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Andy8786新蟲 (初入文壇)
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[交流]
【求助】求高手：怎樣用Jade計算晶胞參數(shù) 已有4人參與
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| 我現(xiàn)在做的催化劑是鈣鈦礦型催化劑，需要計算晶胞參數(shù)，不知道怎么算，希望高手指教一下，不勝感激！ |
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yp_03
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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大家都很關(guān)注在Jade中如何進行晶胞修正的問題，實際上，晶胞修正和指標(biāo)化是結(jié)合在一起的，因此，如果大家不是對已知晶系很有把握的話，最好在修正之前都預(yù)先進行指標(biāo)化以判斷或確證晶系。 在指標(biāo)化之前，大家有幾項工作需預(yù)先進行，一是2theta校正（用標(biāo)樣即可）；二是相分析，如果是二相甚至多項共存，則歸屬峰的時候要非常仔細(xì)。三是峰型擬合確定峰位（如果有重疊峰則更加必要）；我個人認(rèn)為，指標(biāo)化最關(guān)鍵的一步是確定峰位，選取的峰最好是低角度的獨立峰，而且選取的峰的數(shù)量并非多多益善，只要滿足了不同的晶系要求即可，遇到重疊峰的時候一定要小心！ 做好上述工作之后，下一步就是options/pattern indexing，出現(xiàn)一個面板，在你的晶系前劃勾，然后選擇指標(biāo)化方式，建議是從快（rapid 再下面有2 theat error一欄，如實填上即可，晶胞參數(shù)最大值最好填的大一點，其它的按默認(rèn)，另外，對于一些做有機大分子晶體的朋友來說，晶胞密度可能比較重要，那就要把Z值和化學(xué)式輸入，根據(jù)晶胞體積軟件會自動給出的。 完成上述步驟之后，就“go”吧，軟件會按照一定的排列方式將很多種可能的結(jié)果一一列出來，fm值越小，結(jié)果的可信度就越高，有時會發(fā)現(xiàn)你認(rèn)為正肯定確的空間群沒有出現(xiàn)在結(jié)果中，不要緊，在"space group"旁邊有一個'?'，點擊它一些，看看有沒有找到，晶體學(xué)上，很多空間群都統(tǒng)屬于同一點群，因此在指標(biāo)化時，它們都是等同的。當(dāng)你選取其中的一個指標(biāo)化結(jié)果時，相應(yīng)的就會在圖譜上出現(xiàn)一系列黃色的指標(biāo)化的衍射峰位，你可以一一與實際的衍射位對應(yīng)，看看結(jié)果是否準(zhǔn)確。有時一個結(jié)果也沒有得到，有可能的原因是選取得峰不對，2theta偏差不對，選擇的晶系不對，也有可能最大晶胞值太小，或者fm截取值太低的緣故。那就重新再來吧。 接下來的事情就比較容易了，先選定正確的結(jié)果（藍），點擊“Refine”，出現(xiàn)“Cell Refinement”的控制面板，再點擊Refine，你就可以得到精確的晶胞參數(shù)，esd表示的是標(biāo)準(zhǔn)偏差。 如果你已知了空間群，并且選峰正確（手動），那么你也可以直接“options”/“Cell Refinement”/Refine，打開‘reflections'，看看偏差多大，它可以作為指標(biāo)化和晶胞修正的結(jié)果輸出。 |
5樓2012-11-29 15:56:43
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