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heying714銀蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助/交流】關(guān)于基因序列比對(duì)
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我得到一個(gè)未知基因的序列（用高保真酶P的），在DNAMAN上比對(duì)，與最相近的一個(gè)已知序列的相似度為83%，可是蛋白序列（根據(jù)ncbi比對(duì)選擇的frame）的相似度只有百分之三十幾。肯定蛋白的相似度應(yīng)該比核酸高啊。。。 序列在NCBI上blast，也分成幾段，得到里面幾個(gè)片段的分別的相似度，而不是從頭到尾就給出一個(gè)相似度。 我很疑惑，怎么會(huì)這樣呢？是測(cè)序的問題導(dǎo)致發(fā)生移碼了嗎？ 請(qǐng)高手指教，謝謝！ |
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2樓2010-11-04 15:39:26
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heying714
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4樓2010-11-04 15:50:57
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5樓2010-11-04 15:53:33
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scelab(金幣+5):熱心蟲友，歡迎多來交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-11-04 23:22:50
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1。我覺得是你對(duì)蛋白質(zhì)序列相似度的理解上有些偏差，AA相同時(shí)算匹配，親疏水性相同也算。所以你蛋白序列比對(duì)時(shí)會(huì)覺得相似度很低。其實(shí)好多時(shí)候40%以上就算同源了。你可以觀察下NCBI對(duì)蛋白質(zhì)CDD里面的定義方式。 2。片段斷裂，有可能像你說的那樣是測(cè)序錯(cuò)誤�；蛘吣愕腛RF壓根就沒找對(duì)。還有不知道你BLAST之后能不能找到保守域呢？有些蛋白是由不同的保守域拼湊起來的。 我的一點(diǎn)想法，不知對(duì)不對(duì)，請(qǐng)高手指正。 |
6樓2010-11-04 21:00:24
heying714
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7樓2010-11-04 22:36:04
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