 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 5002 | 回復: 12 | |||||||
thelrgbird金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
關(guān)于VASP一些瑣事的求助（K點，吸附優(yōu)化等）
|
||||||
|
請教一下大家一些問題，我用的軟件是VASP： 首先對于吸附計算來說，一開始要進行吸附材料的結(jié)構(gòu)優(yōu)化計算。一般在優(yōu)化的時候是不是直接ISIF=3進行優(yōu)化就可以了？如果被吸附的物質(zhì)只是一個材料的某一片層的話，我可不可以直接對bulk進行ISIF=3的優(yōu)化，然后對bulk切出我想要的那個面，直接用ISIF=2，（假設(shè)片層材料包括四層），固定第四層的原子，將其余的原子進行弛豫，進行優(yōu)化呢？ 上面說的是結(jié)構(gòu)優(yōu)化時ISIF參數(shù)設(shè)置的問題，接下來就是K點設(shè)置的問題了： 我看到好多做計算的人的k點設(shè)置都是n*n*y（例如8*8*1；11*11*3等等）。那他們的K點是怎么確定下來的呢？先做前兩個參數(shù)的篩選，然后在進行第三個參數(shù)的篩選嗎？對于n*n*y這樣參數(shù)的設(shè)置的方法與n*n*n這樣設(shè)置的方法在計算上會不會明顯的節(jié)約資源？還有的就是奇偶數(shù)字的問題，我在manu上看到：“It is recommended to use even meshes (e.g. 8*8*8) for up to n=8 . From there on odd meshes are more efficient (e.g.11*11*11 ).” 但是我在文獻中也常常看到5*5*5的K點出現(xiàn)，請問這是什么原因呢？ （對于K點我還有一個疑問就是看木蟲上很多人的K點都可以直接用一個個小格子畫出來，具體專業(yè)性的描述我不大清楚怎么說，以前我沒有接觸過，想順便在此也請教大家一下怎么畫？以及畫出來的圖像與實際的體相材料有什么樣的聯(lián)系？） 說完了K點的設(shè)置接下來就是吸附的過程了。在我吸附的時候被吸附原子在添加之前以及添加之后一定會對原本的體相材料的對稱性有一定的影響，那么這樣的話，我還可以仍舊使用原來體相材料的K點參數(shù)進行計算嗎？這樣的計算還會準嗎？需不需要再一次的進行K-mesh搜尋之后再進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化呢？ 最后就是一個比較實際的問題，在我目前的計算當中常常會出現(xiàn)內(nèi)存不足的現(xiàn)象（我只是做一個H在Ni的(111)面吸附的一個過程，體系中只有1個H和36個Ni原子），但是在計算的過程中，我通過估算manu上一個公式的估算，算出我這個體系需要約70GB的內(nèi)存才能夠計算出來，因此我的這個任務因內(nèi)存溢出而失敗了。我在木蟲上看到有人用的是一個叫做make***的東西來預測內(nèi)存使用的，不知道是怎么預測的呢？還有就是通過什么辦法可以讓我的內(nèi)存使用降低部分呢？ 由于我是我們組第一個搞計算的人，很多基礎(chǔ)性的問題不是很懂，問的問題有些很幼稚，讓你給大家見笑了。麻煩大家?guī)兔χ更c一下，不勝感激！ |
回復此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 VASP | VASP | first principle | 第一性原理 |
| 仿真建模與計算 |
» 猜你喜歡
302求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
被我言中：新模板不強調(diào)格式了，假專家開始管格式了
已經(jīng)有4人回復
-
303求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
考研求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
085601專碩，總分342求調(diào)劑，地區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復
-
085601材料工程專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
一志愿天津大學化學工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
能源材料化學課題組招收碩士研究生8-10名
已經(jīng)有6人回復
-
296求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
0703化學調(diào)劑 ，六級已過，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求助關(guān)于vasp磁矩設(shè)置的說明書的詳細理解
已經(jīng)有12人回復
- 新手求助~關(guān)于VASP位置優(yōu)化的問題
已經(jīng)有6人回復
- 【求助】VASP求助
已經(jīng)有5人回復
- 【求助】關(guān)于vasp進行分子動力學模擬的求助
已經(jīng)有12人回復
- 【求助】簡單問題----關(guān)于vasp晶格優(yōu)化
已經(jīng)有7人回復
- 【求助】關(guān)于vasp NEB
已經(jīng)有8人回復
- 【求助】關(guān)于vasp態(tài)密度計算
已經(jīng)有10人回復
- 【求助】vasp 5.2 光學計算的一些細節(jié)
已經(jīng)有8人回復
- 【求助】vasp中關(guān)于電場單位的問題
已經(jīng)有12人回復
- 【求助】vasp算不了嗎
已經(jīng)有23人回復
- 【求助】關(guān)于鋰原子vasp計算后的1s2s2p分波態(tài)密度處理
已經(jīng)有12人回復
- 【求助】vasp5.2異常退出的問題
已經(jīng)有16人回復
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
thelrgbird(金幣+80): ★★★★★最佳答案 雙手奉上俺的金幣，謝謝幫助！對我來說太有用了！能加一個qq嗎？以后有機會多多交流。謝謝！ 2011-12-23 13:26:12
WDD880227(金幣+2): 很有幫助~~謝謝交流~~ 2011-12-23 14:50:19
liliangfang(金幣+2): 多謝指教 2011-12-23 14:50:20
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 14:59:46
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 14:59:53
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 15:00:20
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 15:00:37
WDD880227(金幣+20): 樓主要求給你追加的金幣~~~謝謝交流~~~ 2011-12-23 15:01:04
thelrgbird(金幣+80): ★★★★★最佳答案 雙手奉上俺的金幣，謝謝幫助！對我來說太有用了！能加一個qq嗎？以后有機會多多交流。謝謝！ 2011-12-23 13:26:12
WDD880227(金幣+2): 很有幫助~~謝謝交流~~ 2011-12-23 14:50:19
liliangfang(金幣+2): 多謝指教 2011-12-23 14:50:20
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 14:59:46
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 14:59:53
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 15:00:20
WDD880227(金幣+20): 2011-12-23 15:00:37
WDD880227(金幣+20): 樓主要求給你追加的金幣~~~謝謝交流~~~ 2011-12-23 15:01:04
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
7樓2011-12-23 13:16:16
cenwanglai
榮譽版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
- 1ST強帖: 5
- 應助: 46 (小學生)
- 貴賓: 8.842
- 金幣: 7440.4
- 散金: 9654
- 紅花: 118
- 沙發(fā): 23
- 帖子: 5306
- 在線: 1961.4小時
- 蟲號: 537452
- 注冊: 2008-04-01
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
- 管轄: 仿真模擬
2樓2011-12-22 20:47:41
thelrgbird
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 1250.1
- 散金: 25
- 帖子: 150
- 在線: 89.8小時
- 蟲號: 597343
- 注冊: 2008-09-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
★
WDD880227(金幣+1): 感謝交流~~ 2011-12-23 08:36:02
WDD880227(金幣+1): 感謝交流~~ 2011-12-23 08:36:02
|
我用的是天河1A大系統(tǒng)進行計算的，硬件方面不是很懂，下面是粘貼的他們網(wǎng)站上的信息： “二期系統(tǒng)（TH-1A）于2010年8月在國家超級計算天津中心升級完成，峰值速度提升為4700TFlops，持續(xù)速度提升為2566TFlops（LINPACK實測值），部分采用了自主研制的飛騰－1000中央處理器�！� 我所擁有的是3個節(jié)點，每個節(jié)點有兩個CPU，每個CPU有6個核；一個核分配2G內(nèi)存。 因此我總共有3個節(jié)點，6個CPU，36個核，72GB的內(nèi)存 |
3樓2011-12-22 21:02:27
thelrgbird
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 1250.1
- 散金: 25
- 帖子: 150
- 在線: 89.8小時
- 蟲號: 597343
- 注冊: 2008-09-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
★
WDD880227(金幣+1): 歡迎交流~~ 2011-12-23 08:36:25
WDD880227(金幣+1): 歡迎交流~~ 2011-12-23 08:36:25
|
這里是總體技術(shù)指標： （1）峰值速度4700TFlops，持續(xù)速度2566TFlops（LINPACK實測值），內(nèi)存總?cè)萘?62TB，存儲總?cè)萘?PB。 （2）計算處理系統(tǒng)：包含7168個計算結(jié)點和1024個服務結(jié)點。每個計算結(jié)點包含2路英特爾CPU和一路英偉達GPU，每個服務結(jié)點包含2路飛騰CPU。全系統(tǒng)共計23552個微處理器，其中英特爾至強X5670 CPU（2.93GHz、6核）14336個、飛騰－1000 CPU（1.0GHz、8核）2048個、英偉達M2050 GPU（1.15GHz、14核/448個CUDA核）7168個，CPU核共計102400個，GPU核共計100352個。 （3）互連通信系統(tǒng)：采用自主設(shè)計的高階路由芯片NRC和高速網(wǎng)絡接口芯片NIC，實現(xiàn)光電混合的胖樹結(jié)構(gòu)高階路由網(wǎng)絡，鏈路雙向帶寬160Gbps，延遲1.57us。 （4）輸入輸出系統(tǒng)：采用Lustre全局分布共享并行I/O結(jié)構(gòu)，6個元數(shù)據(jù)管理結(jié)點，128個對象存儲結(jié)點，總?cè)萘?PB。 （5）監(jiān)控診斷系統(tǒng)：采用分布式集中管理結(jié)構(gòu)，實現(xiàn)系統(tǒng)實時安全監(jiān)測、控制和調(diào)試診斷。 （6）基礎(chǔ)架構(gòu)系統(tǒng)：采用高密度雙面對插組裝結(jié)構(gòu)，冷凍水空調(diào)密閉風冷散熱。環(huán)境溫度10℃～35℃，濕度10％～90％。 （7）操作系統(tǒng)：64位麒麟Linux，面向高性能并行計算優(yōu)化，支持能耗管理、高性能虛擬計算域等，可廣泛支持第三方應用軟件。 （8）編譯系統(tǒng)：支持C、C++、Fortran77/90/95、Java語言，支持OpenMP、MPI并行編程，支持異構(gòu)協(xié)同編程框架，高效發(fā)揮CPU和GPU的協(xié)同計算能力。 |
4樓2011-12-22 21:03:59
★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+3): 很有用，感謝交流~~~感謝對本版的幫助~~~ 2011-12-23 08:37:33
liliangfang(金幣+1): 多謝交流，很有用 2011-12-23 09:05:38
fzx2008(金幣+2): 講的很好 2011-12-23 09:16:10
thelrgbird(金幣+20): ★★★很有幫助 謝謝指教！俺還有些細節(jié)問題想要咨詢一下，麻煩您再看一下，謝謝！ 2011-12-23 10:34:06
感謝參與，應助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+3): 很有用，感謝交流~~~感謝對本版的幫助~~~ 2011-12-23 08:37:33
liliangfang(金幣+1): 多謝交流，很有用 2011-12-23 09:05:38
fzx2008(金幣+2): 講的很好 2011-12-23 09:16:10
thelrgbird(金幣+20): ★★★很有幫助 謝謝指教！俺還有些細節(jié)問題想要咨詢一下，麻煩您再看一下，謝謝！ 2011-12-23 10:34:06
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
5樓2011-12-23 00:36:41
thelrgbird
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 1250.1
- 散金: 25
- 帖子: 150
- 在線: 89.8小時
- 蟲號: 597343
- 注冊: 2008-09-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
|
謝謝幫助！ 我還是有一些問題想問一下： 第一個：您說的ISIF=2的優(yōu)化是說對slab的優(yōu)化以及slab吸附完一個原子之后的模型的優(yōu)化這兩個都用ISIF=2的意思嗎？ 第二個關(guān)于K點的： 我對K點的篩選是按照侯老師的那個腳本進行篩選的，篩選結(jié)果如下： 9 88 -182.505998 11 146 -182.480363 13 231 -182.483605 15 349 -182.487558 17 489 -182.458022 19 670 -182.458942 第一個就是n*n*n中的n；第二個是不可約K點；第三個就是您所說的TOTEN了。因此我用的是17。 對于您所提到的n*n*y中固定比例擴大K點設(shè)置的方法我很感興趣，可不可以麻煩您做一下更詳盡的解釋呢？或者告訴我下在哪里可以看到更詳細的解釋呢？謝謝啦。對于您說的那個n*n*y的K點設(shè)置中我還是有一個問題：您說的貌似是對bulk設(shè)置K點的情況吧？對于slab中K點的設(shè)置我認為還需要考慮的真空層的大小，那這樣的話，怎么設(shè)置比較好呢？其實我想問的還是如何篩選較好的K點來降低計算成本的問題。 第三個問題還是關(guān)于內(nèi)存的： 在我計算任務提交之后就會有這樣的log文件產(chǎn)生： Job started at: Thu Dec 22 01:15:44 CST 2011 yhrun: error: cn4248: task 25: Killed yhrun: error: cn4246: task 1: Killed yhrun: error: cn4248: task 24: Killed yhrun: error: cn4246: task 0: Killed yhrun: error: cn4247: task 13: Killed yhrun: error: cn4247: task 12: Killed yhrun: error: cn4246: task 5: Killed yhrun: error: cn4248: task 29: Killed yhrun: error: cn4247: task 17: Killed yhrun: error: cn4248: task 26: Killed yhrun: error: cn4247: task 14: Killed yhrun: error: cn4248: task 27: Killed yhrun: error: cn4246: task 3: Killed yhrun: error: cn4247: task 15: Killed yhrun: error: cn4246: task 2: Killed yhrun: First task exited 60s ago yhrun: tasks 4,6-11,16,18-23,28,30-35: running yhrun: tasks 0-3,5,12-15,17,24-27,29: exited abnormally yhrun: Terminating job step 110086.0 slurmd[cn4246]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:07 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn4248]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:18:07 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn4247]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:00 WITH SIGNAL 9 *** yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish. slurmd[cn4246]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:07 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn4247]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:17:00 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn4248]: *** STEP 110086.0 KILLED AT 2011-12-22T01:18:07 WITH SIGNAL 9 *** Job finished at: Thu Dec 22 01:17:08 CST 2011 貌似還是內(nèi)存的問題…… 所以不知道通過什么辦法可以達到預先判斷內(nèi)存使用量的方法（之前在網(wǎng)上查到了makeparam這個可以來查詢，但是我還是搞不明白怎么去編譯……麻煩您指導一下。）另外一個問題還是想如何去設(shè)法降低我的內(nèi)存使用量。 我把我的設(shè)置參數(shù)貼上來，請您指教一下： INCAR： Start parameter NWRITE = 2 PREC = high ISTART = 0 ICHARG = 2 ISPIN = 2 non spin calculation Electronic Relaxation 1 (overall) ENCUT = 600.0 eV NELM = 60; NELMIN = 6; NELMDL = -10 EDIFF = 1E-03 LREAL = Auto VOSKOWN = 0 Electronic Relaxation 2 (details) ALGO = Fast Ionic Relaxation EDIFFG = -.1E-01 NSW = 250 NBLOCK = 1; KBLOCK = 250 IBRION = 1 NFREE = 10 ISIF = 2 IWAVPR = 11 ISYM = 2 POTIM = 0.50 DOS related values: EMIN = -10.00; EMAX = 10.00 energy-range for DOS ISMEAR = 2; SIGMA = 0.2 broadening in eV -4-tet -1-fermi 0- gaus Parallelisation Sets: LPLANE = .F NPAR = 6 NSIM = 4 Write flag LWAVE = .FALSE. LCHARG = .FALSE. LVTOT = .FALSE. LORBIT = .FALSE. KPOINTS： A 0 M 17 17 17 0.0 0.0 0.0 所提交任務的腳本： #! /bin/bash export LD_LIBRARY_PATH=/vol-th/lib:/vol-th/lib/mklem64t/:$LD_LIBRARY_PATH date >> ~/job_list pwd >> ~/job_list echo "Job started at: " `date` yhrun -p TH_NET -n 36 ./vasp > ./out echo "Job finished at: " `date` date >> ~/job_list 麻煩您了！如果能幫助我解決這個問題，再加送給您100金幣以表謝意！謝謝！ |
6樓2011-12-23 10:31:26
thelrgbird
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 1250.1
- 散金: 25
- 帖子: 150
- 在線: 89.8小時
- 蟲號: 597343
- 注冊: 2008-09-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
送鮮花一朵
WDD880227(金幣-20): 給zhxd1028追加金幣~~ 2011-12-23 14:57:49
WDD880227(金幣-20): 2011-12-23 14:58:35
WDD880227(金幣-20): 2011-12-23 14:58:42
WDD880227(金幣-20): 2011-12-23 14:58:58
WDD880227(金幣-20): 2011-12-23 14:59:07
送鮮花一朵WDD880227(金幣-20): 給zhxd1028追加金幣~~ 2011-12-23 14:57:49
WDD880227(金幣-20): 2011-12-23 14:58:35
WDD880227(金幣-20): 2011-12-23 14:58:42
WDD880227(金幣-20): 2011-12-23 14:58:58
WDD880227(金幣-20): 2011-12-23 14:59:07
|
我第一次用追加金幣…… 沒想到給完金幣就不能再追加了…… 你別著急，我問問版主，看看能不能讓版主幫幫忙，再轉(zhuǎn)給你100金幣…… 謝謝你的幫助！ |
8樓2011-12-23 13:29:42
wydzyx2003
金蟲 (正式寫手)
- 應助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 1101.1
- 散金: 162
- 紅花: 1
- 帖子: 365
- 在線: 182.9小時
- 蟲號: 446781
- 注冊: 2007-10-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 半導體微納機電器件與系統(tǒng)
9樓2012-03-24 16:46:52
10樓2012-10-17 21:43:29
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 thelrgbird 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 能源材料化學課題組招收碩士研究生8-10名 +3 | 脫穎而出 2026-03-16 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
[考研] 281求調(diào)劑（0805） +3 | 煙汐憶海 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑 +6 | 為學666 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 070300化學319求調(diào)劑 +4 | 錦鯉0909 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學工程321分求調(diào)劑 +11 | 大米飯！ 2026-03-15 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +4 | 陌宸希 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 08工科 320總分 求調(diào)劑 +4 | 梨花珞晚風 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +7 | 邱gl 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
|
[考研]
 11408 一志愿西電，277分求調(diào)劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] [導師推薦]西南科技大學國防/材料導師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600調(diào)劑 +5 | 漾漾123sun 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢微 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 東華理工大學化材專業(yè)26屆碩士博士申請 +6 | zlingli 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +4 | 奇點0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 255求調(diào)劑 +3 | 李嘉慧， 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +4 | 學海漂泊 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 331求調(diào)劑（0703有機化學 +5 | ZY-05 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +3 | zjy101327 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | 芬達46 2026-03-12 | 4/200 |
|