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futing1229木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
【求助】heme中三價(jià)鐵的力場(chǎng)參數(shù) 已有4人參與
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最近遇到一個(gè)問(wèn)題，在處理heme時(shí) ，其中的鐵為正三價(jià)時(shí)，力場(chǎng)參數(shù)怎么確定？ amber 里的鐵是二價(jià)。不知道其他哪些軟件里包含三價(jià)鐵？ 謝謝！ [ Last edited by futing1229 on 2010-10-8 at 16:35 ] |
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zbb9356
木蟲(chóng) (小有名氣)
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
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不知道你說(shuō)的是在哪的？在網(wǎng)站上沒(méi)找到，另外在網(wǎng)上找到一個(gè)，不過(guò)好像跟就是amber自帶的那個(gè)參數(shù)。 網(wǎng)址：http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber |
7樓2010-12-06 23:40:49
z5476t4508
新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
明天家
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futing1229(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-10-21 17:04:39
futing1229(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-10-21 17:04:39
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可不可以這樣呢？ 然后把heme中的鐵拿掉，然后加個(gè)背景電荷（3+）在gaussian中優(yōu)化，單點(diǎn)并用 resp 得到參數(shù)，把Fe和拿掉Fe的heme看成兩個(gè)殘基load到leap里面，生成prmtop文件 如果跑動(dòng)力學(xué)有問(wèn)題的話(huà)可以先把整個(gè)分子（含F(xiàn)E3+）放到gaussian里優(yōu)化、單點(diǎn)，然后用resp擬合出電荷 然后把prmtop文件中的電荷換掉... |
2樓2010-10-21 16:34:32
nkyx
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3樓2010-10-22 21:47:23
4樓2010-10-30 10:41:36
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