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[交流]
【求助】高分子模擬中鏈上小珠的距離問題 已有2人參與
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各位大俠好,我是一名fortran編程的新手,我要做一個高分子在通道中運動的一個MD的模擬,但是相鄰小珠之間的距離我要不要考慮進(jìn)去呢?在運行的時候總是有相鄰的珠子之間的距離很遠(yuǎn),以至于我覺得它已經(jīng)不是一條鏈了,小珠會到處亂飛,請問這是正常的么?如果不正常我該如何實現(xiàn)這一部分的編程呢?請高手指教! 謝謝! |
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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相鄰 BEADS之間的距離由相互作用所控制。比如你采用Harmonic Potential $U_b = 1/2 k_b (r - r_0)^2$,那么相鄰 BEADS 之間的距離平均值應(yīng)該在$r_0$。 “亂飛”是什么概念,:)。請用專業(yè)化的語言來描述。你在模擬中是否采用了周期性邊界條件以及最小鏡像法則( Minimum Image Convention)? 可能的話,建議你使用c++。fortran的語法太死板,編寫好的程序管理以及修改不如c++方便。 |

鐵桿木蟲 (著名寫手)
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