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【原創(chuàng)】分子對接，同源模建，分子動力學(xué)軟件介紹帖
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">分子對接，同源模建，分子動力學(xué)軟件介紹帖 作為一個分子模擬領(lǐng)域的門外漢，主要應(yīng)用一些成型的軟件進行課題相關(guān)對象的模擬，在接觸分子模擬一年多的時間里，多多少少也接觸了一些分子對接，同源模建和分子動力學(xué)的軟件。在此想開一貼，介紹一下我用這些軟件的簡要介紹，自己的一些心得，也歡迎更多的蟲友能對這些方向的軟件進行介紹，補充，爭取做成一個系列。 初步列下我接觸過的軟件，以后將持續(xù)更新 同源模建： SWISS-MODEL MODELLER Geno3D phyre 分子對接： Autodock-5樓 MVD-7樓 iGEMDOCK-2樓 分子動力學(xué)： DESMOND NAMD GROMACS 這些軟件都僅僅是接觸過的，談不上精通，因此能提供的只是個簡單的介紹，其中比較熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以詳細點介紹，其它的就僅當(dāng)拋磚引玉，希望能引起大家對這些軟件應(yīng)用的探討，共同進步。 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ] |
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Molecule Virtual Docker 介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+10):謝謝 2010-09-19 21:43:37
ghcacj(金幣+10):謝謝 2010-09-19 21:43:37
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2-3分子對接軟件Molecule Virtual Docker Molecule Virtual Docker網(wǎng)站：http://www.molegro.com/mvd-features.php 是商業(yè)軟件，不直接出售，需要通過國內(nèi)的代理購買，國內(nèi)的代理商叫天演。 最初接觸這個軟件的原因是想畫出活性位點的疏水性殘基分布，結(jié)果偶然搜到了一個免費的圖形顯示軟件 就是這個軟件自帶的免費GUI（除了GUI都是要錢的） 優(yōu)點：多平臺下無障礙通用，可以再WIN,LINUX和MAC下使用，既可以利用其中的Docking Wizard從事主業(yè) -分子對接，也可以利用其中的DATA ANALYZER進行3D-QSAR模型的建立，可以說是功能強大。 針對自己的一點使用體驗來說： 1. 操作比較簡單，需要設(shè)定對接配體所處的位置，可以是單個文件，也可以是文件夾，方便進行虛擬篩選 對接位點的選擇仍然需要文獻的指導(dǎo)。能給出配體和受體的結(jié)合能，但是其判斷構(gòu)想是否合理的依據(jù)并不是 之前提到的AD那種以聚類數(shù)目多少判別構(gòu)象的合理與否。 2. 對接的準(zhǔn)確度確實很高，多個體系的RMSD均<2 3.顯示效果良好，可以顯示活性口袋的電勢分布，疏水殘基分布等，同時，可將PDB文件里包含的部分以 蛋白，配體等拆分開來表示。比較人性化。 更多的功能希望蟲友能給予補充 |
7樓2010-09-18 00:06:33
iGEMDOCK介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
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2-1:2代表屬于分子對接軟件，1為2中的第一個介紹，下同 iGEMDOCK網(wǎng)站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php 功能：分子對接，虛擬篩選 額外需要的軟件：SWISS-PDBVIEWER 網(wǎng)站：http://spdbv.vital-it.ch/ 功能介紹： 這是臺灣一個大學(xué)開發(fā)的分子對接軟件，目前最新的版本是2.1 這個對接軟件給我的印象就是使用非常簡單，整個運行實際上只需要選擇活性位點，選擇配體即可開始對接，活性位點的選擇通過SWISS-PDBVIEWER進行，配體的結(jié)構(gòu)可以利用CHEM3D繪制并優(yōu)化獲得。都準(zhǔn)備齊全后，就可進行對接。 對接的模式分為標(biāo)準(zhǔn)對接，穩(wěn)定對接,準(zhǔn)確對接，藥物篩選，快速對接和用戶自定義對接，主要的區(qū)別在于遺傳代數(shù)以及對接次數(shù)。藥物篩選主要用于配體數(shù)據(jù)庫，如ZINC的篩選，而其余幾種則比較適合小規(guī)模的對接。 結(jié)果的表示：會給出最好的構(gòu)象，PDB格式，默認(rèn)的顯示軟件是RASMOL。 評價：自帶的教程很詳細，一步一步照著做就能順利完成，對接的準(zhǔn)確度嘗試了不帶柔性鍵的苯，RMSD很小，但是因為我的專業(yè)不是藥學(xué)，因此，柔性鍵很多的分子并未嘗試，希望各位蟲友有興趣的可以將自己的結(jié)果在此公布，大家一起來評價不同的軟件對接的準(zhǔn)確性，哈哈 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ] |
2樓2010-09-12 10:32:39
3樓2010-09-12 11:08:32
4樓2010-09-16 16:59:59
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