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[求助] vasp表面和吸附分子的結(jié)構(gòu)分別優(yōu)化后，如何將它們放到一起

如題，做表面吸附，請問分別優(yōu)化了金屬表面，和所選的吸附氣體，如何將兩者放到一起形成吸附初始構(gòu)型？MS,VESTA,P4VASP哪個能做，如何做方便？

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dingniu2: 金幣+3, ★★★★★最佳答案 2013-06-12 09:28:55

最簡單的是用MS來做，分別導(dǎo)入連個模型，然后把氣體的模型復(fù)制粘貼到金屬表面模型中，然后選中氣體模型的部分并且移動到金屬模型的表面需要計算的位置。最后在把做好的模型導(dǎo)出到POSCAR，就可以在VASP中計算了。

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2樓2013-06-11 23:26:42

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3樓2013-06-11 23:39:40

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10樓: Originally posted by 零下1℃ at 2014-04-24 08:21:51
那我可不可以理解為：X.Y不變，Z方向上增大到介于成鍵與不成鍵之間的距離進(jìn)行優(yōu)化呢？謝謝...

可以，有經(jīng)驗的話，按照合理的鍵長值來設(shè)定，這樣優(yōu)化的會快些

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11樓2014-04-25 22:59:03

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dingniu2: 金幣+1, ★★★很有幫助 2013-06-12 09:29:16

同意三樓的，復(fù)雜點的用MS吧，簡單的直接在POSCAR里修改就行~~

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4樓2013-06-12 06:12:11

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2樓: Originally posted by DFPT at 2013-06-11 23:26:42
最簡單的是用MS來做，分別導(dǎo)入連個模型，然后把氣體的模型復(fù)制粘貼到金屬表面模型中，然后選中氣體模型的部分并且移動到金屬模型的表面需要計算的位置。最后在把做好的模型導(dǎo)出到POSCAR，就可以在VASP中計算了。

請問，具體操作是否為POSCAR1----VESTA導(dǎo)出cif1，POSCAR2----VESTA導(dǎo)出cif2.
，，ms導(dǎo)入cif1和cif2進(jìn)行操作。

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5樓2013-06-12 09:28:38

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5樓: Originally posted by dingniu2 at 2013-06-12 09:28:38
請問，具體操作是否為POSCAR1----VESTA導(dǎo)出cif1，POSCAR2----VESTA導(dǎo)出cif2.
，，ms導(dǎo)入cif1和cif2進(jìn)行操作。...

這樣當(dāng)然可以。怎么操作都無所謂的，哪怕自己手動輸入位置都沒關(guān)系～

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6樓2013-06-12 09:58:53

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我也想跟樓主討論下，比如現(xiàn)在要做礦物表面吸附小分子藥劑關(guān)于浮選方面的問題，用VASP能否實施計算呢？如果可以的話，具體應(yīng)該如何進(jìn)行？謝謝。

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7樓2013-06-12 12:28:57

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4樓: Originally posted by 天棚元帥 at 2013-06-12 06:12:11
同意三樓的，復(fù)雜點的用MS吧，簡單的直接在POSCAR里修改就行~~

能不能請教一下，怎樣在POSCAR文件里面做到簡單修改，比如我想在金屬表面吸附一個小原子，我已經(jīng)知道了金屬原子的坐標(biāo)位置，然后怎樣確定吸附原子的呢？謝謝

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8樓2014-04-23 10:24:14

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8樓: Originally posted by 零下1℃ at 2014-04-23 10:24:14
能不能請教一下，怎樣在POSCAR文件里面做到簡單修改，比如我想在金屬表面吸附一個小原子，我已經(jīng)知道了金屬原子的坐標(biāo)位置，然后怎樣確定吸附原子的呢？謝謝...

一個原子的添加很簡單，比如atop位，直接復(fù)制黏貼一個表面金屬原子的xyz坐標(biāo)，再稍微調(diào)大些z值就行了

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9樓2014-04-24 04:53:50

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9樓: Originally posted by 天棚元帥 at 2014-04-24 04:53:50
一個原子的添加很簡單，比如atop位，直接復(fù)制黏貼一個表面金屬原子的xyz坐標(biāo)，再稍微調(diào)大些z值就行了...

那我可不可以理解為：X.Y不變，Z方向上增大到介于成鍵與不成鍵之間的距離進(jìn)行優(yōu)化呢？謝謝

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10樓2014-04-24 08:21:51

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