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[資源]
【原創(chuàng)】分子對接，同源模建，分子動力學軟件介紹帖
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">分子對接，同源模建，分子動力學軟件介紹帖 作為一個分子模擬領域的門外漢，主要應用一些成型的軟件進行課題相關對象的模擬，在接觸分子模擬一年多的時間里，多多少少也接觸了一些分子對接，同源模建和分子動力學的軟件。在此想開一貼，介紹一下我用這些軟件的簡要介紹，自己的一些心得，也歡迎更多的蟲友能對這些方向的軟件進行介紹，補充，爭取做成一個系列。 初步列下我接觸過的軟件，以后將持續(xù)更新 同源模建： SWISS-MODEL MODELLER Geno3D phyre 分子對接： Autodock-5樓 MVD-7樓 iGEMDOCK-2樓 分子動力學： DESMOND NAMD GROMACS 這些軟件都僅僅是接觸過的，談不上精通，因此能提供的只是個簡單的介紹，其中比較熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以詳細點介紹，其它的就僅當拋磚引玉，希望能引起大家對這些軟件應用的探討，共同進步。 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ] |
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Autodock介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+10):謝謝分享 2010-09-17 09:59:33
ghcacj(金幣+10):謝謝分享 2010-09-17 09:59:33
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2-2: 分子對接軟件Autodock Autodock網(wǎng)站：http://autodock.scripps.edu/ 功能介紹：號稱是現(xiàn)在應用最為廣泛的免費分子對接軟件，最新版本是4.2 這個對接軟件是我目前最愛用的，一方面是因為我買不起商用軟件，諸如SYBYL中的SURFLEX,Schrodinger中的Glide等， 另一方面，就我目前對接的結(jié)果來看，AD的準確性還是很不錯的，曾經(jīng)看過MVD的官方介紹，講到對比不同的對接軟件 對已經(jīng)解析獲得的PDB復合物的再現(xiàn)性，得出MVD有87%是最高的，與之進行比較的包括Gold,glide和FLEXX,但是沒有提 到和AD的比較，實際上AD的對接效果還是非常不錯的。 首先，我們需要明確AD的組成，其核心部件只有兩個，一個是Autodock4.exe,另一個是Autogrid4.exe。前者執(zhí)行對接 后者執(zhí)行格點計算。大家經(jīng)�？吹降膱D形化操作界面-AutodockTools不是對接所必需的，但是能給初學者很大的方便。 AD在LINUX和WIN下都可以正常運行，而win下的計算速度要比LINUX下慢六倍左右（自己的體系結(jié)果，僅供參考） 如果用LINUX，推薦UBUNTU,可以下載AD的deb文件，直接雙擊就可安裝，沒有編譯的過程。 win下的安裝略微復雜，不過現(xiàn)在不用Cygwin就可以運行！ 配體的準備同iGEMDOCK的所述，受體的話需要加氫，去水。具體的可以看教程。 對接的時候需要對對接的位點進行定義，一般選擇文獻已報道的活性位點作為對接的中心。 結(jié)果的評價：主要看簇聚類情況，通常來說，合理的構(gòu)象在對接中出現(xiàn)的概率較高，因此，通常一個簇中含有較多的 構(gòu)象就說明這個構(gòu)象可能是合理的，當然，也要結(jié)合實際體系具體判斷。 |
5樓2010-09-16 22:51:13
iGEMDOCK介紹
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
lei0736(金幣+5):謝謝 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-09-16 18:39:53
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2-1:2代表屬于分子對接軟件，1為2中的第一個介紹，下同 iGEMDOCK網(wǎng)站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php 功能：分子對接，虛擬篩選 額外需要的軟件：SWISS-PDBVIEWER 網(wǎng)站：http://spdbv.vital-it.ch/ 功能介紹： 這是臺灣一個大學開發(fā)的分子對接軟件，目前最新的版本是2.1 這個對接軟件給我的印象就是使用非常簡單，整個運行實際上只需要選擇活性位點，選擇配體即可開始對接，活性位點的選擇通過SWISS-PDBVIEWER進行，配體的結(jié)構(gòu)可以利用CHEM3D繪制并優(yōu)化獲得。都準備齊全后，就可進行對接。 對接的模式分為標準對接，穩(wěn)定對接,準確對接，藥物篩選，快速對接和用戶自定義對接，主要的區(qū)別在于遺傳代數(shù)以及對接次數(shù)。藥物篩選主要用于配體數(shù)據(jù)庫，如ZINC的篩選，而其余幾種則比較適合小規(guī)模的對接。 結(jié)果的表示：會給出最好的構(gòu)象，PDB格式，默認的顯示軟件是RASMOL。 評價：自帶的教程很詳細，一步一步照著做就能順利完成，對接的準確度嘗試了不帶柔性鍵的苯，RMSD很小，但是因為我的專業(yè)不是藥學，因此，柔性鍵很多的分子并未嘗試，希望各位蟲友有興趣的可以將自己的結(jié)果在此公布，大家一起來評價不同的軟件對接的準確性，哈哈 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ] |
2樓2010-09-12 10:32:39
3樓2010-09-12 11:08:32
4樓2010-09-16 16:59:59
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