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Andy8786新蟲 (初入文壇)
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[交流]
【求助】求高手:怎樣用Jade計(jì)算晶胞參數(shù) 已有4人參與
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| 我現(xiàn)在做的催化劑是鈣鈦礦型催化劑,需要計(jì)算晶胞參數(shù),不知道怎么算,希望高手指教一下,不勝感激! |
新蟲 (初入文壇)
木蟲 (正式寫手)
木蟲 (正式寫手)
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大家都很關(guān)注在Jade中如何進(jìn)行晶胞修正的問題,實(shí)際上,晶胞修正和指標(biāo)化是結(jié)合在一起的,因此,如果大家不是對(duì)已知晶系很有把握的話,最好在修正之前都預(yù)先進(jìn)行指標(biāo)化以判斷或確證晶系。 在指標(biāo)化之前,大家有幾項(xiàng)工作需預(yù)先進(jìn)行,一是2theta校正(用標(biāo)樣即可);二是相分析,如果是二相甚至多項(xiàng)共存,則歸屬峰的時(shí)候要非常仔細(xì)。三是峰型擬合確定峰位(如果有重疊峰則更加必要);我個(gè)人認(rèn)為,指標(biāo)化最關(guān)鍵的一步是確定峰位,選取的峰最好是低角度的獨(dú)立峰,而且選取的峰的數(shù)量并非多多益善,只要滿足了不同的晶系要求即可,遇到重疊峰的時(shí)候一定要小心! 做好上述工作之后,下一步就是options/pattern indexing,出現(xiàn)一個(gè)面板,在你的晶系前劃勾,然后選擇指標(biāo)化方式,建議是從快(rapid 再下面有2 theat error一欄,如實(shí)填上即可,晶胞參數(shù)最大值最好填的大一點(diǎn),其它的按默認(rèn),另外,對(duì)于一些做有機(jī)大分子晶體的朋友來說,晶胞密度可能比較重要,那就要把Z值和化學(xué)式輸入,根據(jù)晶胞體積軟件會(huì)自動(dòng)給出的。 完成上述步驟之后,就“go”吧,軟件會(huì)按照一定的排列方式將很多種可能的結(jié)果一一列出來,fm值越小,結(jié)果的可信度就越高,有時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)你認(rèn)為正肯定確的空間群沒有出現(xiàn)在結(jié)果中,不要緊,在"space group"旁邊有一個(gè)'?',點(diǎn)擊它一些,看看有沒有找到,晶體學(xué)上,很多空間群都統(tǒng)屬于同一點(diǎn)群,因此在指標(biāo)化時(shí),它們都是等同的。當(dāng)你選取其中的一個(gè)指標(biāo)化結(jié)果時(shí),相應(yīng)的就會(huì)在圖譜上出現(xiàn)一系列黃色的指標(biāo)化的衍射峰位,你可以一一與實(shí)際的衍射位對(duì)應(yīng),看看結(jié)果是否準(zhǔn)確。有時(shí)一個(gè)結(jié)果也沒有得到,有可能的原因是選取得峰不對(duì),2theta偏差不對(duì),選擇的晶系不對(duì),也有可能最大晶胞值太小,或者fm截取值太低的緣故。那就重新再來吧。 接下來的事情就比較容易了,先選定正確的結(jié)果(藍(lán)),點(diǎn)擊“Refine”,出現(xiàn)“Cell Refinement”的控制面板,再點(diǎn)擊Refine,你就可以得到精確的晶胞參數(shù),esd表示的是標(biāo)準(zhǔn)偏差。 如果你已知了空間群,并且選峰正確(手動(dòng)),那么你也可以直接“options”/“Cell Refinement”/Refine,打開‘reflections',看看偏差多大,它可以作為指標(biāo)化和晶胞修正的結(jié)果輸出。 |
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