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[交流] 【求助】結(jié)構優(yōu)化時如何將原子位置固定在原胞內(nèi) 已有6人參與

結(jié)構優(yōu)化之后，原子跑到了鄰近的單胞內(nèi)，雖然只是沿著lattice vector 移動一下，并不改變系統(tǒng)的性質(zhì)。但畫圖的時候不太好看，另外，我想研究原子在表面的擴散，這需要將初始和最終原子坐標對齊。
vasp 里能不能在優(yōu)化結(jié)構的時候不去移動原子到隔壁的單胞內(nèi)？
非常感謝！

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1樓 2010-11-08 11:40:55

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xianggui7895

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bingmou(金幣+1):感謝交流 2010-11-08 18:17:30

畫圖的時候把他按照周期性邊界條件拉回晶胞內(nèi)不久行了嗎？

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2樓2010-11-08 17:08:15

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sunyang1988

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ym23(金幣+1):謝謝交流 2010-11-08 23:26:12

不能在這方面加以限制，這樣就不真實了。就是畫圖的時候處理一下就可以

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心之所向無懼無悔

3樓2010-11-08 18:37:20

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bingmou(金幣+1):感謝交流 2010-11-11 14:48:23

以前用老板自己寫的程序，可以選擇固定不固定原胞中的原子的序號
現(xiàn)在轉(zhuǎn)用vasp做擴散，看來是沒有這個功能了
只能自己注意原子的對齊了

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4樓2010-11-11 06:57:11

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youzhizhe(金幣+1):謝謝交流 2010-11-11 16:32:36

引用回帖:

Originally posted by skyscorpioa at 2010-11-08 11:40:55:
結(jié)構優(yōu)化之后，原子跑到了鄰近的單胞內(nèi)，雖然只是沿著lattice vector 移動一下，并不改變系統(tǒng)的性質(zhì)。但畫圖的時候不太好看，另外，我想研究原子在表面的擴散，這需要將初始和最終原子坐標對齊。
vasp 里能不能在 ...

是呀我也遇到這種情況，用NEB做過渡態(tài)時還得把原子按分數(shù)坐標調(diào)到同一個格子里，甚是麻煩！

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5樓2010-11-11 14:35:04

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mazuju028(金幣+1):謝謝交流 2010-11-14 15:33:01

引用回帖:

這個應該是你在優(yōu)化晶格常數(shù)的時候，為了找到能量最低態(tài)的時候發(fā)生的，你如果想保持哪個原子坐標不變要在優(yōu)化晶格常數(shù)的時候，改變EN.sh 腳本

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6樓2010-11-14 13:10:33

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引用回帖:

Originally posted by haowenping at 2010-11-14 13:10:33:

這個應該是你在優(yōu)化晶格常數(shù)的時候，為了找到能量最低態(tài)的時候發(fā)生的，你如果想保持哪個原子坐標不變要在優(yōu)化晶格常數(shù)的時候，改變EN.sh 腳本

EN.sh 是什么？

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7樓2010-11-15 12:22:36

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haowenping

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bingmou(金幣+1):感謝提示 2010-11-15 19:06:49

引用回帖:

Originally posted by skyscorpioa at 2010-11-15 12:22:36:

EN.sh 是什么？

它是一個腳本，就是你做優(yōu)化晶格常數(shù)的時候的腳本，
#!/bash/sh
for i in 0.92 0.94 0.96 0.98 1.00 1.02 1.04 1.06 1.08 1.10
do
a=`echo"scale=16;2.130/$i"bc`
b=`echo"scale=16;1.229/$i"bc`
cat >POSCAR< gra
$i
   $a                               $b                            0.0000000000000000
   0.0000000000000000 2.4599988460540771 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 0.0000000000000000 18.3999996185302734
C
2
Selective dynamics
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.1847826086956488 T T T
  0.6666666666666643  0.6666666666666643  0.1847826086956488 T T T

  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
!

echo "POSCAR=$i"
time mpirun -np 2 vaspmpi
E=`grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1| cut -c32-42`
echo $i $E >>Etot.dat
donegra
1.00
   2.1304216384887695 1.2299994230270386 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 2.4599988460540771 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 0.0000000000000000 18.3999996185302734
C
2
Selective dynamics
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.1847826086956488 T T T
  0.6666666666666643  0.6666666666666643  0.1847826086956488 T T T

  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
運行最上面的腳本表示2.1304216384887695 1.2299994230270386 0.0000000000000000 原子中的前2個坐標表示不動！
POSCAR內(nèi)容如下：

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8樓2010-11-15 12:51:15

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多謝，這種方式對某些情況是可以的。我的計算不光要優(yōu)化晶格常數(shù)，還要優(yōu)化原胞內(nèi)原子坐標位置

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9樓2010-11-15 22:53:22

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引用回帖:

2樓: Originally posted by xianggui7895 at 2010-11-08 17:08:15
畫圖的時候把他按照周期性邊界條件拉回晶胞內(nèi)不久行了嗎？

怎樣按周期性邊界條件�。�？？是把坐標加上某個數(shù)值嗎求指教

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10樓2014-03-15 15:48:37

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