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xxjjtt新蟲 (初入文壇)
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[求助]
蛋白同源模建之后能量最小化問題
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大家好，我是菜鳥，有關(guān)問題希望大家不吝賜教。 我的蛋白是一個膜轉(zhuǎn)運蛋白，經(jīng)過swiss model 同源模建之后，得到一個三維結(jié)構(gòu)。我想繼續(xù)用這個結(jié)構(gòu)進行分子對接的實驗�，F(xiàn)在摸索到三維結(jié)構(gòu)能量最小化的階段，有幾個問題希望大家解答，謝謝。 1. 我使用namd軟件進行的能量最小化和動力學(xué)分析，我參考的教程中，需要把蛋白溶質(zhì)化，也就是把蛋白放到水環(huán)境中，然后進行能量優(yōu)化和動力學(xué)模擬。我的蛋白是脂容的，放到水環(huán)境可以嗎？還是namd軟件可以模擬一個脂環(huán)境？ 2. 蛋白可以不放在上述環(huán)境里直接能量最小化嗎？我運行了一下是可以的，不知道是否準(zhǔn)確？ 3. 進行了能量最小化和分子模擬之后，怎么分析結(jié)果？ 4. 得到的最優(yōu)構(gòu)象怎么導(dǎo)出進行下一步的分子對接？因為我得到的結(jié)果是一個含有幾十幀的cdc文件，里面有幾十個構(gòu)象，怎么把最優(yōu)構(gòu)象導(dǎo)出？ 謝謝指教 |
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