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cenwanglai

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老和山猥瑣派九段

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[交流] 【求助成功】從原胞到表面吸附結(jié)構(gòu),一套完整的計(jì)算,怎么規(guī)劃優(yōu)化? 已有5人參與

在各位蟲(chóng)友的幫助啟發(fā)下,現(xiàn)在VASP總能計(jì)算結(jié)果基本上都能與文獻(xiàn)結(jié)果保持?jǐn)?shù)量級(jí)上的一致.現(xiàn)在迫切需要提高計(jì)算精度,希望可以把偏差控制到0.02eV以下.我把我的計(jì)算流程列出來(lái),希望大家提供改善或糾正的意見(jiàn).

我做計(jì)算的流程如下:
(1)原胞優(yōu)化,建模.
(2)ISTART=0,ICHARG=2,EDIFF=1E-3,EDIFFG=-0.1,IBRION=2,LREAL=Auto粗結(jié)構(gòu)優(yōu)化;
(3)rm WAVECAR.EDIFF=1E-4,EDIFFG=-0.01,IBRION=2,LREAL=Auto結(jié)構(gòu)優(yōu)化;
(4)靜態(tài)計(jì)算,優(yōu)化ENCUT,K-points,SIGMA
(5)rm WAVECAR,用優(yōu)化好的參數(shù)和結(jié)構(gòu),做靜態(tài)自恰計(jì)算,得到總能和電荷密度數(shù)據(jù).
(6)能帶等其它性質(zhì)的計(jì)算.
(7)數(shù)據(jù)處理.

問(wèn)題:
(1)FFT的網(wǎng)格優(yōu)化需要做嗎?在哪個(gè)階段做比較合適?
(2)對(duì)于含有f電子的模型,帶U優(yōu)化結(jié)構(gòu)有必要嗎?先不帶U優(yōu)化結(jié)構(gòu),計(jì)算總能和電子結(jié)構(gòu)的時(shí)候再把U加上滿足精度要求嗎?
(3)同種材料不同結(jié)構(gòu)的模型,SIGMA要分別優(yōu)化嗎?比如原胞總能計(jì)算,需要優(yōu)化SIGMA;做出表面后SIGMA又要優(yōu)化一次;做出表面吸附結(jié)構(gòu)后,SIGMA需要再優(yōu)化一次?提出這樣的問(wèn)題是因?yàn)槲覚z查同樣的SIGMA設(shè)置,不同模型中EENTRO差別較大,只有少數(shù)情況是較小的(<0.01)
(4)過(guò)了一段時(shí)間,計(jì)算任務(wù)積累的越來(lái)越多了,各位怎么管理和保存這些結(jié)算結(jié)果呢?

這些還是入門(mén)性的問(wèn)題,很多可以自己慢慢摸索.但是希望可以和大家交流一下,以節(jié)約時(shí)間.也希望這個(gè)帖子對(duì)一些人有幫助.

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-17 at 14:46 ]

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1樓 2010-05-23 09:48:51

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Originally posted by lono75 at 2010-05-24 18:19:45:

幾個(gè)meV

請(qǐng)問(wèn)這是對(duì)任何體系都是這樣嗎？如果原子數(shù)目較多，是不是應(yīng)該大點(diǎn)呢？這有沒(méi)有一個(gè)對(duì)不同體系都適用的標(biāo)準(zhǔn)？謝謝了！

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7樓2010-05-24 18:28:07

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Originally posted by kgdu at 2010-05-24 16:45:00:

請(qǐng)問(wèn)優(yōu)化ENCUT，K-point時(shí)，一般能量變化小于多少時(shí)就可以了，這個(gè)值是不是還體系原子的個(gè)數(shù)有關(guān)？還請(qǐng)問(wèn)一下sigma怎么優(yōu)化？謝謝了��！

候博士的指南中給出了SIGMA優(yōu)化的一個(gè)例子.去找來(lái)看看.意思是在0.1-0.3之間設(shè)置幾個(gè)SIGMA,分別做靜態(tài)計(jì)算,然后看EENTRO和SIGMA的關(guān)系,一般要控制EENTRO較小,比如0.01(這個(gè)我不肯定,請(qǐng)高手給予判斷)就可以了.

不過(guò)很多文獻(xiàn)直接給出所有計(jì)算SIGMA=0.2不變化,或者算某個(gè)特別的值是指定SIGMA=0.05或者0.07這樣很小的數(shù)值.

但是可以看到,SIGMA對(duì)OUTCAR中的三個(gè)能量數(shù)值是有影響的:
freen energy TOTEN
energy without entropy
energy (sigma->0)
到底選什么能量作為計(jì)算能量差計(jì)算基準(zhǔn)?不知道.因?yàn)橛形墨I(xiàn)交代所有能量都插值sigma->0.候博士的指南中好象用的是energy without entropy.但是經(jīng)常看到用grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1 來(lái)看能量的.

希望高手可以給個(gè)結(jié)論.

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9樓2010-05-24 20:43:23

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2樓2010-05-24 14:19:12

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cenwanglai(金幣+2):謝謝參與討論 2010-06-17 14:44:56

引用回帖:

Originally posted by cenwanglai at 2010-05-23 09:48:51:
在各位蟲(chóng)友的幫助啟發(fā)下,現(xiàn)在VASP總能計(jì)算結(jié)果基本上都能與文獻(xiàn)結(jié)果保持?jǐn)?shù)量級(jí)上的一致.現(xiàn)在迫切需要提高計(jì)算精度,希望可以把偏差控制到0.02eV以下.我把我的計(jì)算流程列出來(lái),希望大家提供改善或糾正的意見(jiàn).

我做 ...

請(qǐng)問(wèn)優(yōu)化ENCUT，K-point時(shí)，一般能量變化小于多少時(shí)就可以了，這個(gè)值是不是還體系原子的個(gè)數(shù)有關(guān)？還請(qǐng)問(wèn)一下sigma怎么優(yōu)化？謝謝了��！

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3樓2010-05-24 16:45:00

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cenwanglai(金幣+2):謝謝回答. 2010-05-24 20:25:27

引用回帖:

不能看能量小于多少，是要求收斂。取最佳收斂點(diǎn)就可以

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4樓2010-05-24 17:40:38

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cenwanglai(金幣+1):支持相互交流學(xué)習(xí). 2010-05-24 20:26:02

對(duì)于每個(gè)給定的ENCUT，計(jì)算收斂后，比較不同ENCUT下的系統(tǒng)能量，看其差值，小于某一值時(shí)，就可以取那個(gè)較小ENCUT。這個(gè)差值一般是多少呢？

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5樓2010-05-24 17:56:42

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cenwanglai(金幣+2):謝謝回復(fù). 2010-05-24 20:26:20

引用回帖:

Originally posted by kgdu at 2010-05-24 17:56:42:
對(duì)于每個(gè)給定的ENCUT，計(jì)算收斂后，比較不同ENCUT下的系統(tǒng)能量，看其差值，小于某一值時(shí)，就可以取那個(gè)較小ENCUT。這個(gè)差值一般是多少呢？

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[ Last edited by lono75 on 2010-5-24 at 20:13 ]

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Originally posted by lono75 at 2010-05-24 18:19:45:

1meV/atom

[ Last edited by lono75 on 2010-5-24 at 20:13 ]

那如果50個(gè)原子,總能誤差限就是50atoms*1meV/atom=0.05eV?
對(duì)應(yīng)EDIFF=5E-2?

一般設(shè)置是EDIFF=1E-4.怎么解釋?

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8樓2010-05-24 20:23:49

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cenwanglai(金幣+2):明白.謝謝. 2010-05-24 21:18:51
cenwanglai(金幣+2):謝謝回復(fù),再鼓勵(lì)一下. 2010-05-25 09:21:52

兩個(gè)不是一回事

EDIFF是取某一個(gè)Ecut時(shí),電子自洽迭代時(shí),相鄰兩次的能量差,達(dá)到此值時(shí),ION動(dòng)一下,ION步對(duì)應(yīng)EDIFFG,.....

ΔEi<0.001eV/atom for different Ecut

電子迭代的ΔEi->EDIFF not the ΔEi of the later

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10樓2010-05-24 21:08:58

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