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1樓 2010-10-20 01:55:48

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taigongzaici

新蟲 (小有名氣)

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生物信息學(xué)可是大牛啊。好好學(xué)吧，

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2樓2010-10-20 08:28:13

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reasonspare

木蟲 (著名寫手)

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lstt09nk(金幣+5):很好，很詳細(xì) 2010-10-20 09:19:46

引用回帖:

Originally posted by cheilove at 2010-10-20 01:55:48:
老師是做馬鈴薯生物技術(shù)的。說(shuō)既然我計(jì)算機(jī)比較好，就建議我做馬鈴薯（主要材料）的生物信息學(xué)，可以不做實(shí)驗(yàn)，我了個(gè)暈，編程，測(cè)序？我問那這方向以后干嘛啊。他說(shuō)可以轉(zhuǎn)向計(jì)算機(jī)軟件，可以搞藥物開發(fā)啊。我…。 ...

建議摟主，回頭好好的補(bǔ)一補(bǔ) 生物信息學(xué)，不管你作為不作為你的主打方向，都是有好處的：

生物信息學(xué)，是一個(gè)很系統(tǒng)的東西，也是一個(gè)很有用的東西。除了每天去genbank，意外你還要多事情要做：
我只給你舉些常見的例子：
模型分析型：好多國(guó)內(nèi)外優(yōu)秀生物學(xué)服務(wù)器，都是基于自己的一個(gè)模型（可能是一個(gè)很小的SCI paper）發(fā)展成為學(xué)界大牛（PFAM: http://pfam.sanger.ac.uk/search. 模型：hidden Markov models （HMMs））通過對(duì)部分一致基因的分析，就能拿到保守位點(diǎn)，從而對(duì)未知基因進(jìn)行功能預(yù)測(cè): 尤其是基因家族。其他的保守位點(diǎn)分析如：MEME,

大小通吃型：就如Genbank,Uniprot 就屬于這種性質(zhì)，想象一下全世界所有人的測(cè)序結(jié)果都要提交那里。如果你想知道你的基因是否有人研究過，也要到那里進(jìn)行比較。其意義我就不說(shuō)。

專業(yè)性：就如MASCOT, KEGG.我就業(yè)不多說(shuō)了

揀便宜型：現(xiàn)在如果建立一個(gè)genbank第二，已經(jīng)是沒有意義的事情了，所以許多人開始撿便宜，我就給你舉個(gè)例子（實(shí)際情況可能有誤差） :韓國(guó)有一家網(wǎng)站，整理了Genbank里所有的16S rDNA,然后進(jìn)行系統(tǒng)命名，我們都知道如果想知道一個(gè)細(xì)菌是那個(gè)種，必須要知道16S.換句話說(shuō)你拿到你的菌株16S 就可以去他的網(wǎng)站比對(duì)了。哈哈，很簡(jiǎn)單不是嗎。

編程摟住看了不要暈：你不要想想象windows的那種大程序，動(dòng)不動(dòng)上萬(wàn)頁(yè)紙。
比如從Genbank拿ABC transporter或任何逆向分析的基因家族來(lái)說(shuō)吧：一小段代碼：絕對(duì)不超過一頁(yè)紙，就能讓你拿到所有生物的基因。如果稍微補(bǔ)充一下代碼（幾句話），就能讓你的代碼每天/月去掃描一遍Genbank，如果有人提交到了genbank，你這里也能得到更新。這就是生物學(xué)。

當(dāng)然我之舉了一個(gè)例子，而且相當(dāng)狹義，
生物學(xué)信息學(xué)的東西很多那。

就拿到你提到的藥物卡發(fā)來(lái)說(shuō)：
說(shuō)神秘一點(diǎn)也不神秘：
比如你想開發(fā)一個(gè)針對(duì)馬鈴薯的除草劑。你手頭上有個(gè)除草劑挺好，就是把馬鈴薯也搞死了。你要研究一個(gè)新藥物，能除草但是不能殺馬鈴薯。
于是你了解這個(gè)除草劑的成分，功能，靶蛋白（大多數(shù)除草劑都有靶蛋白如GABA）,當(dāng)然你就能找到馬鈴薯的這個(gè)蛋白的序列。通過蛋白質(zhì)建模工具，你就知道藥物和蛋白的結(jié)合位點(diǎn)。通過調(diào)節(jié)藥物的空間結(jié)構(gòu)，比如添加一個(gè)羥基，增加一個(gè)苯環(huán)，使得該藥物對(duì)馬鈴薯不是很敏感，這樣你就目的就達(dá)到了，找個(gè)人合成這個(gè)化學(xué)物質(zhì)，拿馬鈴薯試一試，效果不錯(cuò)，申請(qǐng)專利，效果不好，發(fā)表文章，效果很差，重新再來(lái)。

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大慈大悲觀世音救苦救難觀世音有求必應(yīng)觀世音普渡眾生觀世音千手千眼觀世音官大敢管觀世音無(wú)處不在觀世音普觀普長(zhǎng)觀世音南無(wú)觀世音菩薩

3樓2010-10-20 09:02:21

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cheilove

禁蟲 (正式寫手)

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4樓2010-10-20 11:30:24

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silicare

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dhd997(金幣+1):鼓勵(lì)一下。 2010-10-20 13:41:40

可以分為原理，開發(fā)，應(yīng)用

原理一般就是各種算法，這些基本是學(xué)數(shù)學(xué)的和計(jì)算機(jī)的搞

開發(fā)，就是編程，開發(fā)軟件或工具，計(jì)算機(jī)或數(shù)學(xué)的

應(yīng)用，就是用別人的軟件，這個(gè)是學(xué)生物的強(qiáng)項(xiàng)

你就負(fù)責(zé)用就行，初學(xué)者從primer dnaman NCBI在線軟件等簡(jiǎn)單工具學(xué)期即可

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5樓2010-10-20 12:55:06

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thinkingers

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amisking(金幣+3):非常歡迎交流！ 2010-10-20 20:17:38

引用回帖:

Originally posted by reasonspare at 2010-10-20 09:02:21:

建議摟主，回頭好好的補(bǔ)一補(bǔ) 生物信息學(xué)，不管你作為不作為你的主打方向，都是有好處的：

生物信息學(xué)，是一個(gè)很系統(tǒng)的東西，也是一個(gè)很有用的東西。除了每天去genbank，意外你還要多事情要做：
我只給你 ...

這個(gè)回復(fù)。。。顯得有點(diǎn)了解，我也只是上學(xué)期專業(yè)必修課學(xué)了生物信息學(xué)，不過那東西。。。聽不太懂，而且我興趣也不在此，不過搞這個(gè)的話計(jì)算機(jī)得要好，不光日常應(yīng)用，還有說(shuō)的編程----我想這應(yīng)該是成為大牛，甚至泰斗的一個(gè)良好條件，不要總想著別人給你編好，自己動(dòng)手，需要什么可以直接添加，這樣的話多熟悉熟悉linux是相當(dāng)不錯(cuò)的。

另外再頂這個(gè)，LZ多體會(huì)體會(huì)，請(qǐng)教請(qǐng)教

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6樓2010-10-20 17:59:25

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iaminxanadu

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只記住：任何方向都是個(gè)“有用的”潛力巨大的。關(guān)鍵是是不適合，勝任否？導(dǎo)師一點(diǎn)幫不上，自己又很菜只能隨實(shí)驗(yàn)室主流了

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7樓2010-11-05 13:46:32

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holyala

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引用回帖:

灰常好啊~~詳細(xì)生動(dòng)！
生物信息學(xué)絕對(duì)是現(xiàn)代生物科研的重要工具，堪比分子生物學(xué)啊~~很好的方向！

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8樓2010-11-05 13:56:14

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364602sanwen

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韓國(guó)有一家網(wǎng)站，整理了Genbank里所有的16S rDNA,然后進(jìn)行系統(tǒng)命名，我們都知道如果想知道一個(gè)細(xì)菌是那個(gè)種，必須要知道16S.換句話說(shuō)你拿到你的菌株16S 就可以去他的網(wǎng)站比對(duì)了。

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9樓2010-11-05 14:44:43

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亂七八糟，搞個(gè)名字嚇?biāo)廊耍?

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10樓2010-11-05 15:47:50

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