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thelrgbird金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于VASP一些瑣事的求助（K點(diǎn)，吸附優(yōu)化等）
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請(qǐng)教一下大家一些問(wèn)題，我用的軟件是VASP： 首先對(duì)于吸附計(jì)算來(lái)說(shuō)，一開(kāi)始要進(jìn)行吸附材料的結(jié)構(gòu)優(yōu)化計(jì)算。一般在優(yōu)化的時(shí)候是不是直接ISIF=3進(jìn)行優(yōu)化就可以了？如果被吸附的物質(zhì)只是一個(gè)材料的某一片層的話(huà)，我可不可以直接對(duì)bulk進(jìn)行ISIF=3的優(yōu)化，然后對(duì)bulk切出我想要的那個(gè)面，直接用ISIF=2，（假設(shè)片層材料包括四層），固定第四層的原子，將其余的原子進(jìn)行弛豫，進(jìn)行優(yōu)化呢？ 上面說(shuō)的是結(jié)構(gòu)優(yōu)化時(shí)ISIF參數(shù)設(shè)置的問(wèn)題，接下來(lái)就是K點(diǎn)設(shè)置的問(wèn)題了： 我看到好多做計(jì)算的人的k點(diǎn)設(shè)置都是n*n*y（例如8*8*1；11*11*3等等）。那他們的K點(diǎn)是怎么確定下來(lái)的呢？先做前兩個(gè)參數(shù)的篩選，然后在進(jìn)行第三個(gè)參數(shù)的篩選嗎？對(duì)于n*n*y這樣參數(shù)的設(shè)置的方法與n*n*n這樣設(shè)置的方法在計(jì)算上會(huì)不會(huì)明顯的節(jié)約資源？還有的就是奇偶數(shù)字的問(wèn)題，我在manu上看到：“It is recommended to use even meshes (e.g. 8*8*8) for up to n=8 . From there on odd meshes are more efficient (e.g.11*11*11 ).” 但是我在文獻(xiàn)中也常常看到5*5*5的K點(diǎn)出現(xiàn)，請(qǐng)問(wèn)這是什么原因呢？ （對(duì)于K點(diǎn)我還有一個(gè)疑問(wèn)就是看木蟲(chóng)上很多人的K點(diǎn)都可以直接用一個(gè)個(gè)小格子畫(huà)出來(lái)，具體專(zhuān)業(yè)性的描述我不大清楚怎么說(shuō)，以前我沒(méi)有接觸過(guò)，想順便在此也請(qǐng)教大家一下怎么畫(huà)？以及畫(huà)出來(lái)的圖像與實(shí)際的體相材料有什么樣的聯(lián)系？） 說(shuō)完了K點(diǎn)的設(shè)置接下來(lái)就是吸附的過(guò)程了。在我吸附的時(shí)候被吸附原子在添加之前以及添加之后一定會(huì)對(duì)原本的體相材料的對(duì)稱(chēng)性有一定的影響，那么這樣的話(huà)，我還可以仍舊使用原來(lái)體相材料的K點(diǎn)參數(shù)進(jìn)行計(jì)算嗎？這樣的計(jì)算還會(huì)準(zhǔn)嗎？需不需要再一次的進(jìn)行K-mesh搜尋之后再進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化呢？ 最后就是一個(gè)比較實(shí)際的問(wèn)題，在我目前的計(jì)算當(dāng)中常常會(huì)出現(xiàn)內(nèi)存不足的現(xiàn)象（我只是做一個(gè)H在Ni的(111)面吸附的一個(gè)過(guò)程，體系中只有1個(gè)H和36個(gè)Ni原子），但是在計(jì)算的過(guò)程中，我通過(guò)估算manu上一個(gè)公式的估算，算出我這個(gè)體系需要約70GB的內(nèi)存才能夠計(jì)算出來(lái)，因此我的這個(gè)任務(wù)因內(nèi)存溢出而失敗了。我在木蟲(chóng)上看到有人用的是一個(gè)叫做make***的東西來(lái)預(yù)測(cè)內(nèi)存使用的，不知道是怎么預(yù)測(cè)的呢？還有就是通過(guò)什么辦法可以讓我的內(nèi)存使用降低部分呢？ 由于我是我們組第一個(gè)搞計(jì)算的人，很多基礎(chǔ)性的問(wèn)題不是很懂，問(wèn)的問(wèn)題有些很幼稚，讓你給大家見(jiàn)笑了。麻煩大家?guī)兔χ更c(diǎn)一下，不勝感激！ |
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WDD880227(金幣+2): 很有幫助~~謝謝交流~~ 2011-12-23 14:50:19
liliangfang(金幣+2): 多謝指教 2011-12-23 14:50:20
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WDD880227(金幣+20): 樓主要求給你追加的金幣~~~謝謝交流~~~ 2011-12-23 15:01:04
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WDD880227(金幣+2): 很有幫助~~謝謝交流~~ 2011-12-23 14:50:19
liliangfang(金幣+2): 多謝指教 2011-12-23 14:50:20
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thelrgbird7樓2011-12-23 13:16:16
cenwanglai
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2樓2011-12-22 20:47:41
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我用的是天河1A大系統(tǒng)進(jìn)行計(jì)算的，硬件方面不是很懂，下面是粘貼的他們網(wǎng)站上的信息： “二期系統(tǒng)（TH-1A）于2010年8月在國(guó)家超級(jí)計(jì)算天津中心升級(jí)完成，峰值速度提升為4700TFlops，持續(xù)速度提升為2566TFlops（LINPACK實(shí)測(cè)值），部分采用了自主研制的飛騰－1000中央處理器�！� 我所擁有的是3個(gè)節(jié)點(diǎn)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)有兩個(gè)CPU，每個(gè)CPU有6個(gè)核；一個(gè)核分配2G內(nèi)存。 因此我總共有3個(gè)節(jié)點(diǎn)，6個(gè)CPU，36個(gè)核，72GB的內(nèi)存 |
3樓2011-12-22 21:02:27
thelrgbird
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這里是總體技術(shù)指標(biāo)： （1）峰值速度4700TFlops，持續(xù)速度2566TFlops（LINPACK實(shí)測(cè)值），內(nèi)存總?cè)萘?62TB，存儲(chǔ)總?cè)萘?PB。 （2）計(jì)算處理系統(tǒng)：包含7168個(gè)計(jì)算結(jié)點(diǎn)和1024個(gè)服務(wù)結(jié)點(diǎn)。每個(gè)計(jì)算結(jié)點(diǎn)包含2路英特爾CPU和一路英偉達(dá)GPU，每個(gè)服務(wù)結(jié)點(diǎn)包含2路飛騰CPU。全系統(tǒng)共計(jì)23552個(gè)微處理器，其中英特爾至強(qiáng)X5670 CPU（2.93GHz、6核）14336個(gè)、飛騰－1000 CPU（1.0GHz、8核）2048個(gè)、英偉達(dá)M2050 GPU（1.15GHz、14核/448個(gè)CUDA核）7168個(gè)，CPU核共計(jì)102400個(gè)，GPU核共計(jì)100352個(gè)。 （3）互連通信系統(tǒng)：采用自主設(shè)計(jì)的高階路由芯片NRC和高速網(wǎng)絡(luò)接口芯片NIC，實(shí)現(xiàn)光電混合的胖樹(shù)結(jié)構(gòu)高階路由網(wǎng)絡(luò)，鏈路雙向帶寬160Gbps，延遲1.57us。 （4）輸入輸出系統(tǒng)：采用Lustre全局分布共享并行I/O結(jié)構(gòu)，6個(gè)元數(shù)據(jù)管理結(jié)點(diǎn)，128個(gè)對(duì)象存儲(chǔ)結(jié)點(diǎn)，總?cè)萘?PB。 （5）監(jiān)控診斷系統(tǒng)：采用分布式集中管理結(jié)構(gòu)，實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)實(shí)時(shí)安全監(jiān)測(cè)、控制和調(diào)試診斷。 （6）基礎(chǔ)架構(gòu)系統(tǒng)：采用高密度雙面對(duì)插組裝結(jié)構(gòu)，冷凍水空調(diào)密閉風(fēng)冷散熱。環(huán)境溫度10℃～35℃，濕度10％～90％。 （7）操作系統(tǒng)：64位麒麟Linux，面向高性能并行計(jì)算優(yōu)化，支持能耗管理、高性能虛擬計(jì)算域等，可廣泛支持第三方應(yīng)用軟件。 （8）編譯系統(tǒng)：支持C、C++、Fortran77/90/95、Java語(yǔ)言，支持OpenMP、MPI并行編程，支持異構(gòu)協(xié)同編程框架，高效發(fā)揮CPU和GPU的協(xié)同計(jì)算能力。 |
4樓2011-12-22 21:03:59
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