǔ)充，爭取做成一個系列。 初步列下我接觸過的軟件，以后將持續(xù)更新 同源模建： SWISS-MODEL MODELLER Geno3D phyre 分子對接： Autodock-5樓 MVD-7樓 iGEMDOCK-2樓 分子動力學(xué)： DESMOND NAMD GROMACS 這些軟件都僅僅是接觸過的，談不上精通，因此能提供的只是個簡單的介紹，其中比較熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以詳細(xì)點介紹，其它的就僅當(dāng)拋磚引玉，希望能引起大家對這些軟件應(yīng)用的探討，共同進(jìn)步。 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ] |
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ghcacj(金幣+9):謝謝 2010-11-27 13:23:01
ghcacj(金幣+9):謝謝 2010-11-27 13:23:01
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呵呵~你好~同源模建的軟件如SWISS-MODEL,MODELLER本身都會帶有能量最小化的過程，但是隨后對模型的修飾采用什么樣的能量最小化方法一直是個不小的問題，現(xiàn)在也沒有定論。有個學(xué)名叫過度優(yōu)化，一般檢測的結(jié)果都不會特別好的，只是要檢測一般都是拿直接建模的結(jié)果進(jìn)行檢測就行 我的意見是： 1.如果你的目標(biāo)序列和模板蛋白的序列一致性比較高，不用過度優(yōu)化~ 2.如果實在要優(yōu)化，一般后面都會跟著分子動力學(xué)模擬~ [ Last edited by zh1987hs on 2010-11-26 at 15:07 ] |
18樓2010-11-26 15:05:37
iGEMDOCK介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
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2-1:2代表屬于分子對接軟件，1為2中的第一個介紹，下同 iGEMDOCK網(wǎng)站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php 功能：分子對接，虛擬篩選 額外需要的軟件：SWISS-PDBVIEWER 網(wǎng)站：http://spdbv.vital-it.ch/ 功能介紹： 這是臺灣一個大學(xué)開發(fā)的分子對接軟件，目前最新的版本是2.1 這個對接軟件給我的印象就是使用非常簡單，整個運行實際上只需要選擇活性位點，選擇配體即可開始對接，活性位點的選擇通過SWISS-PDBVIEWER進(jìn)行，配體的結(jié)構(gòu)可以利用CHEM3D繪制并優(yōu)化獲得。都準(zhǔn)備齊全后，就可進(jìn)行對接。 對接的模式分為標(biāo)準(zhǔn)對接，穩(wěn)定對接,準(zhǔn)確對接，藥物篩選，快速對接和用戶自定義對接，主要的區(qū)別在于遺傳代數(shù)以及對接次數(shù)。藥物篩選主要用于配體數(shù)據(jù)庫，如ZINC的篩選，而其余幾種則比較適合小規(guī)模的對接。 結(jié)果的表示：會給出最好的構(gòu)象，PDB格式，默認(rèn)的顯示軟件是RASMOL。 評價：自帶的教程很詳細(xì)，一步一步照著做就能順利完成，對接的準(zhǔn)確度嘗試了不帶柔性鍵的苯，RMSD很小，但是因為我的專業(yè)不是藥學(xué)，因此，柔性鍵很多的分子并未嘗試，希望各位蟲友有興趣的可以將自己的結(jié)果在此公布，大家一起來評價不同的軟件對接的準(zhǔn)確性，哈哈 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ] |
2樓2010-09-12 10:32:39
3樓2010-09-12 11:08:32
4樓2010-09-16 16:59:59
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